Le Dr Anne Schuchat du CDC a déclaré que les cas américains résultent d’un virus caractérisé par une recombinaison d’éléments génétiques provenant de quatre virus différents :
soit « un mélange exceptionnel et jamais rencontré ni aux États-Unis, ni ailleurs, de séquences génétiques ». Cette nouvelle souche pourrait résulter d’une surinfection chez une personne malade.
Pour deux isolats, des séquences génomiques complètes ont été obtenues. Celles-ci sont utilisées par les chercheurs américains pour développer un vaccin. Le Dr A. Schuchat a déclaré que le virus est résistant à l’amantadine et la rimantadine, mais est sensible à l’oseltamivir (Tamiflu) et au zanamivir (Relenza).
Sur la base des données disponibles au 1er mai 2009, A. Schuchat estimait que dans un foyer chaque personne malade contaminait en moyenne un quart environ des autres membres de la famille, comme dans le cas d’une grippe saisonnière ; et dans le même temps, le Dr Nancy Cox (chef du département grippe des CDC américains) ne constatait pas chez ce virus « les marqueurs de virulence qui ont été observés dans le virus de 1918 », tout en restant prudente en raison du fait que la dangerosité des virus grippaux reste mal comprise.
La caractérisation génétique préliminaire a montré que le gène de l’hémagglutinine (HA) est similaire à celui des virus de la grippe porcine présents aux États-Unis depuis 1999, mais les gènes de la neuraminidase (NA) et celui de la matrice protéique (M) ressemblent aux variants que l’on trouve dans les isolats de grippe porcine européenne.
Cette nouvelle souche de la grippe provoque les mêmes symptômes que la grippe saisonnière:
Les symptômes disparaissent généralement de une semaine à dix jours après leur apparition, mais la fatigue et la toux peuvent parfois persister deux à trois semaines. Le sujet infecté peut être contagieux un jour avant l'apparition des symptômes et le rester pendant sept jours environ.
Plusieurs « tests rapides » (RIDT ou Rapid Influenza Diagnostic Tests) sont récemment apparus sur le marché, permettant théoriquement de détecter (en 15 minutes) plusieurs virus de type A, dont le H1N1.
Ces tests sont encore imparfaits et peuvent contribuer à sous-diagnostiquer le nombre de cas.
Début août 2009, les CDC ont publié les résultats préliminaires d'une étude ayant porté sur 3 tests de diagnostics rapides mis sur le marché pour détecter le virus A(H1N1) dans des échantillons (ici non-frais, mais conservé par les CDC) de secrétions respiratoires.
L'étude a confirmé que le nouveau H1N1 pouvait être détecté par ces tests, mais pas dans tous les cas : ces trois tests ont fréquemment échoué à identifier le virus dans les échantillons où le virus n'était pas fortement présent ( « leur sensibilité est faible, voire très faible lorsque le titre viral est bas », selon les CDC qui ont conclu : « Un résultat négatif n'exclut donc pas qu'on soit infecté par le virus de la grippe A(H1N1) ».
Un test rapide RIDT négatif ne signifie donc pas l'absence d'infection.