Le conflit qui éclate à Prague en 1618, à l'occasion de l'élection par les Tchèques d'un monarque protestant, Frédéric V, semble à première vue ne pas concerner les Alsaciens et les Lorrains. Pourtant, dès 1621, l'un des généraux de Frédéric V, nouveau roi de Bohême, le comte Ernst von Mansfeld envahit l'Alsace et le Pays de Bitche, à la tête de son armée de mercenaires. Mansfeld installe son quartier général à Haguenau. Il se livre au pillage systématique de toute la contrée sans se heurter à la moindre résistance. En 1622, les bandes de Mansfeld s'attaquèrent à l'abbaye de Sturzelbronn. À la même époque, de violents affrontements opposent également en Allemagne les catholiques aux protestants, les catholiques étant soutenus par les Habsbourg et les protestants par la plupart des princes allemands ayant adopté la Réforme.
L'enjeu du conflit devient une hégémonie en Europe occidentale, que se disputent l'Autriche de l'empereur d'Autriche Ferdinand II et la France, toujours gouvernée par Richelieu. Les motifs religieux sont insignifiants à ce moment. La France, inquiète de la puissance montante de la maison d'Autriche, négocie, sous la pression du cardinal Richelieu, une alliance avec la Suède protestante en 1632, pour mettre en échec la suprématie des Habsbourg. Il est à noter ici que le duc de Lorraine reste fidèle à la maison impériale des Habsbourg. Le maréchal suédois Horn, à la tête d'une troupe de mercenaires recrutés dans toute l'Europe et qui n'ont de suédois que le nom, franchit le Rhin à Kehl et envahit le pays pour le soumettre en quelques mois.
En 1632, toutes les zones catholiques sont entre ses mains et subissent les exactions des mercenaires. Pour briser la résistance lorraine, Richelieu donne l'ordre d'anéantir toutes les places fortes lorraines dont Bitche. Le pays entier est livré au pillage, les maisons sont incendiées et les habitants massacrés. En 1633, l'abbaye de Sturzelbronn, détruite par les incendies, n'existe plus : seule la maisonnette du portier reste debout. À l'horreur de la guerre s'ajoutent la peste et la famine. Battus par les troupes françaises en septembre 1634, les Suédois quittent l'Alsace et la Lorraine. La guerre de Trente Ans se termine en 1648 par les traités de Westphalie, mais en Lorraine, en Alsace et dans d'autres régions rhénanes ravagées par le passage des armées, de nombreux hameaux sont totalement rayés de la carte.
Après ce cataclysme, le duc de Lorraine cherche à repeupler son domaine de Bitche. Des appels, lancés de part et d'autre du Rhin, amènent des colons de Suisse et du Tyrol, pays épargnés par la guerre. Les moines reviennent à Sturzelbronn et reconstruisirent leur abbaye : la vallée de Sturzelbronn commence à revivre à partir de 1687. L'église abbatiale, détruite une première fois en 1633, est reconstruite sous les abbés Fournier, mort en 1711, et Jean-François de Mahuet (1711-1740). Partout, les moines font valoir leurs droits en délimitant leurs terres par des bornes dont certaines existent encore aujourd'hui. Ils ne peuvent pas savoir que tous leurs efforts seront à nouveau anéantis avant la fin du siècle et que la Révolution les chassera définitivement de la vallée.
Dans la région de Sturzelbronn se constitue en 1525 un groupe de paysans insurgés. Quiconque désire se joindre à ce groupe doit se raser la tête, c'est pourquoi on les appele les tondus. Cette bande pille l'abbaye de Sturzelbronn et brûle les livres de la bibliothèque, les lettres de donations, les archives et les registres des redevances. De 1524 à 1525, sous le règne du seigneur Reinhard de Zweibrücken-Bitche (1499-1532) éclate la néfaste guerre des Paysans, appelée aussi guerre des Rustauds. Exaspérés par les charges excessives (taxes, impôts, corvées), déroutés et trompés par l'annonce de la liberté de religion, les paysans d'Alsace et jusque dans le Pays de Bitche, se soulevèrent, se rassemblèrent par centaine, par millier et dévastèrent par le feu, les châteaux, les couvents et les églises. Les thèmes du message de Luther fortifient l'espérance des paysans et exaspèrent leur colère. La liberté proclamée par Luther concerne leur âme mais ils en attendent également la fin de leur asservissement aux nobles et aux prêtres. Dans le Pays de Bitche, la révolte prend des formes de cruauté et d'excès tel que le seigneur de Bitche cherche refuge chez le duc de Lorraine Antoine Ier. Il aurait eu ces mots : " des six mille personnes qui habitent mon domaine, il n'y en a plus six qui me restent fidèles ".
L'abbaye de Sturzelbronn n'est pas épargnée du pillage et de la destruction. Les paysans veulent la suppression des dîmes. Ils brûlent les archives et détruisent les livres où sont notées les taxes à payer. Le duc de Lorraine, appelé au secours par les bourgeois de Strasbourg, étouffe cruellement cette révolte. À Saverne, plus de six mille paysans sont brûlés le 16 mai 1525. Dans un village voisin, vingt mille hommes, femmes et enfants sont massacrés. Après la défaite des paysans, le seigneur de Bitche fait enfermer les principaux meneurs, mais quelques mois plus tard, après la souscription du serment de bannissement, ils sont relâchés. En Alsace, les villes et les seigneurs passés à la Réforme hésitent à combattre les leurs. Pourtant la révolte les inquiète. Le duc Antoine de Lorraine, un catholique, les tire d'embarras. Il assiège Saverne avec trente mille mercenaires. Partout la vengeance des nobles et des couvents est impitoyable. Au total, près de trente-cinq mille paysans sont morts. Pour les survivants, c'est la fin d'un grand espoir et le retour à une oppression plus dure qu'avant.
Les princes passés à la Réforme obligèrent leur peuple à embrasser la nouvelle religion ou à quitter le territoire. Ils ont pour principe que la religion du prince est aussi celle du peuple. Ainsi en 1570, le comte Philippe V de Hanau-Lichtenberg, nouveau maître protestant de Bitche fait arrêter l'abbé de Sturzelbronn, et s'empare de l'abbaye. Le duc de Lorraine Charles III sauve l'existence de l'abbaye et fait occuper tout le Pays de Bitche en 1572. Si le comte de Hanau-Lichtenberg avait réussi à mettre la main sur l'abbaye de Sturzelbronn, tous les villages et domaines incorporés à cette dernière seraient passés à la Réforme et seraient sans doute protestants aujourd'hui.