En octobre 2007, Microsoft a acheté 1,7 % de Facebook pour la somme de 240 millions de dollars, valorisant la société à hauteur d'environ 15 milliards de dollars. Avec environ 60 millions de fiches à cette date cela représente une valorisation d'environ 250 dollars par fiche, mais a permis à Microsoft de devenir l'unique fournisseur de publicités de Facebook. Grâce à cet actionnariat, Microsoft va pouvoir mettre en place son moteur de recherche Bing et ainsi avoir une meilleure exposition aux yeux des internautes afin de concurrencer Google, laissant le marché publicitaire à Facebook.
Depuis sa création, Facebook fait l'objet d'une controverse concernant le respect de la vie privée des utilisateurs. Le logiciel utilise en effet les informations personnelles des utilisateurs afin d'introduire des publicités adaptées à leur profil et vend les informations livrées par les utilisateurs à des entreprises privées, comme c'est indiqué dans sa charte concernant la vie privée. Cette charte indique par ailleurs que Facebook peut aller récolter des informations sur les membres à partir de sources extérieures comme les journaux, les blogs et d'autres sources sur Internet.
Les informations sur les utilisateurs sont également collectées par Facebook pour améliorer ses bases de données et permettre à ses clients de mieux cibler les publicités, en connaissant les comportements de consommation des utilisateurs de Facebook. Les sites tiers peuvent, grâce à Facebook Social Ads, utiliser les informations amassées par Facebook pour envoyer des publicités ciblées en fonction des différentes caractéristiques des profils. Ceux-ci pouvant par exemple contenir des données sur : la sexualité, le niveau d'études, les opinions politiques, la religion, les emplois occupés.
Le contrat passé avec les utilisateurs de Facebook spécifie que toutes les données entrées sur le site (messages, éléments de profils, photos etc.) ont leurs droits concédés sous licence à Facebook qui a le droit de les utiliser pour ses publicités, de les revendre à des tiers, de les sous-licencier. Le 4 février 2009, Facebook a modifié ses conditions d'utilisations et a inventé le principe d'une « licence perpétuelle sur tout le contenu déposé (articles, photos, vidéos...) par un utilisateur, y compris les contenus supprimés. Devant le tollé provoqué, l'entreprise a fait marche arrière deux semaines plus tard.
Beacon, le dernier logiciel publicitaire de Facebook en date permet à des sites Internet intégrant un script de Facebook d'envoyer des informations sur les actions d'un membre de Facebook sur leur site (un achat, un jeu, etc.) aux amis Facebook de ce membre, dans leur « newsfeed », ou de mettre ces informations dans son journal sur sa page personnelle. Cette forme de marketing est considérée comme très efficace, car elle passe par les réseaux sociaux et non par l'interpellation directe des personnes par la publicité.
Voici un extrait particulièrement significatif des conditions de cession de droits au profit de Facebook :
« vous nous accordez une licence non-exclusive, transférable, sous-licenciable, sans redevance et mondiale pour l'utilisation des contenus de propriété intellectuelle que vous publiez sur Facebook ou en relation à Facebook (« licence de propriété intellectuelle »). Cette licence de propriété intellectuelle se termine lorsque vous supprimez vos contenus de propriété intellectuelle ou votre compte (sauf si votre compte est partagé avec d'autres personnes qui ne l'ont pas supprimé) ».
Les informations sur la vie privée publiées sur Facebook peuvent être lues et utilisées par des personnes à qui elles n'étaient pas initialement destinées.
Certaines entreprises utilisent Facebook pour collecter des informations sur leurs employés tandis que des recruteurs s'en servent pour leur sélection de candidats : « Les recruteurs appuyaient parfois un refus d'embauche sur des détails privés ainsi collectés ». Par ailleurs, certains parents se servent de Facebook pour surveiller la vie de leurs enfants.
Les Renseignements généraux puis Direction centrale du renseignement intérieur peuvent aussi collecter des informations et compléter leurs fichiers types EDVIGE. C'est une forme de fichage volontaire, ce qui lui a donné le surnom d'« Edvige Volontaire ». Des logiciels d'analyse de réseaux sociaux permettent d'effectuer ce genre d'opérations (voir l'article en anglais sur le sujet).
De nombreuses ONG de défense des droits de l'homme et de la vie privée des personnes, comme l'Electronic Frontier Foundation ou Privacy International, s'inquiètent de cette nouvelle manière de récolter des informations sur les internautes et de les utiliser. Elles la considèrent comme d'autant plus pernicieuse qu'elle se met en œuvre avec la parfaite collaboration des utilisateurs de Facebook, qui n'ont pas nécessairement conscience des dangers d'une telle concentration d'informations entre les mains d'une entreprise privée, de leur vente à d'autres entreprises, ou de leur mise à disposition aux autorités fédérales américaines à leur demande. Il semblerait également que les employés de Facebook puissent avoir accès aux pages de tous les utilisateurs du service.
Fin novembre 2007, un réseau lancé par MoveOn a fait pression pour défendre la vie privée des utilisateurs du site, et a lancé une pétition en ligne. De nombreux groupes se sont créés sur Facebook pour dénoncer ce viol de la vie privée des utilisateurs du site.
Le site de MoveOn.org proposait des liens vers une pétition pour mettre un terme au système Beacon, ainsi que vers un site décrivant comment, sur Mozilla Firefox, bloquer Beacon : il faut télécharger l'extension (« addon ») BlockSite et faire une manipulation simple, expliquée sur le site mentionné.
Jeudi 29 novembre 2007, face aux réactions suscitées par ce nouveau système publicitaire et à la menace que l'ampleur croissante du mouvement de protestation représentait pour l'image de l'entreprise, Mark Zukerberg a présenté ses excuses aux utilisateurs de Facebook et a indiqué qu'au lieu du système d'opt-out au cas par cas (à chaque nouvelle intrusion, l'utilisateur de Facebook devait signifier à chaque entreprise qui fonctionnait avec Beacon qu'il ne voulait plus faire partie du système), ce serait aux utilisateurs de décider d'intégrer globalement cette fonction, pour toutes les entreprises internet - « opt-in ».
Les données continuent donc à être récoltées, et la vie privée des utilisateurs, donc, à être surveillée, mais celles-ci ne sont exploitées commercialement par Beacon que si les utilisateurs s'inscrivent. Les autres formes de publicité ciblées, elles, demeurent.
Un virus nommé Koobface utilise le compte Facebook de ses victimes. Il a été découvert en novembre 2008 par l'éditeur McAfee et se propage en envoyant des courriers électroniques aux amis des personnes dont l'ordinateur a été infecté, et si l’utilisateur a la malheureuse idée de télécharger le programme, son ordinateur va être infecté et dirigera ses utilisateurs sur des sites contaminés lors de recherches sur Google, Yahoo ou encore MSN.
En mai 2009, à quelques jours de l'élection présidentielle iranienne, le site a été interdit d'accès en Iran. Une agence de presse proche des réformateurs a déclaré que « Selon certains internautes, le site a été interdit parce que les partisans du candidat Mir-Hossein Mousavi avaient réussi à utiliser Facebook pour mieux faire connaître les positions du candidat ».
Depuis novembre 2009, Facebook est également bloqué aux utilisateurs vietnamiens, sur décision du gouvernement local, mais aussi en Chine.
Rue89 a dévoilé une information émanant du portail d’information israélien MySay.co.il, et reprise par le magazine allemand d’investigation der Spiegel : le portrait d’une jeune femme israélienne, Reut Zukerman, suspectée d’avoir été créé par le Hezbollah, dans le but de soutirer des informations aux soldats israéliens.
Reut Zukerman convaincra 200 soldats ou réservistes israéliens de devenir ses « amis », afin de les faire parler. Le site israélien affirme qu’ « ils auraient rapporté à leur copine Facebook des noms de soldats, du jargon, des codes secrets et des descriptions détaillées des bases militaires ». Les services secrets israéliens utiliseraient également Facebook et Twitter pour recruter des informateurs palestiniens dans la bande de Gaza.
Suite à l'explosion de la plate-forme pétrolière Deepwater Horizon (louée par la compagnie pétrolière BP), un groupe s'est constitué sur Facebook réunissant presque un million de membres. Le 29 juin 2010, le groupe a été fermé sans aucun avertissement de la part de Facebook. Cela a provoqué une avalanche de critiques à l'encontre de Facebook et de sa volonté de censurer le réseau social. Facebook a annoncé de son côté que le groupe a été fermé accidentellement par un système automatique. Cette explication a été rejetée par des sites comme change.org. Le groupe a été rétabli une journée plus tard.
Dans une tribune du 14 août, Mahor Chiche a dénoncé dans Le Monde l'absence de démocratie sur Facebook et la possibilité pour les administrateurs de bannir des membres sur la seule foi de dénonciations.