Toutes les expériences fonctionnèrent excepté la chambre d'ionisation/compteur Geiger qui tomba en panne en février 1965 et la sonde à plasma dont les performances furent dégradées par la défaillance d'une résistance le 6 décembre 1964. Ces expériences avaient pour but :
Les images envoyées montrèrent un terrain cratérisé semblable à celui de la Lune, qui se révéla par la suite ne pas être typique du sol martien, mais correspondant aux images des plus anciennes régions de Mars. Une pression atmosphérique de 4,1 à 7,0 mbar et une température diurne de -100°C furent relevées, ainsi que l'absence de champ magnétique.
Les cratères et l'atmosphère ténue, révélant une planète plutôt inactive et livrée à la rigueur de l'environnement spatial, dissipèrent les espoirs de découverte de vie intelligente sur Mars, espoirs qui avaient été entretenus par des siècles de spéculation scientifique ou littéraire. Après Mariner 4, l'hypothèse de la vie martienne se restreignit à des formes plus petites et plus simples, et la science-fiction repoussa l'habitat des aliens hors du système solaire.
Le coût total de la mission Mariner 4 est estimé à 83,2 millions USD tandis que l'ensemble des recherches, développements, lancements et suivis du programme Mariner avoisinait 554 millions USD.
Après 7,5 mois de croisière, la sonde survola Mars les 14 et 15 juillet 1965 :
Le survol permit d'obtenir 21 images (plus 21 lignes de la 22e image) couvrant une étendue discontinue depuis 40°N 170°E jusqu'au terminateur à 35°S 200°E et au-delà jusqu'à 50°S 255°E, représentant environ 1% de la surface de la planète.
Entre le lancement et le 1er octobre 1965, la sonde effectua et communiqua pratiquement l'ensemble des activités scientifiques avec succès, jusqu'à ce qu'elle fut à une distance de 309,2 millions de km et que la Terre sorte du cône d'émission de son antenne parabolique. La sonde repassa alors sur son antenne omnidirectionnelle afin d'être suivie.
Bien qu'il ne fut espéré que la sonde survive longtemps après son survol de Mars, elle dura jusqu'en 1967, continuant à étudier le milieu interplanétaire conjointement avec Mariner 5 lancée en 1967 vers Vénus.
Le contact fut rétabli fin 1967. Le 15 septembre, le détecteur de poussière cosmique enregistra 17 impacts en l'espace de 15 minutes, qui modifièrent l'attitude de la sonde et dégradèrent certainement la protection thermique. On supposa plus tard qu'elle avait approché à 20 millions de km le noyau ou les débris de la comète D/Swift.
En octobre 1967, les ingénieurs commandèrent la remise en fonctionnement de la caméra de télévision et un allumage moteur, ce qui n'avait pas été fait depuis environ deux ans et demi. Le succès des deux opérations leur permit d'envisager avec confiance la possibilité de mission plus longues vers Jupiter et au delà.
Le 7 décembre, les réserves de carburant du contrôle d'attitude furent épuisées. Les 10 et 11 décembre, 83 impacts de micrométéorites furent enregistrés, ce qui perturba l'attitude et dégrada le signal. Le 21 décembre 1967, le contact avec Mariner 4 fut définitivement perdu.