À 12 500 mètres au-dessus de Red Lake, Ontario (à peu près à mi-chemin), le système d'alerte du cockpit émit quatre bips, et indiqua un problème de pression de carburant sur le côté gauche. Les pilotes pensaient qu'une pompe à carburant était tombée en panne et l'éteignirent. L'ordinateur indiquait qu'il y avait toujours beaucoup de carburant. Quelques instants plus tard une deuxième alarme sonna et les pilotes décidèrent de détourner le vol vers Winnipeg. Enfin, le moteur gauche s'arrêta et ils se préparèrent à un atterrissage avec un seul moteur.
Alors que l'équipage tentait de redémarrer le moteur et de communiquer avec les contrôleurs aériens de Winnipeg pour un atterrissage d'urgence, le système d'alarme se déclencha encore, cette fois-ci avec un long « bong » que personne dans le cockpit ne reconnut. Le son était en fait le signal pour « tous les moteurs arrêtés », un cas qu'aucune simulation n'avait traité. Quelques secondes plus tard le moteur droit s'arrêta et le 767 perdit toute alimentation électrique, laissant le cockpit totalement silencieux et permettant au système d'enregistrement de communications du cockpit d'enregistrer facilement les mots « Oh, fuck! ».
Le 767, au lieu d'instruments mécaniques à cadran, utilise des écrans électroniques pour l'affichage des informations de vol. Ce principe marche très bien la plupart du temps, mais comme les moteurs de l'avion fournissaient aussi l'électricité à l'avion, à l'arrêt des moteurs la plupart des instruments s'éteignirent. Un des instruments hors fonction était l'indicateur de vitesse verticale (variomètre), qui leur aurait permis de savoir à quelle vitesse ils chutaient et donc sur quelle distance ils pourraient planer.
Les moteurs fournissaient aussi l'énergie aux systèmes hydrauliques de l'appareil, qui étaient nécessaires au contrôle d'un appareil tel que le 767. Cependant Boeing avait prévu ce cas de figure et avait inclus dans l'appareil un dispositif appelé ram air turbine qui s'ouvrait automatiquement sur le côté de l'appareil, et qui, grâce à une turbine reliée à un générateur, utilisait la vitesse de l'appareil pour capter suffisamment d'énergie pour les systèmes hydrauliques afin de rendre l'appareil pilotable.
Les pilotes ouvrirent immédiatement leurs manuels, recherchant la section sur le pilotage de l'appareil sans moteurs, découvrant rapidement qu'il n'y avait pas de telle section. Pearson pilota l'appareil en planeur à 220 nœuds, qui lui semblait d'intuition une bonne vitesse pour un tel exercice. Le copilote Maurice Quintal commença à calculer s'il leur était possible d'atteindre Winnipeg, en utilisant l'altitude donnée par un des instruments mécaniques de secours et la distance qu'ils parcouraient donnée par les contrôleurs aériens de Winnipeg (qu'ils calculaient en mesurant la distance que l'écho de l'appareil faisait sur leurs écrans radars). L'avion avait perdu 1 500 mètres en 10 milles marins (18,5 km), donnant une finesse de 11 (une finesse de 11 permet si on est à 1 km de hauteur de parcourir 11 km avant de toucher le sol, la finesse d'un avion de ligne par vent nul et conditions optimales est située entre 18 et 22). Les contrôleurs et Quintal calculèrent que le vol 143 n'atteindrait pas Winnipeg.