Dans un scénario de gestion du risque semblable au désastre de Challenger, la direction de la NASA a omis de prendre en compte la pertinence des inquiétudes des ingénieurs en matière de sécurité. Deux exemples : refus des demandes des techniciens sur des recherches par caméra d'éventuels dommages et inspection, par les astronautes, de l'aile gauche. Les ingénieurs ont fait trois demandes séparées au Département of Défense (DOD) d'imagerie de la navette en orbite pour déterminer les dommages avec plus de précision.
Alors que les images existantes n'étaient pas garanties de montrer les dommages, la possibilité existait de prise de vues avec une résolution suffisante pour fournir un examen significatif. En fait, le CAIB a recommandé pour les vols suivants que la navette spatiale soit inspectée en orbite utilisant les capacités au sol ou basés dans l'espace du Département de la Défense. Les dirigeants de la NASA n'ont pas honoré ces demandes et dans certains cas sont intervenus pour empêcher une participation du DOD.
L'ingénieur en chef du système de protection thermique (TPS) de la NASA était préoccupé par des dommages de la TPS de l'aile gauche et a demandé à la direction de la NASA si un astronaute pouvait l'inspecter visuellement. Les directeurs de la NASA n'ont jamais répondu.
Dans tout le processus d'évaluation des risques, les hauts directeurs de la NASA ont été influencés par leur certitude que rien ne pourrait être fait même si des dommages étaient détectés, par conséquent ceci a affecté leur opinion sur l'urgence et la précision des recherches et les actions possibles éventuelles.
Elles ont décidé de suivre un scénario d'étude de "paramètre quoi-si" plus adaptée à déterminer les probabilités de risque d'événements futurs, au lieu d'inspecter et évaluer les dommages réels. Le rapport d'enquête a montré, en particulier, Linda Ham, directeur de la NASA, comme ayant cette attitude.
Une grande partie de l'évaluation des risques s'est axée sur des prévisions de dommages sur le système de protection thermique. Celles-ci se rangent dans deux catégories : dommages aux tuiles de silice sur l'intrados d'aile, et des dommages aux panneaux secondaires renforcés au carbone-carbone (RCC). (Le TPS inclut une troisième catégorie de composants, les couvertures isolantes thermiques, mais des prévisions de dommages ne sont pas typiquement axés sur eux. Des évaluations des dommages sur les couvertures thermiques peuvent être exécutées qu'après qu'une anomalie ait été observée sur les deux premiers composants et ceci a été fait au moins une fois après le retour désastreux de Columbia.)
Un programme informatique de prédiction de dégâts était utilisé pour évaluer les dégâts potentiels des tuiles et panneaux RCC.
L'outil de prédiction de dommages appelé "Crater" a été décrit par plusieurs responsables de la NASA, lors de conférences de presse, comme n'étant pas tout à fait un logiciel informatique mais plutôt une feulille de calculs statistiques des observation des évènement des vols passés et de leurs effets.
L'outil "Crater" avait prédit une perforation importante de plusieurs tuiles par un impact si celui-ci avait lieu dans la zone des tuiles du TPS mais les ingénieurs de la NASA ont sous estimé cela.
Les ingénieurs ont estimé exagérés les résultats du modèle sur les dommages causés par de petits projectiles et qu'il en serait de même pour l'impact de plus grands morceaux de mousse insufflée (SOFI).
Le programme utilisé pour prédire les dommages sur les tuiles RCC était basé sur de petits impacts de glace de la taille d'un mégot de cigarette et pas sur l'impact d'un plus grand morceau SOFI, car les impacts de glace étaient la seule menace reconnue sur les panneaux jusqu'à ce jour.
Moins de 1 sur 15 envisageait un impact de mousse, le logiciel prédit qu'un impact de glace pourrait complètement traverser le panneau RCC. Les ingénieurs ont minimisé cela aussi, estimant que l'impact d'une matière moins dense comme la mousse (SOFI) aurait moins de conséquence que les impacts de glace.
Dans un échange d'e-mail, des responsables de la NASA se sont demandés si la densité de la SOFI pouvait être utilisée pour justifier de la réduction prévisible des dommages.
En dépit de préoccupations au sujet des études sur l'énergie transmise par le matériau SOFI, les responsables de la NASA ont finalement accepté comme logique de réduction des dégâts possibles sur les panneaux RCC de perforation possible à légers dégâts à la mince couche de protection.
En fin de compte l'équipe de direction de mission de la NASA a estimé qu'il n'y avait pas suffisamment de preuves pour indiquer que l'impact était une situation dangereuse, aussi elle a déclaré que l'impact de débris comme problème mineur et refusé les demandes d'images du ministère de la Défense.