58 % des espèces européennes de bryophytes sont trouvées sur le territoire écossais.
Parmi les mousses se développant en Écosse, la sphaigne est particulièrement répandue, formant de vastes tourbières. Les sphaignes sont aussi bien utilisées pour la réalisation de paniers suspendus que pour des usages médicaux, et sont longtemps restées l'un des principaux moyens de chauffage après découpe en briquettes et séchage.
D'autres espèces communes, abondamment présentes, sont Hylocomium splendens, Racomitrium lanuginosum et Polytrichum piliferum’’.
Les espèces endémiques comprennent Pohlia scotica, Bryum dixonii et Bryoerythrophyllum caledonicum’.
Dans les Cairngorms se trouvent de petits foyers de Hygrohypnum styriacum et de Plagiomnium medium, ainsi qu'une abondance de Andreaea frigida. Cette dernière espèce n'est représentée, au Royaume-Uni, que dans les Cairgorms et dans un seul autre site, en Angleterre cette fois’.
La côte ouest est riche en mousses océaniques telles que Cyclodictyon laetevirens, et la chaîne des Ben Lawers fournit un habitat privilégié à des espèces rares comme Tayloria lingulata. Didymodon mamillosus est une endémique européenne qui ne croît qu'en quatre sites européens en dehors de l'Écosse et a été placée au tableau des espèces en danger de disparition.
Confronté aux moyennes des autres régions du monde, le nombre total d'espèces est bas ; cela est dû en partie aux glaciations du Pléistocène (qui ont éliminé la quasi-totalité des espèces indigènes) et à l'apparition de la mer du Nord (qui a créé une barrière ralentissant la recolonisation). L'Écosse héberge cependant nombre d'espèces.
Les landes à bruyères sont fréquentes et sont riches en bruyère callune, bruyère cendrée, bruyère des marais, piment royal et fétuque. Elles peuvent également contenir de nombreuses espèces plus petites telles que la plaquebière et diverses espèces d'alchémille.
Falaises et montagnes abritent des plantes arctiques et alpines comme les membres des genres Sagina et Minuartia, ainsi que des dryades à huit pétales et des mousses (principalement Huperzia selago).
Dans les îles des Hébrides se trouvent des prairies de plantain, qui se développent particulièrement dans les endroits exposés à l'écume ; les plantains cohabitent alors auprès de l'armérie maritime et de la fétuque rouge.
Dans les paysages de machair se développent des espèces rares, telles que les Spiranthes, le Rhinanthus minor et de nombreuses variétés d'orchis, aux côtés d'espèces plus communes telles que les ammophiles, les boutons d'or, le plantain lancéolé, le séneçon de Jacob et le lotier corniculé. Le Lingusticum scoticum (décrit pour la première fois en 1684 par Robert Sibbald) et les Mertensies sont également des plantes courantes des bords de mer.
Cerastium nigrescens est une espèce endémique de l'archipel des Shetland. Elle a été découverte en 1837 par le botaniste Thomas Edmondston. Bien que, au XIXe siècle, la plante fut identifiée dans deux autres sites, elle ne se développe aujourd'hui que sur deux collines de serpentine de l'île de Unst, la plus septentrionale des Shetland’.
La primevère écossaisse (Primula scotica) est une endémique de la côte nord, ainsi que de Caithness et des îles Orkney. Elle est très proche des espèces arctiques Primula stricta et Primula scandinavica’.
Epipactis youngiana est une orchidée rare, endémique, trouvée sur les terrils créés par l'industrie minière dans les Central Lowlands. Elle est classée parmi les espèces en danger’.
Seulement 31 espèces d'arbres et arbustes à feuilles caduques sont spécifiques à l'Écosse ; elles comprennent dix espèces de saules, quatre d'alisiers, ainsi que trois de bouleaux et de prunus.
La haie de hêtres de Meikleour, dans le district de Perth and Kinross, fut plantée à l'automne 1745 par Jean Mercer et son époux, Robert Murray Nairne. Cette haie de hêtres européens, longue de 530 mètres et haute de 30 mètres, figure dans le Livre Guinness des records comme la plus haute et la plus longue haie au monde en 2008’.
Le sorbier d'Arran est une espèce spécifique à l'île d'Arran. Le sorbier d'Arran (Sorbus arranensis) et Sorbus pseudofennica figurent parmi les espèces d'arbre les plus en danger d'extinction ; en effet, seuls 236 S. pseudofennica et 283 S. arranensis ont été recensés à l'état adulte en 1980’. Ces arbres ont évolué d'une manière particulièrement complexe, impliquant l'alisier des rochers S. rupicola, existant sur l'île proche de Holy Isle mais non sur Arran, et qui s'est croisée avec le sorbier S. aucuparia afin d'engendrer les nouvelles espèces. En 2007, il a été annoncé que deux spécimens d'un troisième hybride, S. pseudomeinichii avait été isolé sur Arran. Ce dernier arbre est issu d'un croisement entre le sorbier sauvage et S. pseudofennica.
Dans sa pièce Macbeth, Shakespeare fait référence à la forêt de Birnam, utilisée comme camouflage par l'armée de Malcolm Canmore avant la bataille de Dunsinane qui l'opposa à MacBeth. Le chêne de Birnam est un arbre ancien s'élevant à quelques centaines de mètres du centre de Birnam ; il peut être un vestige de la forêt de Birnam d'il y a 900 ans, et est considéré comme faisant partie de la légende’.
L'Université de Moray a entrepris en 2006 des recherches sur le possible usage commercial de l'argousier. Les baies orange peuvent être transformées en confitures, liqueurs et pommades ; les espèces sauvages poussent facilement, même sur la côte ouest particulièrement exposée aux intempéries.
Le trèfle d'eau et le lobélia d'eau sont des plantes communes des mares des étendues de landes ainsi que des lochans. Les nymphéacées telles que Nuphar pumila, le nénuphar jaune (Nuphar lutea), et le nénuphar blanc (Nymphaea alba) sont également très répandues.
Les espèces du genre Eriocaulon ont soulevé la controverse parmi les botanistes quant à leur découverte, leur classification, et leur distribution. Les premiers éléments ont été retrouvés sur l'île de Skye, mais une certaine confusion a plus tard entouré l'identité de l'inventeur ainsi que le nom scientifique correct - un consensus s'est aujourd'hui établi à ce dernier sujet, et le nom a été fixé à Eriocaulon aquaticum. Les territoires d'Europe occupés par cette plante sont restreints à l'Écosse et à l'ouest de l'Irlande ; il s'agit de l'une de ces espèces courantes en Amérique du Nord mais rares en Europe.
Les eaux douces écossaises abritent également dans quelques endroits le cornifle immergé.
Le pin sylvestre, le genévrier commun et, dans une moindre mesure, l'if, sont les seuls conifères véritablement autochtones de l'Écosse.
L'if de Fortingall est un arbre ancien du cimetière du village de Fortingall (Perthshire). Les estimations lui accordent un âge compris entre 2000 et 5000 ans ; d'après les dernières études’, son âge serait plus proche de la limite inférieure de 2 000 ans. Cela en fait l'arbre vivant le plus âgé d'Europe, bien que le système racinaire d'un épicéa commun situé en Suède soit considéré plus âgé’.
Les quatre plus grands arbres du Royaume-Uni se dressent en Écosse :
Sur le sol écossais se trouvent 45 % des espèces européennes de fougères.
La fougère aigle est très commune dans les régions d'altitude ; Phegopteris connectilis est, elle, courante dans les bois et les endroits abrités, tandis que Dryopteris affinis prolifère dans les régions ouvertes et boisées.
Trichomanes speciosum, ou fougère de Killarney, qui poussait autrefois sur l'île d'Arran, a été pensée éteinte en Écosse, jusqu'à la redécouverte de formes gamétophytes sur l'île de Skye en 2008.
D'autres espèces, plus rares, de fougères sont également présentes, telles que Woodsia alpina et W. ilvensis. Ceux deux plantes furent identifiées comme étant des espèces différentes en 1785 par John Bolton, et l'espèce fut mise en danger par les collectionneurs de fougères de l'ère victorienne. Cystopteris dickieana, découverte à l'origine dans une grotte maritime du Kincardineshire, est une fougère rare au Royaume-Uni dont la distribution est restreinte à l'Écosse, bien que des recherches récentes suggèrent qu'elle puisse être une variante de C. fragilis plutôt qu'une espèce à part entière.’.