L'université reconnait qu'elle est une "entreprise créée par le congres pour servir des intérêts gouvernementaux". L'université et le Ministère de l'éducation s'accordent sur le fait que Gallaudet a une structure mise en place par le Gouvernement fédéral, qui lui donne le statut d'"établissement privé, agrée par le gouvernement fédéral, à but non lucratif."
le 55eme rapport annuel de Gallaudet comprend une annexe, qui inclue les textes de 99 lois fédérales, liées à Gallaudet, Columbia, qui ont été votées entre 1857 et 1912.
La grève des étudiants de Gallaudet, qui commença le 6 Mars 1988, modifia profondéement la perception et l'enseignement de la "Culture Sourde". Les étudiants sourds étaient indignés par la nomination d'un nouveau président non sourd, Elizabeth Zinser, à la suite d'une longue ligné d'autres présidents non sourds. Les anciens élèves, le corps enseignant, le personnel, et les élèves réclamèrent que, lors de la prochaine nomination du président d'université, celui ci soit sourd. Au bout d'une semaine de protestation et d'action, Zinser démissionna et fût remplacée par I. King Jordan. Ce mouvement devint connu sous le nom de "Deaf President Now" (DPN).
En Septembre 2005, Jordan annonce son départ à la retraite. Le 1er Mai 2006, le conseil d'administration de l'université annonce que Jane Fernandes, actuelle doyenne de l'université, sera la prochaine présidente de l'université. Cette décision provoque une vague de protestation parmi les étudiant, tant en personne, sur le campus, que sur internet, dans les blogs et forums.
Au départ, les étudiants protestent contre le manque de diversité raciale parmi les finalistes, contre le manque de chaleur de Fernandes, et ses faiblesses dans le langage des signes Américain.
Jordan dénonça publiquement les critiques, qui selon lui, rejettent le docteur Fernandes parce qu'elle n'est pas assez sourde. Il décrit le mouvement de contestation comme du communautarisme identitaire, en disant, "nous nous chamaillons sur ce que veut dire "être sourd"".
Le Washington post signale que Fernandes "voudrait voir l'établissement accueillir plus de personne qui n'ont pas grandi en utilisant le langage des signes," déclarant que Gallaudet doit comprendre toutes les sortes de surdité. Ses opposant craignent un "affaiblissant du langage des signes Américains, dans un établissement qui devrait être son porte-drapeau.
Selon les protestataires, Fernandes déforme leurs arguments. ils rappellent alors que la contestation est basée sur l'inaptitude de Fernandes à diriger, un processus de sélection inégal, et des problèmes de longue date au sein de l'école.
Au Printemps 2006, les étudiant bloquent les entrées du campus Gallaudet, tiennent des rassemblements, et installent des tentes à proximité de l'entrée principale de l'université. Fernandes, désignée comme présidente, soutient qu'elle ne se désisterait pas. Le 8 mai, le corps enseignant refuse d'accorder sa confiance au docteur Fernandes lors d'un vote.
Quand, à l'automne 2006, l'année académique reprend, quelques étudiants, le corps enseignant, le staff et les anciens élèves continuent de protester, appelant Fernandes à démissionner et à recommencer le processus de désignation d'un président. Le 11 octobre, un groupe d'étudiant ferme le campus en signe de protestation. Le 16 octobre, lors d'une réunion régulière, les membres du corps enseignant votent à 138 pour, contre 24 contre, to block Dr. Fernandes from becoming president of Gallaudet University ⇔ d'empêcher le docteur Fernandes d'accéder à la fonction de président de l'université de Gallaudet.
Fernandes déclare: "je ne comprend vraiment pas, donc, cela ne doit pas venir de moi... Je pense que c'est une question d'évolution, de changement, et de croissance de la communauté sourde."
Le 29 octobre, l'université retire sa nomination de Fernandes. A travers le Washington Post, Jordan défend les conclusions de Fernandes, et dénonce la décision du conseil, ainsi que les actions des protestataires. "Je suis convaincu que le conseil a fait une grave erreur, en accédant aux exigences des protestataire, et en mettant fin à la présidence de Fernandes avant que celle ci ne commence".
le 10 décembre 2006, le conseil d'administration annonce que Robert Davila sera le président par intérim, pour un maximum de deux ans. Il prend officiellement sa charge le 9 mai 2007, pendant une cérémonie durant laquelle la déléguée du Congres du District de Columbia, Eleanor Holmes Norton, expose, dans un discours, de manière positive les protestations de 2006. Robert Davila démissionne le 31 décembre 2009.
Le 18 Octobre 2009, le conseil d'administration annonce que le 10eme président de Gallaudet sera le Docteur T. Alan Hurwitz. Sa titularisation prend effet le 1 Janvier 2010.
Le 29 Juin 2007, à la suite de la controverse à propos de la présidence de l'université, Gallaudet est placée sous probation par son organisation accréditrice, la Commission sur l'éducation supérieure de l'association des Universités et écoles des Middle states (en: Middle States Association of Colleges and Schools).
Le Washington Post rapporte que la commission des Middles States (MSC) s'inquiète des carences au niveau de la direction, de la rigueur académique, la student retention, et leur intégrité, problèmes qui doivent être résolus pour que l'école garde son accréditation. Le journal note aussi que, en 2006, le bureau de gestion et du budget a rapporté que "Gallaudet manque à ses buts, ou a montré des signes de déclin dans des secteurs clés, y compris le nombre d'étudiant qui restent à l'école, sont diplomés, poursuivent des études de troisieme cycle ou trouvent un emploi correspondant à leur diplome." Selon l'article, si l'école perd son accréditation, les étudiants ne pourraient plus recevoir de prets fédéraux, et pourraient ne plus pouvoir faire valider et correspondre leurs acquis dans d'autres universités. L'école quant à elle, pourrait perdre les subventions fédérales qui s'élèvent à 108 millions par an. En Janvier 2007, l'ancien président Jordan plus un éditorial à ce sujet dans le Washinton Post. La MSC confirme l'accréditation de Gallaudet le 27 juin 2008.