L'Humanité était plongée dans le désespoir et la servilité. Après une phase de développement sans précédent où les machines et la science furent élevées au rang d'art par les Hommes, les machines se retournèrent contre ceux-ci, les Xenos attaquèrent et le Chaos corrompit nombre de mondes. Ce fut l'époque qui devait être connue sous le nom d'Ere des Luttes. Les Hommes ne vivaient plus que dans l'ombre de leur gloire passée, l'Humanité disparaissant peu à peu. Puis Il vint et les Hommes surent que leur temps était à nouveau venu. Il les rassembla sous sa bannière, prit d'assaut le berceau de l'Humanité et le baptisa Terra, en l'honneur de sa gloire passée. L'Empereur venait d'émerger des ténèbres et l'Humanité le suivait, ou mourait dans sa folie de lui résister. Les premiers Space Marines Lui tenaient lieu d'armée et nul ne put s'opposer à Lui.
L'Empereur avait besoin de grands généraux pour mener sa tâche de reconquête à bien. Il créa, avec l'aide de nombreux scientifiques et médecins, des hybrides d'humains supérieurs à ces derniers en tout, presque Ses égaux en réalité. Toutefois, une force inconnue vint disperser les Primarques dans l'espace. L'Empereur ne se découragea pas et à partir des échantillons des patrimoines génétiques des Primarques, il créa les légions Space Marines qu'il équipa, éduqua et forma personnellement. Ensuite, ils partirent tous à la conquête des Empires spatiaux perdus par les Hommes. Les premiers pas des Space Marines devinrent vite des pas de géants, la Grande Croisade venait de débuter. Toutefois à mesure que les Space Marines prenaient des mondes et les soumettaient, ils ne pouvaient en assurer indéfiniment la protection avant de repartir. L'Empereur avisa le problème et créa l'Armée Impériale.
L'Empereur avisé des problèmes rencontrés par les légions Space Marines pour conserver les mondes conquis, dut trouver une solution d'urgence. Il se tourna vers des mondes pacifiés dont les populations permettaient de recruter des légions entières d'hommes et de femmes désirant se battre pour l'Empereur, mais ne pouvant être recrutés dans les légions Space Marines. Les premiers régiments furent assemblés et équipés sur Terra, puis détachés aux légions Space Marines. Puis au fur et à mesure que les effectifs augmentaient, ils devinrent un organe de combat à part entière. Bien qu'Humains, les Soldats Impériaux disposèrent du même matériel et de la même organisation que les Space Marines, sans toutefois avoir les mêmes ordres de missions et les mêmes priorités de recrutement. Puis les centaines de milliards d'hommes de la Garde Impériale reçurent leurs premiers honneurs de bataille et se firent remarquer de l'Empereur par leur courage et leur détermination.
Les Commandeurs ne purent jamais égaler les victoires que les Primarques étaient capables d'accomplir, toutefois ils jouèrent un rôle essentiel dans le bon développement de la Croisade. Là où les Space Marines n'avaient pas le temps de rester, la Garde Impériale stationnait et stabilisait la situation avant de reprendre la route. Là ou l'Armée Impériale en progression se trouvait face à des ennemis trop puissants, les Space Marines intervenaient. Les deux organismes marchaient alors main dans la main et rien ne pouvaient les arrêter. Les effectifs de l'Armée Impériale devinrent toujours plus pléthoriques à mesure de l'agrandissement des domaines de l'Humanité, et ils dépassèrent très vite le nombre des légions Space Marines.
L'Armée impériale est constituée de trois composantes :
Dans leur énorme diversité, les régiments de la Garde Impériale sont parfois composés de simples cavaliers, seulement de tanks, ou bien seulement de l'infanterie. Certaines planètes fournissent des armées si bien équipées et disciplinées, que les soldats sont des égaux des très craintes troupes de choc de l'Imperium. D'autres régiments regroupent plusieurs éléments selon leur type de recrutement au niveau de leur planète. Il est cependant sûr qu'un certain standard est maintenu dans la Garde Impériale et que jamais un régiment ne sera envoyé au combat sans un matériel approprié. Si le monde natal du régiment n'est pas en mesure de fournir plus un équipement suffisant, il fournira plus d'hommes pour compenser et l'Administratum fournira entraînement supplémentaire et arsenal aux loyaux soldats de l'Empereur-Dieu.
Horus, Le Maître de Guerre, fils préféré de l'Empereur, aîné des Primarques, le plus puissant d'entre eux, vint à se rebeller. Nul ne s'explique exactement ce qui se passa, même l'Empereur en personne ne sut prévenir cette trahison qui devait ouvrir une plaie sanglante dans l'Humanité, une plaie qui ne se referma jamais totalement. La moitié des légions Space Marines se convertit au Chaos, et se retourna contre leurs frères. Les Space Marines se battirent entre eux et des mondes furent réduits en cendres, les Armées Impériales éclatées alors que des démons et des Dieux fous se battaient pour assaillir tous en même temps l'Humanité. Le rêve de l'Empereur vola en éclat, la Confrérie des Primarques n’était plus et l'Humanité fut presque réduite en poussière.
Les combats furent portés jusque sur la très Sainte Terra. Les renégats affrontèrent leurs frères loyalistes jusque dans le palais même de l'Empereur. Puis les Primarques loyaux qui avaient été retenus au loin par les démons menacèrent d'arriver. Horus l'Archihérétique laissa alors l'Empereur venir l'affronter en duel. Il tua d'abord son frère Sanguinius, vénéré par les Blood Angels. Puis l'Empereur arriva sur le pont où se tenait Horus et vit la folie qui tenait ce dernier. Nul combat ne fut plus épique, rien ni personne ne fut plus jamais en mesure de porter la violence à un tel niveau. L'Empereur était certes un dieu vivant, mais les quatre Dieux du Chaos avaient usés de leurs pouvoirs pour renforcer Horus, qui était devenu presque aussi fort que son père. L'Empereur finit par tuer Horus au prix d'une grave blessure. Rogal Dorn fut le premier à retrouver l'Empereur, qui dans un dernier souffle lui ordonna la construction du Trône d'Or depuis lequel l'Empereur veille aujourd'hui encore sur l'Humanité.
Les Commandeurs toujours loyaux à l'Imperium, et isolés firent tous, sans exceptions honneur à l'Empereur. Bien que certains fussent corrompus par les idées des hérétiques, la plupart se battirent avec acharnement pour sauvegarder les domaines de l'Humanité. Des héros se levèrent d'entre les foules, des légendes naquirent, des régiments acquirent leurs lettres de noblesses. Nul ne peut dire exactement comment ni combien d'entre eux échappèrent à la folie qui frappa l'univers, mais ils le firent. Après la victoire de l'Empereur et la reconquête par Roboute Guilliman et ses frères loyaux, l'Armée Impériale fut remerciée et hérita d'un nouveau titre, et d'un nouveau surnom, à cause des effectifs monstrueux qui furent levés partout dans l'Imperium: la Garde Impériale dite « Le Marteau de l'Empereur ».
Aujourd'hui la Garde Impériale est à l'image de ce qu'elle fut jadis: une armée pléthorique dont les effectifs se comptent en centaines et en centaines de milliards d'hommes loyaux à l'Empereur. L'équipement de la Garde impériale se diversifia et s'adapta à sa réputation de masse, sa fonction fut redéfinie et son organisation revue, les Space Marines devenant de plus en plus distants et rares, n'œuvrant que pour les missions les plus difficiles et les plus cruciales.