Les seuls traitements connus de la grippe (en novembre 2009) sont des antiviraux.
La neuraminidase est la protéine virale qui permet aux particules virales de pouvoir diffuser dans le circuit sanguin et ainsi, d’aller infecter les cellules saines adjacentes. Les inhibiteurs de la neuraminidase empêchent le virus de pouvoir traverser la membrane plasmique de la cellule hôte infectée. La cellule ainsi surchargée par les virions est détruite avec le virus.
Ces inhibiteurs sont l’oseltamivir (Tamiflu) et le zanamivir (Relenza). Ils réduisent la durée des signes cliniques d'un ou deux jours et diminuent la contagiosité du patient. Selon des médecins britanniques, ces médicaments ne devraient pas être prescrits aux enfants de moins de 12 ans en raison de leurs effets secondaires. Ces effets indésirables, qui touchent un enfant sur deux, sont pour les plus fréquents : nausées, maux de tête, douleurs ou des crampes d'estomac, cauchemars. Les effets gastro-intestinaux (nausées, vomissements, diarrhée, maux d'estomac) sont rapportés par 40 % des enfants. Ces antiviraux ne sont pas prescris à l'ensemble des personnes atteintes; ils sont réservés au patients aillant des symptômes inquiétants. L'énorme majorité des patients guérit d'elle-même après 7 à 10 jours de symptômes.
Un premier cas de résistance au Tamiflu a été observé sur un patient danois le 29 juin 2009. Le patient a été guéri avec un autre antiviral (le Relenza), qui s'est avéré efficace. D'après l'OMS, il s'agirait d'un « cas isolé » sans « implication en termes de santé publique ». D'autres cas ont été observés près de la frontière entre les États-Unis et le Mexique.
Comme pour beaucoup de maladies infectieuses, une des meilleures formes de prévention est l'hygiène et la bonne connaissance des modes de transmission (lire notamment plus haut la transmission du virus). Il est nécessaire de se laver les mains au savon plusieurs fois par jour ou d'utiliser des solutions hydro-alcooliques pour se désinfecter les mains, notamment après tout contact physique direct avec une personne potentiellement infectée, ou avec des surfaces potentiellement contaminées par le virus. Le lavage des mains à l'eau et au savon s'avère même supérieur à ces dernières dans la lutte contre le virus H1N1.
Les masques chirurgicaux sont un moyen de limiter l’expansion d’une pandémie. Portés par des personnes contaminées, ces masques limitent la diffusion du virus dans l'air par la toux et les éternuements. En cas de déclenchement du plan d’urgence, ils sont distribués par l’armée dans certains pays et sont disponibles en très grand nombre dans les hôpitaux et centres de soins. Les masques de protection FFP permettent de protéger les personnes qui les portent. Seuls les masques de type FFP2 ou FFP3 sont suffisamment efficaces contre le virus de la grippe A (H1N1).
Il est à noter que ces masques peuvent devenir un vecteur de contamination lorsqu'ils ont été contaminés par le virus. Il faut donc changer de masque si possible à chaque exposition potentielle au virus (par exemple, pour les masques chirurgicaux « de soins », dès que l'on a éternué ou toussé dedans, car l'humidité les traverse) et ce sans toucher la partie filtrante avec les mains.
La souche virale responsable de la grippe A (H1N1) de 2009 a rapidement été isolée par l'OMS et transmise aux principaux industriels pharmaceutiques pour qu'ils développent dans les mois suivants les premiers vaccins. Les annonces de l'arrivée imminentes des premiers vaccins se sont succédé au cours de l'été 2009, certains fabricants annonçant des livraisons dès juillet 2009. En réalité, ces vaccins seront mis sur le marché européen en octobre et novembre 2009. Dans de nombreux pays développés, les autorités gouvernementales et sanitaires ont programmé des campagnes de vaccination massive afin d'enrayer l'épidémie. l'organisation de ces campagnes varient d'un pays à l'autre mais la plupart reposent sur la mise en place de centres de vaccinations qui permettent d'organiser la distribution et d'établir des listes de priorité pour permettre la vaccination des groupes à risque le plus tôt possible ().
Initialement, deux doses semblaient devoir être nécessaires pour assurer l'immunité, mais les études menées avec le vaccin sous sa forme adjuvantée ou non montrent qu'il présente une bonne immunogénicité même avec une seule dose : une seule injection suffit à assurer une réponse immunitaire. Néanmoins, en l'absence de données complémentaires, le groupe d'experts de l'OMS continue de recommander une deuxième injection pour les enfants entre 6 mois et 10 ans, dans la mesure où les stocks sont disponibles.
Les premiers essais publiés en septembre 2009 n'ont pas montré d'effets secondaires notables des vaccins adjuvantés ou non, ce que le suivi des premières campagnes de vaccination portant sur environ 65 millions de personnes de par le monde, confirme.