Mi-2007, les lignes régulières (hors-Europe) joignaient 18 pays de la façade atlantique de l’Afrique et du Maghreb, 10 pays méditerranéens orientaux et de la Mer Noire, 11 pays du Proche-Orient, de la Mer Rouge et du Golfe persique, 11 pays de la partie Sud et Est de l’Afrique et de l’Océan Indien, 4 pays du sous-continent indien, les USA, 12 pays de l’extrême-orient, 8 pays de l’Océanie, 8 Pays de l’Amérique centrale et des Antilles,11 pays de l’Amérique du Sud.
En 2008, une artère ferroviaire Nord-Est relie le port-Ouest par voie électrifiée, pour les trains lourds de pondéreux. Le port accueille des navires jusqu'à 130.000 t de cargaison et 14,20 m de tirant d’eau et jusqu'à 300.000 t et 20,5 m de tirant d’eau dans le port ouest qui dispose d'environ 10.000m² d’entrepôts (ouverts jour et nuit, sans contrainte d’écluse ou de marée, favorisant les escales courtes).
En lien avec l'Agenda 21 dunkerquois, le PAD s'est doté d'un plan dit « PADIA 21 » (Port Autonome de Dunkerque-Industrie-Agenda 21) pour la période 2006-2015, qui en partenariat avec la CCI et la Communauté urbaine de Dunkerque se donne pour objectifs d'améliorer le caractère soutenable de ses activités et impacts en particulier concernant la gestion des sédiments de dragage portuaire et leurs impacts différés potentiels ou avérés sur les milieux, dont ZNIEFFs et zone Natura 2000, qui en aval s’étendent de Dunkerque à la Belgique.. Les boues polluées au-delà des seuils et normes d'éco-toxicité par les métaux lourds, HAP, d’hydrocarbures, TBT et autres antifoolings, pesticides, etc. doivent être traitées différentiellement de celles qui sont susceptibles d'être valorisées. Le PADIA s'est donné 7 priorités
Une CLIS permanente vise à informer les acteurs intéressés de l'avancée des travaux et de la démarche.
Le grand port maritime est chargé de la gestion de l'ensemble des installations portuaires de sa circonscription, ainsi que du curage, traitement et stockage (ou clapage en mer si les seuils de pollution le permettent) des sédiments des avants-ports, chenaux, bassins, darses et autres plans d’eau du port.
Peu à peu, la pêche et le tourisme et les chantiers navals ont perdu de l'importance, au profit des ports de Calais et Boulogne, alors que Dunkerque se recentrait sur le fret et l'industrie lourde, devenant le troisième port de commerce de France en termes de tonnage global.
Le terminal à conteneurs (basé sur le Port Ouest de Dunkerque) a vu la perte quasi intégrale du trafic de bananes venant des Antilles suite au passage du cyclone Dean d'août 2007. En décembre, 2007 Maersk Line a annoncé qu'il se retirerait du Port de Dunkerque tout en entamant un plan de restructuration. Le secteur marchandise aurait enregistré une hausse de 6 % suite à l'accroissement du trafic roulier. En juin 2007, le PAD a signé un accord de partenariat avec Eurotunnel pour un développement coordonné de leurs activités de ferroviaire et fret marchand.
Le PAD annonce début 2008 des investissement à hauteur de 54,7 M€ pour
Deux portiques supplémentaires sont annoncés sur le Port Ouest (terminal conteneurs), ainsi que l'installation de MSC (Méditerranée Shipping Company) qui a déjà une escale hebdomadaire à Dunkerque depuis mai 2007 et un bureau ouvert le 9 janvier 2008. CMA-CGM doit lancer 2 services hebdomadaires (Agadir Express 1 et 2) vers les ports marocains de Casablanca et Agadir. Un service hebdomadaire de conteneurs est annoncé sur la ligne Dunkerque-Dublin par la compagnie maritime irlandaise EUCON