Le transformisme est une théorie biologique, rivale du fixisme, dont l'histoire remonte à l'époque où Jean-Baptiste de Lamarck (1744-1829) énonça sa fameuse théorie sur l'évolution des espèces, qui visait à expliquer l'extinction des espèces. Elle désigne aujourd'hui indifféremment toute théorie impliquant une variation (ou transformation) des espèces au cours de l'histoire géologique.
En plus de la problématique scientifique du grand âge de la Terre, causant plusieurs conflits inévitables avec l’interprétation littérale de la Bible, une autre grande problématique irrésolue à cette époque fut la question des fossiles et l’extinction des formes de vie. En effet, avec l’intensification des études, il était devenu évident que de nombreuses espèces fossiles étaient différentes des espèces vivantes d’aujourd’hui. Mais la problématique devint inévitable lorsque l’on découvrit, au XVIIIe siècle, des mammifères fossilisés, tel que les mastodontes, en Amérique du Nord, et les mammouths, en Sibérie.
Pour plusieurs théologiens naturels théistes, les extinctions étaient inconcevables, car le concept de plénitude ne s’accordait pas avec ces dernières ; Dieu, ayant créé toutes les espèces vivantes possibles, ne permettrait pas que l’une d’elles disparût. Pour les autres naturalistes, majoritairement déistes, la problématique des extinctions n’était pas plus claire, puisque Dieu ne pouvait intervenir sur Terre et modifier ou créer quoi que ce fût. Ils devaient alors soit postuler une loi établie dès la création du Monde expliquant la constante extinction d’espèces anciennes et l'apparition de nouvelles espèces au cours du temps géologique, ou tout simplement nier ces dernières. On tenta alors plusieurs hypothèses au cours du XVIIIe et du XIXe siècle.
L'explication populaire identifiait le Déluge, ou tout autre catastrophe, comme cause des extinctions. Malgré le fait que cette hypothèse était fragilisée par le constat de l'extinction de plusieurs espèces aquatiques, le catastrophisme fut soutenu par plusieurs naturalistes tels que Georges Cuvier (1769-1832) ou Louis Agassiz (1807-1873)
Selon une autre explication, les espèces supposées éteintes auraient pu survivre dans une région encore inexplorée du globe. Enfin, certains expliquèrent les extinctions en soutenant qu’elles avaient été l’œuvre de l’homme, surtout dans le cas du mammouth et du mastodonte.
Lamarck considérait que l’on avait besoin d’une théorie afin d’expliquer deux phénomènes bien connus en biologie. Le premier était que les animaux montrent une série graduée de perfectionnement, allant des animaux les plus simples jusqu’à ceux dotés de l’organisation la plus complexe. L’autre phénomène qu’il tentait d’expliquer était l’étonnante diversité des organismes. Dans sa Philosophie zoologique, qu’il publia en 1809, Lamarck discerne fort bien ce qui sépare sa conception de celle du fixisme et du créationnisme. Il formule ainsi deux lois qui, en réalité, ne sont que deux hypothèses intuitives censées rendre compte du mécanisme fondamental du processus évolutif.
La première loi était la capacité des être vivants, suite à l’emploi plus fréquent et soutenu d’un organe quelconque, de développer peu à peu cet organe en fonction de l’emploi qu’on lui réserve, et à l’opposé, de détériorer progressivement les facultés d’un organe si ce dernier n’est pas utilisé. Ainsi en simplifiant, la fonction crée l’organe. Cette loi d’usage et de non-usage d’un organe était une observation couramment admise à l’époque de Lamarck, et il ne fit que la radicaliser.
Dans sa deuxième loi, Lamarck postule sa fameuse thèse de l’hérédité des acquis qui consiste en la possibilité de transmettre à notre descendance les changements organiques ou morphologiques acquis au cours de notre vie en rapport avec la première loi. Lamarck utilisa, pour supporter sa théorie de l’évolution, des exemples aujourd’hui célèbres, tel que l’allongement du cou de la girafe, dû à une utilisation soutenue, ou l’atrophie des yeux des taupes sous l’influence du milieu.