Cette liste comporte des poèmes, œuvres de fiction et analyses historiques des siècles derniers.
Le personnage d'Hypatie apparaît également dans l'aventure de Corto Maltese, Fable de Venise, d'Hugo Pratt.
L'écrivain de romans policiers Olivier Gaudefroy utilise le personnage d'Hypatie dans une série d'enquêtes se déroulant au IVe siècle.
Le personnage d'Hypatie apparaît dans le roman de l'égyptien Yūsuf Zaydān (en) ‘Azāzīl (Le Caire, Dār al-Shurūq, 2008), construit comme les mémoires fictives d'un moine de Haute-Égypte. Le moine Hépa l'a connue durant son séjour à Alexandrie pour y étudier la théologie et la médecine et assiste à son exécution. Ce roman obtient l'International Prize for Arabic Fiction (en) 2009 en mars 2009.
Voici ce que dit John Thorp à ce sujet :
« Hypatie est l'héroïne idéale. Elle était charismatique ; elle mourut horriblement ; elle fut au centre d'un jeu compliqué de tensions politiques et religieuses ; et – la qualification la plus importante pour le statut de héros – en fin de compte nous savons très peu sur elle de façon claire et certaine. Une étoile qui brille, certes, mais vue à travers les brumes du temps et de l'oubli. Nos incertitudes invitent la construction d'une héroïne. L'un des principaux thèmes des études récentes sur Hypatie est précisément la diversité des interprétations de son histoire. Un livre italien, d'Elena Gajeri, portant le titre Ipazia, un mito letterario – « Hypatie, un mythe littéraire » suggère qu'Hypatie, telle que nous la connaissons, est une construction de l'imaginaire plutôt qu'une réalité de l'histoire. »
« Déjà dans l'antiquité tardive elle était une héroïne païenne pour avoir été massacrée par les chrétiens, ou encore une héroïne des ariens pour avoir été massacrée par les orthodoxes, ou encore une héroïne des chrétiens de Constantinople pour avoir été massacrée par les chrétiens intempérants d'Alexandrie. Plus récemment elle s'est vue traiter d’héroïne anticléricale, victime de la hiérarchie ; héroïne protestante, victime de l'église catholique ; héroïne du romantisme hellénisant, victime de l'abandon par l'Occident de sa culture hellénique ; héroïne du positivisme, victime de la conquête de la science par la religion ; et, tout dernièrement, héroïne du féminisme, victime de la misogynie chrétienne. Femme polyvalente ! »
« Vous avez donc, chez Hypatie, tous les éléments idéaux pour une histoire captivante : il y a le fait exotique, dans l'antiquité, d'une femme mathématicienne et philosophe ; il y a son charisme indéniable ; il y a l'élément érotique fourni par sa beauté et par sa virginité ; il y a le jeu imprévisible des forces politiques et religieuses dans une ville qui a toujours connu la violence ; il y a la cruauté extraordinaire de son assassinat ; et, en arrière-plan, le sentiment profond d'un changement inexorable d'ère historique. De plus il y a notre manque d'informations claires et précises sur elle, ce qui permet aux fabricants de légendes de remplir les lacunes comme ils veulent »
Le film Agora (2009), d'Alejandro Amenábar, s'inspire librement de la vie et de la mort d'Hypatie interprétée par Rachel Weisz. Elle y est montrée comme une patricienne consciente de l'inégalité de la société dans laquelle elle vit, qui se veut l’égale des hommes et enseigne la philosophie et les sciences en faisant face à la violence fanatique et à l’obscurantisme des chrétiens d’Alexandrie. Elle cherche à démontrer, dans le film, le système héliocentrique et tente de prouver que les planètes tournent autour du Soleil suivant une orbite en ellipse (et non en cercle comme on le croyait à l’époque).
Une histoire souvent racontée, mais non prouvée, veut que Raphaël l'ait représentée dans une première version de son tableau L'École d'Athènes. Lorsqu'un des cardinaux aurait examiné le tableau et su que la femme représentée au centre et en bas était « Hypatie, la plus fameuse des membres de l'École d'Athènes », il aurait souhaité qu'elle en soit effacée. Il aurait ordonné : « Enlève-la. La foi ne permet de rien savoir sur elle. À part cela, l'œuvre est acceptable ». Raphaël l'aurait retirée, mais une référence lui en serait restée du fait de son remplacement par la figure efféminée de Francesco Maria Ier della Rovere, un neveu du pape Jules II.