Les oiseaux domestiques souffrent de nombreux dérangements du système digestif. Les déficits alimentaires sont une des premières causes de maladie pour ces espèces. Un déficit en calcium provoque par exemple des fractures, des coquilles d'œuf ou des becs mous, des scolioses. Un déficit en vitamine A ou une obésité peuvent provoquer des pododermatites, des maladies de peau ou des problèmes de plumes. Les oiseaux peuvent également développer des goîtres suite à un déficit en iode ou à un mauvais fonctionnement de la glande thyroïde.
Les oiseaux sont sensibles au stress, ce qui peut provoquer une anorexie. D'autres causes peuvent aussi la provoquer, comme une maladie ou une parasitose. Les juvéniles peuvent souffrir d'une stase du jabot qui les conduit à une anorexie.
Les diarrhées ou les néphrites sont souvent la conséquence d'autres maladies. Les diarrhées par exemple peuvent être la conséquence d'une intoxication liée à une blessure par plomb. Une tumeur des reins peut être cause d'une néphrite.
Bon nombre de problèmes alimentaires causent également des problèmes d'une façon indirecte et ont pour conséquence une rétention d'œuf, des pertes de plume ou des diarrhées. Une constipation est certainement le signe d'une rétention d'œuf.