Les geckos ont colonisé de nombreux biotopes, et se sont adaptés (en tant que famille) à des conditions de vie très variées. L'espérance de vie d'un gecko est en moyenne de treize à quinze ans, mais peut aller jusqu'à vingt ans ou descendre jusqu'à trois ou quatre ans pour certaines petites espèces.
La plus grande part des geckos se rencontrent dans les pays tempérés ou chauds, fréquemment dans des milieux humides (forêts primaires, forêts tropicales humides). On en trouve également dans des milieux semi-arides (pourtour de la Méditerranée, par exemple), ainsi que dans les déserts. On en rencontre également qui vivent en altitude jusqu'à 2 000 mètres, avec des conditions climatiques parfois extrêmes (neige).
Les geckos sont majoritairement nocturnes et arboricoles. Cependant, certains sont diurnes, et/ou terrestres, voire semi-aquatiques. De nombreux geckos cumulent plusieurs modes de vie (terrestre et arboricole, nocturne avec une activité le matin ou le soir, voire ponctuellement en journée).
Les geckos nocturnes présentent une pupille à fente verticale, similaire aux yeux des chats, et les diurnes présentent une pupille ronde.
Parmi les arboricoles, de nombreux geckos disposent de setae sous les pattes, des coussinets adhérents leur permettant de grimper sur la plupart des surfaces, même verticales (voire de tenir à l'envers).
De nombreux geckos sont très inféodés à leur milieu d'origine, et sont de ce fait souvent menacés par la destruction de leur environnement (d'autant plus pour les espèces endémiques, qu'on ne trouve qu'à un seul endroit du globe).
C'est pourquoi nombre d'entre eux sont protégés au moins partiellement, et leur possession est soit interdite soit soumise à des restrictions (permis de possession, quotas d'exportations, individus nés en captivité uniquement...).
La convention de Washington, signée par de nombreux pays, a fixé voici quelques années la liste des espèces protégées, surveillées ou libres de commerce. L'Europe s'est également dotée d'une législation spécifique (Convention de Berne) inspirée de la précédente.
Certains pays (la France et l'Australie par exemple) assurent également une protection totale de la faune locale, en interdisant entre autres la possession, l'importation et l'exportation des espèces présentes sur leur territoire.
Les geckos mâles sont pourvus d'hémipénis, c'est-à-dire de deux pénis semi-rigides logés à la base de la queue. Ils utilisent l'un de ces hémipénis pour féconder la femelle. L'accouplement peut durer de quelques minutes à quelques heures, mais la moyenne se situe plutôt autour d'un quart d'heure.
Chez de nombreuses espèces, le mâle immobilise la femelle durant l'accouplement, généralement en la mordant au niveau de la nuque – ce qui peut parfois entraîner des blessures chez les espèces ayant une peau fragile comme les Phelsuma.
La plupart des espèces sont ovipares, c'est-à-dire qu'elles pondent des œufs, mais quelques-unes sont ovovivipares et laissent les œufs se développer dans leur corps (ceci est l'apanage des espèces vivant dans des milieux froids, où les œufs auraient peu de chances de se développer).
Les pontes sont souvent précédées d'une période de jeûne, car les œufs compriment les voies digestives. Selon les espèces les femelles pondent sur ou dans le sol, ou encore sur un support comme une plante ou une branche. Chez certaines espèces les œufs sont collés au support, et il est impossible de les déplacer sans les briser. Les œufs sont en général pondus par deux, et ce de deux à plus de six reprises au cours de la saison chaude, selon les espèces.
Les œufs peuvent avoir une coquille dure ou molle. Au-delà d'un certain développement, un retournement de l'œuf cause la mort de l'embryon par asphyxie. L'embryon est en effet relié à une poche d'air au sommet de l'œuf qui lui fournit l'oxygène dont il a besoin.
L'incubation est de durée très variable, allant de moins d'un mois à quatre mois selon les espèces. Cette durée varie également en fonction des conditions climatiques, et en particulier de la température externe.
Chez certaines espèces le sexe des petits est conditionné par la température d'incubation – en particulier les espèces du genre Phelsuma. Il existe pour ces espèces une température pour laquelle on obtient autant de mâles que de femelles. Au-dessus (ou en dessous selon les espèces) la probabilité d'obtenir des femelles augmente, et en dessous (resp. au-dessus) la probabilité s'inverse.
Après la ponte, la grande majorité des espèces se désintéresse des œufs, et les petits sont autonomes à la naissance. Il existe cependant quelques espèces qui veillent sur les œufs (mais pas sur les petits), mais cela reste marginal. Bon nombre d'espèces n'hésitent d'ailleurs pas à consommer les petits de leur propre espèce si l'occasion se présente.
La croissance des petits est très rapide. Après une courte période sans manger – en général jusqu'à la première mue qui a lieu la première semaine de vie – les petits se développent rapidement pour obtenir une taille quasiment adulte à l'issue de leur première année (même si les reptiles continuent de grandir tout au long de leur vie). La maturité sexuelle se produit en général à cet âge-là également.