À la suite de sa défaite à la bataille de Waterloo, Napoléon fut exilé et déporté par les Britanniques sur Sainte-Hélène, où il débarqua en octobre 1815. L'arrivée de Napoléon entraîna une augmentation sensible de la population de l'île : près de 2 000 soldats et 500 marins de la flottille de guerre, ainsi que des officiels du gouvernement britannique, accompagnés de leur famille, sans oublier la petite colonie française qui vivait dans l'entourage de Napoléon. De plus, les Britanniques, craignant un débarquement de marins français pour libérer le prisonnier comme sur l'île d'Elbe, revendiquèrent l'île de l'Ascension — jusque-là inhabitée — pour y établir une garnison navale.
Napoléon mourut le 5 mai 1821. Le lendemain, le gouverneur de l'île, sir Hudson Lowe, bien qu'en perpétuel conflit avec son ancien prisonnier, vint en personne s’assurer de sa mort et déclara alors à son entourage : « Hé bien, Messieurs, c'était le plus grand ennemi de l'Angleterre et le mien aussi ; mais je lui pardonne tout. À la mort d'un si grand homme, on ne doit éprouver qu'une profonde douleur et de profonds regrets. »
Conformément à ses dernières volontés, Napoléon fut inhumé le 9 mai près d'une source, dans la vallée du Géranium, dénommée depuis « vallée du Tombeau ». Le 27 mai, toute la colonie française quitta l'île. Dix-neuf ans après la mort de Napoléon, le roi Louis-Philippe put obtenir du Royaume-Uni la restitution des cendres de l'ex-empereur. L'exhumation du corps de Napoléon eut lieu le 15 octobre 1840, puis il fut rapatrié en France et inhumé aux Invalides, à Paris.
À partir de 1854, l'empereur Napoléon III négocia avec le gouvernement britannique l'achat de Longwood House et de la vallée du Tombeau, qui devinrent propriétés françaises en 1858, sous le nom de Domaines français de Sainte-Hélène et gérées depuis par le ministère des Affaires étrangères. Le pavillon des Briars, première demeure de l'empereur sur l'île, fut adjoint au domaine en 1959, lorsque sa dernière propriétaire en fit don à la France.
L'île n'est accessible que par bateau. Un navire britannique le RMS St Helena (RMS pour Royal Mail Service, le dernier bateau postal britannique encore en service), mi-cargo mi-paquebot fait la liaison avec l'Afrique du Sud. L'île ne possède pas de port à quai. Après beaucoup de controverses, le projet d'aéroport a été abandonné en raison de la crise économique mondiale (2009).
La végétation de l'île comptait de nombreuses espèces endémiques au moment de sa découverte, mais a été fortement dégradée par la présence de l'homme. La destruction a commencé peu de temps après la découverte par les Portugais en 1502, avec l'introduction de chèvres. Comme il n'y avait aucun animal herbivore sur l'île, la flore n'était pas adaptée au pâturage. Plus tard, avec l'établissement d'une population permanente par la Compagnie anglaise des Indes orientales en 1659, de nombreuses plantes, comme le Phormium tenax, ont été introduites, lesquelles ont crées de nouveaux paysages. De plus, les arbres ont été fortement utilisés pour la construction et la cuisine, et la distillation de l'arrack.
Si l'intérieur de l'île était probablement couvert par une dense forêt tropicale, ainsi que la côte, le paysage actuel est très différent. Il y a trois grandes zones de végétation : les fourrés de fougères arborescentes, sur les plus hautes parties de l'île, des pâturages aux altitudes moyennes, et une zone complètement érodée, sur les parties basses.
Certaines espèces comme Acalypha rubrinervis et Nesiota elliptica (olivier de Saint Hélène) ont maintenant disparu. D'autres espèces, comme le Pelargonium cotyledonis sont devenues rares ou en voie d'extinction.