En 2007, le nouveau cahier des charges des IUFM impulsé par le ministère augmente la présence des stagiaires face aux élèves lors de leur formation, transforme le mémoire professionnel en écrits professionnels déterminés localement par les établissements, et établit la notion de dossier de compétences pour le stagiaire. Ces dix compétences, que le jeune professeur devra obligatoirement maîtriser, sont :
Chacune de ces compétences est déclinée en sous-compétences, capacités, et attitudes propres à construire le métier d'enseignant. Ce document référentiel, qui se veut exigeant, met l'accent à la fois sur les valeurs républicaines réputées présentes dans tous les niveaux de l'enseignement en France, mais aussi sur l’existence de techniques diverses et d'apprentissages différents permettant de devenir professeur. Le cahier des charges avance le fait que le métier de professeur est un métier qui s'apprend y compris en dehors du champ des disciplines enseignées. De plus, les compétences d'organisation du travail et de préparation et de formation continue exigées, comme dans les compétences 9 et 10, dénotent d'une certaine manière la différence entre le travail en présence des élèves (qui équivaut généralement à un mi-temps) et le travail hors présence des élèves, important pour les professeurs.
Relevant certaines critiques, le ministère choisit de favoriser la formation par le terrain, en éloignant la dimension réflexive (assurée en particulier par des professeurs de philosophie en IUFM) de la formation (notamment en supprimant l'obligation de produire un mémoire professionnel) et en liant la formation professionnelle des stagiaires à l'élaboration d'un portefeuille de compétences amené à accompagner le jeune enseignant dans les premières années de son activité en établissement. Ce choix ministériel est aussi perçu comme un choix économique : les stagiaires, sont par conséquence utilisés comme un personnel d'enseignement et de remplacement.
Vis-à-vis de cette vision pragmatique de la formation, le président de l’association des professeurs de philosophie de l'enseignement public, Simon Perrier, et son secrétaire-adjoint à la formation des maîtres, Henri Dilberman émettent plusieurs réserves.
Ils entendent montrer qu'une formation où la philosophie de l'éducation ne jouerait qu'un rôle marginal conduirait les enseignants à méconnaître leurs responsabilités, ainsi que les fondamentaux de l'éducation, épistémologiques, éthiques, politiques. M. Perrier, le Président de cette association, insiste sur la nécessité pour l'enseignant de comprendre son rôle et son statut. Exiger sans arrêt une formation plus concrète, c'est inviter la hiérarchie à transformer les enseignants en de purs exécutants.
Aussi, Simon Perrier, dans un éditorial de l'Enseignement philosophique (janvier-février 2010) intitulé "l'homme sans compétence", (http://www.appep.net/revue/038.htm), montre comment l'actuel référentiel de compétences, en particulier la première compétence, introduit le plus total arbitraire dans les exigences à l'égard des professeurs et des stagiaires. Sous prétexte de pragmatisme, on en vient à réduire la fonction du professeur à l'obéissance. On fait mine de déduire de la notion de professeur responsable et éthique un fatras d'impératifs en réalité présupposés. La logique d'un tel procédé "pragmatique" revient à démultiplier sans cesse les items, sous prétexte d'être toujours plus "concret". Or, l'éthique, qu'invoque la première compétence, est très exactement l'inverse d'une compétence, à savoir une activité libre, inséparable de la réflexion, tout à fait irréductible à l'obéissance. (Voir aussi expérience de Milgram.)
Extrait du texte de Simon Perrier: "On ne peut en réalité comprendre cet arrêté qu’à l’envers de sa présentation. L’aval y détermine l’amont. Il construit une illusion en prétendant justifier cette liste comme l’effet nécessaire d’un « agir de façon éthique et responsable ». Il n’y a là que les attentes d’une politique. À regarder cette liste, on retrouve les préoccupations d’une opinion dominante sur ce que doit être l’école, les clichés d’une époque (le lien école entreprise, quelques faits divers entre professeurs et élèves ou parents, la citoyenneté, le professeur polyvalent, à la fois CPE, infirmier, surveillant, assistant social…). La compétence exigée est d’abord posée, selon des fins totalement extérieures à l’école, et sa justification vient ensuite. L’instrumentalisation est ici à son comble. Ces compétences prédéterminées en matière de moralité et de liberté, que suppose la responsabilité, anéantissent toute moralité et toute liberté. Véritablement agir de façon éthique et responsable relève de l’exercice de son autonomie. Éthique et responsabilité présupposent que je me convaincs de quelque chose dont on ne saurait me dire ce qu’il doit être sans que j’en perde la responsabilité, sans que cela perde tout caractère éthique."
La loi Fillon de 2005, qui a intégré les IUFM à l'université, a été aussi l'objet de polémiques.
D'une part, les pédagogues estiment que malgré une intégration de la structure IUFM à l'université, le Ministère de l'Éducation Nationale maintient par le cahier des charges et l'organisation de la formation une logique d'école professionnelle, accentuant ainsi le paradoxe relevé il y a quelque temps déjà par Philippe Meirieu.
Mais les universitaires estiment que l'intégration n'est pas assez poussée. Ainsi les académiciens Roger Balian, Jean-Michel Bismut, Alain Connes, Jean-Pierre Demailly, Laurent Lafforgue, Pierre Lelong et Jean-Pierre Serre écrivent :
« Nous préconisons de fondre les IUFM dans les universités, pour redonner une place prépondérante à la formation disciplinaire à côté de quelques enseignements spécifiques (réflexion pédagogique, histoire des sciences, etc.), la dernière année comprenant un stage en classe sous la tutelle d’enseignants expérimentés. »