Construit après dix ans d'efforts sur les conseils de l'ingénieur hydrographe Bouquet de La Grye, le port de la Pallice a été inauguré le 19 août 1890 par Sadi Carnot, alors Président de la République française, et Wladimir Mörch, Président de la Chambre de commerce et d'industrie. Il se caractérisera longtemps par ses lignes régulières avec l’Afrique, à l'origine de la part importante du bois dans son trafic.
Il a subi de nombreux agrandissements au cours de son histoire :
Toutes ces installations ont été gagnées sur la mer. Les travaux d'agrandissements sont toujours en cours avec la construction d'un nouveau bassin d'ici 2020 dans la partie Nord du port, au pied du pont de l'Île de Ré .
Lors de la Seconde Guerre mondiale, dans le cadre du Mur de l’Atlantique, l'armée d'occupation construit une base sous-marine de plus de trois hectares et une « écluse blockhaus » pour ses sous-marins de la 3e flottille de U-Boot (90 unités) afin de les protéger des bombardements Alliés. La base subit 17 bombardements alliés entre 1941 et 1944.
Commandé par un capitaine de vaisseau, le port de La Pallice a été également une base de la marine nationale durant les années 1960/1970. A terre se trouvait l'Unité marine et amarrés à "l'épi sud" de la base sous-marine, 3 patrouilleurs qui avaient pour mission de sécuriser la zone maritime du Centre d'essais des Landes (CEL) de Biscarosse, pendant ses campagnes d'essais de tirs de missiles
La Rochelle et La Pallice ont été miraculeusement sauvés entre 1944 et 1945 par deux hommes de la mer, le capitaine de vaisseau Hubert Meyer et l'amiral allemand Ernst Schirlitz. Les cargos du Plan Marshall ont pu ravitailler l'Europe de l'ouest grâce au môle d'escale de La Pallice, le seul port épargné en France. Sur la pierre tombale de Hubert Meyer (1899-1978), à Saint-Ciers-du-Taillon, près de Royan, est gravé le psaume 103 : « Mon âme bénis l'Éternel et n'oublie aucun de ses bienfaits ». La création du port de La Pallice fut un bienfait.