La rénovation des contenus consécutive au tournant politique de 1989 s'accompagna d'un important mouvement de personnel. Entre 1989 et 1994, pas moins de 3000 enseignants et enseignantes quittèrent l'enseignement supérieur. Les uns en raison de leur âge, mais la plupart pour des raisons politiques, structurelles, ou encore en relation avec leur spécialisation scientifique. En réponse à l'avis de commissions professionnelles et structurelles, ainsi que sur la base de nombreux conseils et recommandations de groupes d'experts, l'Université Humboldt se donna une nouvelle organisation scientifique: les contenus de recherche et d'enseignement furent évalués, réformés, redéfinis.
Depuis la réunification de l'Allemagne en 1990, Berlin possède quatre universités. Elles essaient, moyennant un difficile mais continu processus d'harmonisation, de coordonner leurs cursus. Les cursus traditionnels furent restructurés et l'offre d'étude a adopté une base moderne et des standards internationaux. La recherche s'est vu rediriger et renforcer. Grâce à cette rénovation, l'Université Humboldt a pu retrouver sa renommée et son attractivité dans le domaine de la recherche comme de l'enseignement. Des financements considérables ont mis à disposition par la Société de recherche allemande.
Depuis 1994, l'Université comporte onze facultés, de nombreux centres interdisciplinaires, et des instituts centraux proposant près de 168 cursus différents (chiffre de 2007).
Avec plus de 300 bâtiments à Berlin et dans le Brandebourg, son patrimoine immobilier est un des plus significatifs de la région. Pendant le semestre d'hiver 2004/2005, 40 828 étudiants étaient inscrits dans le supérieur et à la faculté de médecine de la Charité. Ce nombre résulte d'un fort accroissement des effectifs depuis la réforme de l'Université. Elle ne comptait encore que 20 425 étudiants pendant le semestre d'hiver 1992/1993. Les effectifs ont donc presque doublé; la direction a alors décidé de mettre en place un numerus clausus, qui concerne toutes les filières. Ainsi, pendant le semestre d'hiver 2003/2004, 25 300 bacheliers candidatèrent pour 6 000 places. Bien sûr, cela s'explique aussi par l'attrait que possède la capitale pour les jeunes. Les différents campus sont situés dans le centre de Berlin, le Nord, et le quartier d'Adlershof. 5791 étudiants étrangers, soit 14,1 % des effectifs, étudient et font des recherches à l'heure actuelle à l'Université Humboldt. Ils viennent de plus de 100 pays du monde. Les frais d'inscription semestriels s'élevaient en 2005/2006 à 232,68 euros pour les étudiants d'âge normal (cette somme inclut l'accès aux transports en commun de Berlin).
A l'heure actuelle, l'Université entretient des partenariats dans le cadre de la coopération scientifique avec plus de 170 établissements situés sur tous les continents. Elle se veut une « Université placée sous le signe de la réforme et de l'excellence »