José Pedre contracta une infection pulmonaire qui le tue le 24 octobre 1879 à l'âge de 34 ans. Son frère cadet Jacobo Varela continue alors les réformes scolaires du pays.
Le 10 mars 1876, le Colonel Lorenzo Latorre prend le pouvoir et initie une nouvelle dictature militaire. Bien que Varela soit un démocrate convaincu, il devient Ministre de l'Éducation pour pouvoir mettre en place les réformes nécessaires au pays. Comme il le dit lui-même, « L'école est la base de la République ; l'éducation, la condition indispensable de la citoyenneté. Toutes les grandes nécessités de la démocratie, toutes les exigences de la République, ont seulement un moyen possible de réalisation : instruire ; instruire ; instruire toujours... », il met donc à ce moment-là son idéal de liberté en retrait afin de mener à bien ses réformes éducatives pour éviter que des gouvernements semblables se reproduisent dans le futur.
Il écrit donc le livre pédagogique De La Legislación Escolar (De la législation scolaire en espagnol) et il est nommé Directeur général de l’instruction publique et Inspecteur national de l’éducation et pour cette raison, il écrit ses Mémoires dans lesquelles il indique que des fonds spéciaux et stables doivent être attribués à l'École pour que celle-ci évite les crises politiques, que l'administration scolaire doit être décentralisée pour que celle-ci soit stimulée au niveau local, et que l'éducation doit commencer dès les écoles maternelles et se terminer avec les collèges et universités. De plus, il donne à chacune de ces étape un rôle bien défini :
Il dit aussi que l'École doit être gratuite : « L’État exige que tous les citoyens possèdent certaines connaissances nécessaires à l’exercice de la citoyenneté et, pour répondre à cette exigence, il offre gratuitement à tous les moyens de s’instruire. », qu'elle doit être laïque (alors que la religion catholique est à cette époque la religion officielle) et obligatoire. Par son positivisme, il accorde beaucoup d'importance aux sciences et à leurs apprentissages.
Entre les 1er août 1876 et 1877, Varela écrit un rapport sur l'enseignement en Uruguay, insistant cette fois-ci sur le fait que l'apprentissage se fait uniquement de manière théorique et jamais de manière pratique (il prit l'exemple de la zoologie où les élèves ne voyaient jamais de spécimen réel). Il dit alors que l'école n'utilise la mémoire des élèves mais pas les autres facultés. De même, il critique l'Universidad Mayor (la seule université de l'Uruguay à cette époque et jusqu'en 1984) en disant que le diplôme que les étudiants recevaient ne correspondait pas à des connaissances qu'ils avaient reçues. Enfin, il établit le constat que 85% des enfants n'allaient pas à l'école.
Le 24 août 1877, le décret de loi sur l'Éducation Commune est officialisé, il reprend les différentes idées de Varela et s'articule en quatre points. Ce texte emprunte beaucoup aux décrets de lois semblables en Europe.
On peut noter que la laïcité a disparu du décret : suite aux pressions exercées par la population, Varela a retiré ce dernier point et les parents peuvent inscrire leurs enfants dans des cours de catholicisme. L'apprentissage de la religion devient donc une matière facultative enseignée dans les écoles mais en dehors des cours. L'apprentissage de la langue espagnole est alors renforcé pour permettre une bonne intégration des enfants des nouveaux immigrants européens (venu à la suite de la Grande Guerre). Enfin, l'administration scolaire est décentralisée pour permettre une plus grande participation des citoyens dans la vie de l'École.
Cette réforme a pour but d'instruire les Uruguayens pour que le pays devienne indépendant des puissances européennes comme la France ou le Royaume-Uni. À l'Universidad Mayor, deux nouvelles facultés ouvrent leurs portes, celle de Médecine et celle de Mathématique respectivement en 1876 et 1877.
En 1878, les anciennes méthodes sont abandonnées et dès le 1er janvier 1879, les maîtres et leurs élèves évaluent la nouvelle méthode. Varela confronta les différents points de vues avec les résultats des deux méthodes et il conclut que la nouvelle méthode est plus adaptée que l'ancienne. Par conséquent, cette nouvelle méthode se substitue définitivement à l'ancienne méthode.