La réforme des concours du primaire et du secondaire prévoit de reporter le niveau requis pour passer le concours de Bac + 3 à Bac + 5 et de créer des masters d'enseignement à l'Université, ce qui devait transformer à la rentrée 2009 le rôle des IUFM qui deviendraient des « prestataires de services » fournissant des modules professionnalisants pour ces masters. L'année de stage rémunérée est supprimée. Certains syndicats, comme l'UNEF, la FSE, Fac Verte, SUD Étudiant, SUD Éducation et la FSU, s'inquiètent toutefois à terme de leur possible disparition.
Cette réforme a connu une importante opposition au cours du mouvement universitaire de 2009 en France, amenant Xavier Darcos et Valérie Pécresse à annoncer le maintien des IUFM dans leur rôle actuel pour l'année universitaire 2009-2010. Outre la question du maintien et du rôle des IUFM, les syndicats s'inquiètent notamment d'un accès moins démocratique au concours du fait de la suppression de l'année de stage rémunérée ainsi que de l'absence de cadrage national des masters. Le contenu des masters, la place des concours, et les épreuves de ces concours font également débat (voir le lien ci-dessus sur le mouvement).
Le défi de la réforme en cours est complexe : il s'agit de mettre en œuvre la formation qui concilient l'exigence légitime de maîtrise des disciplines auxquelles l'enseignant devra donner accès avec la capacité de gérer des publics scolaires dont le rapport au savoir scolaire n'est pas toujours a priori favorable aux apprentissages.
Le 13 novembre 2009, Valérie Pécresse présente la nouvelle mouture du projet. Le concours comporterait deux épreuves d'admissibilité disciplinaires et deux épreuves d'admission visant essentiellement à évaluer la capacité à élaborer une leçon. Les enseignants du second degré seront formés dans des masters disciplinaires et devront opter pour des « parcours complémentaires de professionnalisation » (culture générale et histoire de la discipline) en 1re année et une « préparation aux épreuves orales » en seconde. La place du concours (en M2) ainsi que la suppression de l'année de stage sont confirmées. Les textes présentés ne font pas référence aux IUFM. Les épreuves d'arts sont supprimées dans le concours de professeurs des écoles.
Le 16 novembre 2009, le CNESER vote une motion condamnant les propositions gouvernementales du 13 novembre en matière de formation des enseignants à une très large majorité par 19 voix contre 4. Le 19 novembre, la Conférence des Présidents d'Université condamne le projet qu'elle « ne pouvait pas accepter » et dénonce « un schéma de formation incohérent et composite ». Le même jour, la Conférence des Directeurs d'IUFMs dénonce « une parodie de concertation pour tenter de justifier de très mauvaises propositions ». Le 1er décembre, 16 organisations (syndicats du primaire, du secondaire, et des études supérieurs, ainsi que la FCPE et des syndicats étudiants et lycéens) appellent dans un communiqué commun à la "remise à plat" de la réforme de la formation des enseignants et au "retrait" des décrêts publiés au mois de juillet.
Le 21 janvier est publié un nouvel arrêté. Contrairement aux annonces précédentes, l'arrêté du 21 janvier 2010 impose un Master pour se présenter aux concours. La FAGE "condamne" l'arrêté du 21 janvier et dénonce à son tour une réforme qui porte "un nouveau coup" aux IUFMs et qui organise "une sélection sociale des candidats" qui n'auraient plus accès aux bourses. http://www.fage.org/fr/download.php?fichier=/download/Fichiers/Presse/Cdp/CDP2010/25_01_10fageconcoursdelenseignement.pdf