La démarche diagnostique est décrite dans le papyrus Ebers. Le déroulement en est le suivant :
À ce niveau le diagnostic se confond avec la prescription : il s'agit plus d'un rapport détaillé comportant une suite de signes cliniques suivie d'une liste de médications. La première chose à faire est de calmer la souffrance, ensuite de stopper l'évolution et enfin trouver de une solution définitive.
Les lieux d'exercices dépendent de la relation du soignant avec la religion :
Les modes d'exercices sont variés : il existe des médecins pour toutes les parties du corps, pour l'esprit, pour les femmes, les hommes, les enfants, et même des médecins officiant de façon différente selon les saisons. La postérité a retenu le cas des « médecins de l'œil », qui opéraient de la cataracte, et celui des « médecins des femmes » qui faisaient réaliser des tests diagnostiques de grossesse avec pronostic du sexe de l'enfant à venir.
L'organisation de la médecine est réglementée depuis Imhotep, comme l'atteste une inscription sur un mur à Saqqarah, avec des règles éthiques bien définies réglementant la profession : lieu d'installation des centres de soins, surveillance de ces centres, contrôle de l'activité des sounous, estimation du service rendu, action disciplinaire.
Certains traités médicaux ont été conservés (papyrus Ebers, Edwin Smith…) et permettent de constater très clairement que les Égyptiens avaient été les premiers à observer que le cœur était« l'organe essentiel de la vie » et que ce dernier se manifestait « en parlant », ce qui signifie qu'ils ont compris qu'il battait selon un rythme régulier défini par le pouls. Il n'est pas certain qu'ils avaient, dès la découverte de la clepsydre, eu l'idée de compter les pulsations du cœur avec cette sorte de montre à eau. Cependant certains indices portent à le croire. La clepsydre ne fut utilisée que bien plus tard par Hérophile, un médecin grec de l'école d'Alexandrie, sa ville natale, qui fut le premier à s'en servir dans l'exercice de son art, au IIIe siècle avant notre ère. Il a quelque peu amélioré le procédé afin de mesurer le pouls des patients avec un peu plus d'exactitude.
La médecine égyptienne ne nous a pas seulement légué des techniques mais aussi bon nombre de termes médicaux dont nous retrouvons l'étymologie au quotidien.
Un premier exemple serait le terme « migraine » qui vient de l'égyptien ges-tep signifiant moitié (du) crâne. Ce terme sera repris par les grecs devenant hemicrania.
Autre exemple révélateur, le mot « cataracte » qui provient quant à lui directement du terme akhet-net-mou qui signifie littéralement « rassemblement d'eau ». En égyptien, la pupille de l'œil de disait tout net iret ce qui signifie « image de l'œil », ou bien hounet imyt iret, à savoir : « la jeune fille dans l'œil ». Il est intéressant de constater l'évolution étymologique de ce mot à travers diverses langues, car en grec, la jeune fille était une coré, en latin une pupilla et en espagnol une nina de los ojos.