Giovanni Antonio Scopoli (ou Johannes Antonius Scopoli sous sa forme latinisée), (13 juin 1723, Cavalese dans le Trentin-Haut-Adige - 8 mai 1788, Pavie) est un médecin, entomologiste et naturaliste de culture italienne né dans une région du Tyrol administrée par l'Autriche depuis des siècles.
Scopoli, fils d'un avocat d’origine italienne est né à Cavalese dans le Val di Fiemme au Tyrol. Il fait ses études élémentaires dans une école privée, puis ses études intermédiaires à Trente, enfin il étudie au Gymnasium de Hall. Après des études de médecine à Innsbruck et l’obtention de son diplôme en 1743, il exerce la médecine à Cavalese, à Trente et enfin à Venise. En 1749, il épouse Albina de' Miorini, la fille de Carlo Antonio, un notable de Cavalese. Puis, durant deux ans, il séjourne en Styrie, à Graz et Seckau, dans la suite de Leopoldo Ernesto Firmian (1708-1783), évêque de Passau et cardinal à partir de 1772.
Il obtient à Vienne un diplôme de médecine universelle lui permettant d'exercer n'importe où dans l'Empire des Habsbourg. Il consacre beaucoup de temps à étudier la faune et la flore du Tyrol. Scopoli constitue un grand herbier et une vaste collection d'insectes. Il finit par s'installer à Idrija, un petit village de la Carniole (aujourd'hui en Slovénie) comme médecin et enseignant de la chimie métallurgique auprès de la compagnie minière. Il y passe 16 ans, perpétuellement en conflit avec le directeur qui lui reproche de passer trop de temps à étudier les plantes et les insectes. Il perd sa femme et sa fille dans des incendies de sa maison. En 1758, il se repose à Ljubljana auprès de Caterina de Franchenfeldt.
Il publie, en 1760, une flore de la région (Flora carniolica) et en 1763, une faune entomologique, Entomologia carniolica où il décrit notamment un insecte, la carniole.
En 1761, il publie De Hydroargyro Idriensi Tentamina un ouvrage sur les symptômes de l’intoxication mercurielle chez les mineurs de mercure, tiré de ses observations sur les mineurs d’Idrija. En 1767, il est appelé par le gouvernement impérial à venir enseigner la minéralogie et la métallurgie à l’Académie de Schemnitz (maintenant Banská Štiavnica en Slovaquie). Il occupe cette fonction jusqu’en 1776. En dehors de son œuvre de naturaliste, il reste connu dans le domaine de la toxicologie industrielle pour ses observations sur le mercure.
Il refuse, pour des raisons patriotiques, la chaire de minéralogie de l'Académie des sciences de Saint-Pétersbourg et en 1777, il obtient la chaire d'histoire naturelle de l’Université de Pavie, sous domination autrichienne, où il enseigne la chimie et la botanique, poste qu'il conserve jusqu'à sa mort. Il travaille notamment aux côtés de Lazzaro Spallanzani (1729-1799). Les relations entre les deux hommes sont très difficiles et émaillées d’incidents variés. Ainsi, Spallanzani et Scopoli s’opposent dès la venue du premier à Pavie, notamment parce que Scopoli est linnéen et non Spallanzani. Ce dernier fait paraître deux opuscules anonymes en 1788 où il se moque d’une erreur commise par Scopoli dans Deliciae Florae et Faunae Insubricae et le surnomme povero physis intestinalis (pauvre ver intestinal). Scopoli, s’associe avec Giovanni Serafino Volta (1764-1842), conservateur du muséum de Pavie, Motta di Livenza Antonio Scarpa (1747-1832), anatomiste et Gregorio Fontana (1735¬1803), mathématicien, pour accuser Spallanzani d’avoir volé des spécimens d’histoire naturelle du muséum universitaire. Une commission finit par le blanchir.
Il perd sa seconde femme et épouse, en troisième noce, Carolina de Feyenau, membre d’une des plus grandes familles nobles de Hongrie. Il entretient une correspondance suivie avec Carl von Linné (1707-1778).
Il fait paraître, entre 1769 et 1772, Anni Historico-Naturales, en cinq volumes et qui comprend une importante partie ornithologique. Il y décrit de nombreuses espèces nouvelles de son cabinet de curiosités mais aussi du muséum du Comte Francesco Annibale Della Torne et de la ménagerie impériale.
Peu de temps après, Scopoli meurt d'un accident vasculaire cérébral. Son dernier travail fut Deliciae Flora et Fauna Insubricae (1786-88), qui mentionne le nom scientifique des oiseaux et des mammifères décrits par Pierre Sonnerat dans le récit de ses voyages.
Il est l'auteur d’Introductio ad historiam naturalem, sistens genera lapidum, plantarum et animalium hactenus detecta, caracteribus essentialibus donata, in tribus divisa, subinde ad leges naturae (1777), un important livre d'initiation à l'histoire naturelle. Son dernier ouvrage est Deliciæ Floræ et Faunæ Insulicæ (en trois volumes) qui décrit de nombreuses espèces animales et végétales. Si dans la première de Flora carniolica Scopoli adopte un système de dénomination basé sur plusieurs noms, la deuxième édition adoptera le système binominal linnéen. Il perd en 1787, l’usage de l’œil droit, sans doute suite à une utilisation intensive du microscope.
Scopoli est, semble-t-il, le premier à avoir eu l'idée de dédier des espèces nouvelles à des personnes. Il contribue considérablement à l'essor des sciences naturelles en Italie et à l'adoption de la nomenclature linnéenne. Malgré une vie frappée par les malheurs — il perd plusieurs fois sa bibliothèque et ses manuscrits — on lui doit 57 publications.
Un alcaloïde provenant d’une plante et utilisé comme drogue, la scopolamine a été découverte dans les variétés du genre Scopolia auquel on a donné son nom.