Ancien terminus de la ligne 5 jusqu'en 1942, Gare du Nord USFRT, située sous le boulevard de Denain, devient une station fantôme lors du prolongement de cette ligne vers Pantin, qui impose la construction d'une nouvelle station sous la rue du Faubourg-Saint-Denis. Elle est devenue depuis le centre de formation des conducteurs RATP.
La station Olympiades a été utilisée comme atelier provisoire de la ligne 14 avant le prolongement du tunnel en direction de Maison Blanche et la création de l'atelier définitif à proximité, comme souvent dans le métro.
L'ancien terminus en boucle de la ligne 3 à Villiers a été lui aussi transformé en centre de formation de la RATP, juste au-dessous du Parc Monceau.
Lors du prolongement de la ligne 3 à Gallieni, la station Martin Nadaud est intégrée à la station Gambetta suite à son déplacement vers l'ouest. La station existe toujours : elle se situe dans le prolongement de l'actuelle station Gambetta en direction de Pont de Levallois, à l'emplacement bordé de grilles.
Trois autres stations ont été prévues, lors de l'édification du quartier de La Défense et de l'aéroport d'Orly, mais n'ont jamais été desservies par une ligne. Deux se situent sous la dalle du quartier d'affaires, et une sous l'aérogare d'Orly-sud. Elles se limitent à un simple coffrage en béton, dépourvues du moindre aménagement.
Dès le prolongement de la ligne 1 du métro au Pont de Neuilly en 1937, le futur prolongement à La Défense est déjà envisagé. Lors de la construction de la dalle piétonne, qui recouvre les voies routières et les nombreux parkings souterrains durant les années 1960 et 1970, l'Établissement public pour l'aménagement de la région de la Défense (EPAD) fait réserver deux coffrages destinés à accueillir deux futures stations de métro, sur l'axe qui devait être desservi par la ligne. La Défense - Michelet et Élysées - La Défense sont respectivement situés sous le quartier Michelet et sous l'immeuble Élysée Défense.
Mais lors de la conception du prolongement, qui attend les années 1990 pour être enfin réalisé, la complexité et donc le coût d'une traversée sous-fluviale dans ce secteur au sol déjà très encombré sont jugés dissuasifs. La traversée de la Seine est ainsi réalisée en passant sur le pont de Neuilly, et non en tunnel comme prévu au départ. Les emplacements réservés ne servent donc pas et restent depuis uniquement accessibles par une trappe située dans le 4e sous-sol des parkings, à une profondeur de trente mètres. La ligne actuelle a été réalisée en partie sur l'emprise d'une des voies de l'autoroute A14, réduite à 2×2 voies au lieu des trois prévues.
Orly-Sud a été conçue en même temps que l'aérogare, et a été implantée sous le bâtiment en prévision d'un futur prolongement du métro jusqu'à ce lieu. Mais aucun prolongement n'a été mis en œuvre, et le métro automatique Orlyval ouvert en 1991 a été établi en viaduc, sans utiliser l'emplacement réservé qui reste à l'état d'un simple coffrage depuis un demi siècle.
Quatre stations ont été déplacées depuis la construction des lignes.
Porte de Versailles : ancien terminus de la ligne A de l'ex-Compagnie Nord-Sud, à l'extrémité de la station actuelle.
Victor Hugo : la station a été déplacée d'une centaine de mètres vers l'est car avec le nouveau matériel utilisé, l'extrémité des voitures, plus longues, étaient trop éloignées des quais en trop forte courbe de la station initiale (ligne 2).
Boucle de Porte Maillot : ancien terminus ligne 1 avant son prolongement à Pont de Neuilly. Un des quais a servi un temps de salon de réception pour la RATP. Depuis le début de l'année 2007, la boucle est en cours de transformation en atelier supplémentaire pour les futurs MP 05 lors de l'automatisation intégrale de la ligne 1.
Les Halles : la station a été reconstruite en 1977 à quelques dizaines de mètres vers l'est parallèlement à la précédente, pour permettre une meilleure correspondance avec la nouvelle gare de RER fraîchement construite. Il ne subsiste aucune trace de l'ancienne station.