Le programme NH90 est né d'études menées par le NATO Industrial Advisory Group NIAG SG 14 (OTAN) pour un hélicoptère commun de transport tactique et naval. En 1992, l'agence NAHEMA (NAto HElicopter Management Agency) est créée. Celle-ci représente les quatre nations participantes : l'Italie, la France, l'Allemagne et les Pays-Bas. À cette même époque, NH Industries est créée ; celle-ci est composée de quatre compagnies actionnaires : Agusta (Italie), Eurocopter France (France), Eurocopter Deutschland (Allemagne) et Stork Fokker (Pays-Bas). NHI assure le management du programme NH90, la mercatique et le support après-vente.
En juin 2001, le Portugal rejoint le programme NH90 et devient actionnaire à 1,5 %. Il y a alors 5 nations participant au programme.
Fin 2002, la Finlande, la Norvège et la Suède, regroupés au sein du comité de programme NSHP (Nordic Standard Helicopter Project), ont sélectionné le NH90.
Le 1er septembre 2003, la Grèce signe la commande de 20 NH90 (plus 14 en option).
Le 24 juillet 2004, le Sultanat d'Oman signe la commande de 20 NH90 pour son armée de l'Air. Il s'agit du premier contrat à l'export hors Europe.
En août 2004, l'Australie décide d'équiper son armée avec le NH90, appelé MRH-90 (Multi-Role Helicopter 90). Il s'agit d'une commande ferme de 12 appareils. L'Australie devient le 11e pays client de NHIndustries.
En avril 2005, la Nouvelle-Zélande annonce son intention de s'équiper d'hélicoptères NH90 en remplacement de sa flotte vieillissante (pour son Armée de l'Air). Le nombre d'appareils commandés devrait tourner autour de 10 ou 12.
Le 14 décembre 2005, la Belgique passe commande de 10 NH90 qui remplaceront ses Sea King et ses Alouette III. Depuis de nouvelles commandes sont intervenues avec notamment une commande supplémentaire allemande de 42 exemplaires lors du salon du Bourget 2007.
Ce programme, comme d'autres, souffre de retards et de surcoûts.