L’Académie de Saumur est une université protestante fondée à Saumur en mars 1593 par Philippe Duplessis-Mornay, gouverneur de la ville, et supprimée le 8 janvier 1685.
En 1565, les habitants de Saumur commençaient à se lasser du joug que l’Église faisait peser sur eux depuis cinq cents ans : ils ne pouvaient faire un pas sans être froissés soit par la crosse de l’abbé de Saint-Florent, soit par celle de l’abbesse de Fontevrault.
Les fiefs des deux abbayes se croisaient jusque dans la ville, et leurs agents avaient contracté l’habitude d’exercer sur les citoyens des vexations continuelles; une foule de droits seigneuriaux, souvent inconnus, étaient la source de procès sans nombre. Les Saumurois n’attendaient qu’une occasion favorable pour sortir de cette dépendance de l’autorité monacale, si gênante, si onéreuse et surtout humiliante. La réforme ne pouvait trouver nulle part un meilleur accueil que dans un pays animé de telles dispositions; l’occasion si impatiemment désirée s’offrait enfin, et la doctrine de Calvin se répandit sans difficulté sur un sol merveilleusement préparé pour la recevoir et la faire fructifier.
Les principaux de la ville se convertirent les premiers, et une grande partie du peuple suivit. L’avènement de la religion nouvelle à Saumur déclencha un zèle iconoclaste : l’abbaye de Saint-Florent fut mise à sac, les autels dépouillés, les statues brisées, les reliquaires d’or et d’argent enlevés, ce qui suscita des rancunes laissaient augurer de représailles pour l’avenir.
Pendant les guerres de religion, Saumur fut souvent convoité par les deux partis. C’était un passage important sur la Loire, aux confins de la Touraine, du Poitou et de l’Anjou, et la possession de cette place pouvait être d’un grand avantage. Les protestants y tenaient extrêmement, et Duplessis-Mornay, le gouverneur protestant, qui obtint ce gouvernement de Henri de Navarre en 1588, la considérait comme un des boulevards de la Réforme.
Pendant neuf ans, la Ligue demeura impuissante dans ce pays dominé par le château de Saumur, et jamais la ville ne fut si prospère ni si heureuse que sous l’administration de cet homme de bien. En 1592, le gouverneur fit un voyage à la cour au cours duquel il agita pour la première fois la question d’ériger une académie à Saumur. Dans une de ses conversations avec le roi, où il était question de ces conférences solennelles, entre docteurs catholiques et protestants, que Henri prétendait vouloir instituer pour son instruction, Mornay, prenant au sérieux et avec son ardeur ordinaire ce projet qui n’était pour le roi qu’un moyen préparé pour couvrir son abjuration, proposa de réunir à Saumur « jusques une douzaine des plus doctes et excellents ministres ou docteurs de la « religion réformée », qui se prépareraient par de communes études aux discussions prochaines. »
Le roi approuva fort ce projet, mais cette idée se développa dans le cerveau de Mornay et devint plus féconde. « Particulièrement pour l’instruction de la jeunesse et surtout de la noblesse de la religion, mit en avant de dresser une académie à Saumur, composée des gens doctes nécessaires, et douée de revenu suffisant dont il proposerait les expédients au roi. » Celui qu’on surnommait « le pape des huguenots » avait assez de clairvoyance pour envisager déjà comme un fait certain la prochaine apostasie du roi, car, s’il était trop bon politique pour partager toutes les illusions ou manifester toutes les exigences des plus exaltés de ses coreligionnaires. Il était également trop attaché à son Église et à sa foi pour approuver la légèreté de conscience d’Henri IV.
Patriote sincère, méprisant les guerres civiles, c’est à l’aide d’une religion éclairée et d’une instruction solide que Mornay prétendit vaincre ses adversaires et forcer la tolérance persévérante du roi. Il comprit qu’en jetant la lumière à profusion autour d’eux et sur eux-mêmes, ses coreligionnaires, plaideraient plus éloquemment leur cause qu’en allant se battre contre les armées royales. C’est donc pendant son voyage de 1592, un an avant l’apostasie du roi, que fut élaborée l’idée première de l’académie de Saumur, qui devait faire de Saumur, « pendant plus d’un demi-siècle, comme une seconde Genève, plus littéraire et plus vivante. »« De 1568 à 1572, Mornay parcourut successivement l’Italie et l’Allemagne, visitant les universités les plus célèbres, embrassant dans ses études les connaissances les plus variées, apprenant à Padoue la botanique et l’hébreu, à Heidelberg le droit et l’allemand, distingué partout par les hommes les plus doctes et les plus éminents. »
À Saumur, l’organisation de l’Académie ne se fit pas dans les mêmes conditions que celle des autres établissements du même type comme les académies de Montauban, de Sedan, etc. Dans cette ville où la Réforme ne triompha jamais assez pour absorber ses adversaires, comme elle le fit à Montauban, à Nîmes et ailleurs, la cause protestante resta nettement distinguée de la cause catholique et il n’y eut, à l’origine, aucun mélange entre les deux religions qui vécurent chacune à part.
Ainsi les catholiques avaient un collège communal. La licence d’enseigner et de tenir écoles, élémentaires ou secondaires. Venu à Saumur en 1593, Henri IV fut à même d’apprécier tous les avantages de situation, de climat et autres d’un ordre plus élevé que présentait la ville de Saumur pour l’installation d’une académie. Il fut loin de décourager son fidèle et loyal serviteur, avec lequel il discuta longuement, « des moyens de fonder dans cette ville un centre d’études solides et complètes, pour les enfants de l’Église réformée. » Des lettres d’érection pour un collège à Saumur « garny de professeurs ès trois langues, et ès artz et sciences, promettant de pourvoir, quand la nécessité de ses affaires le permettoit, au bastiment et entretenement d’iceluy » octroyées par Henri furent à l’origine de cette académie, qui devait fournir de grands hommes aux lettres et à l’État.
L’académie fut ouverte en 1599 ou 1600. Le premier subside annuel de 43 000 écus fut reçu du roi lorsque parut l’édit de Nantes, ce qui leva toutes les difficultés. À partir de ce moment, on n’eut qu’à procéder à la formation de l’académie de Saumur. La première pensée de Mornay avait été de provoquer la réunion de docteurs protestants pour l’étude préparatoire des conférences et des discussions solennelles. Mais il l’abandonna rapidement ; puis son but principal fut évidemment de former les jeunes gens, surtout les futurs ministres, à l’étude des lettres et de la théologie, afin de les préparer à toutes les éventualités de la carrière qu’ils allaient embrasser, et en particulier aux controverses : telle était la grande préoccupation du protestantisme contemporain.
Il n’a jamais été question de chaires de médecine et de jurisprudence à Saumur. S’il y eut des leçons de médecine, ce qui est possible, elles furent données en dehors de l’Académie. En revanche, il y eut constamment des professeurs recrutés avec un soin extrême pour occuper les deux chaires de théologie, celle d’hébreu, celle de grec et les deux de philosophie. Le collège, dirigé par un principal, était divisé en six classes, dont la plus élevée s’appelait la rhétorique. Le recteur était assisté par un conseil académique. Les deux premiers professeurs de théologie que Mornay songea à faire venir pour illustrer l’Académie naissante sont des personnages bien connus, François du Jon et Bucanus.
Du Jon ou Junius, écrivain fécond à la vie agitée, qui a laissé quarante-neuf ouvrages de prix et à qui on en attribue une vingtaine en sus, était alors professeur à Leyde, depuis 1592. En 1597, malgré les supplications de l’assemblée de Châtellerault, il refusa la place de pasteur à La Rochelle ; mais il accepta les offres qu’on lui faisait pour Saumur. Il allait se rendre à son poste, lorsque la peste l’emporta subitement, le 13 octobre 1602, à l’âge de cinquante-sept ans. Mornay le regretta beaucoup ; c’était en effet un érudit et un lettré, à la fois jurisconsulte, philosophe, exégète, critique, théologien et philologue ; il avait enseigné à Leyde avec éclat ; il eût brillamment inauguré l’École de Saumur.
Quant à Guillaume Du Buc, dit Bucanus, il était professeur à Lausanne ; en 1590, il avait répondu à l’ouvrage de Pierre Charron, l’ami de Montaigne, intitulé Les trois vérités. Lui aussi mourut au moment de partir pour Saumur, où il avait accepté la chaire qu’on lui offrait. Il en résulta que les premiers professeurs en théologie furent des hommes moins connus, Antoine Renaud (1603) et Robert Boyd of Trochredg (1606). Le premier professeur de grec fut Jean Benoist ; celui d’hébreu s’appelait Birgam, sieur du Bignon ; William Craig y enseigna la philosophie.
Les registres de l’Académie commençant seulement à la date de 1613, mais le gouvernement Duplessis-Mornay insuffla un nouvel accroissement à Saumur, dit où un grand nombre de familles protestantes étaient venues s’établir pour jouir en paix de l’exercice public de la religion réformée. Mais c’est la fondation de l’Académie, établissement pour lequel Duplessis n’épargna ni ses soins ni sa fortune, qui contribua le plus à l’accroissement et à la prospérité de la ville. Aussitôt que l’on fut instruit de ses intentions dans les universités protestantes de la France et des États voisins, les plus habiles professeurs briguèrent l’honneur d’obtenir une chaire dans celle de Saumur, dont le fondateur s’était déjà rendu célèbre par un grand nombre d’ouvrages relatifs à la nouvelle religion et par son zèle à la propager.
Les bâtiments de l’académie de Saumur s’élevèrent dès l’origine dans la rue Saint-Jean et étaient contigus à l’hôtel de ville, où Mornay résidait dans les premières années de son gouvernement. Ce voisinage est important à noter, parce qu’il devint dans la suite un prétexte de querelle et de vexation.
Héritière de la réforme de la pédagogie initiée par l’Humanisme, l’Académie était largement tournée vers l’étude des langues anciennes (latin et grec), ainsi que vers celle de la philosophie et de la théologie.
Au cours des années 1640-1660, l’académie de Saumur devient un haut lieu de la culture protestante, connue de toute l’Europe calviniste. Cette célébrité est essentiellement due à la présence dans le corps enseignant des professeurs de théologie Louis Cappel, Moïse Amyraut et Josué de la Place, qui élaborent une nouvelle doctrine théologique, connue sous le nom de « doctrine de Saumur », mais aussi d’hellénisants tels que Tanneguy Le Fèvre.
À partir de la fin des années 1660, les tensions se multiplient entre catholiques et réformés et l’établissement est supprimé, par arrêt du Conseil d’état, le 8 janvier 1685, peu avant la promulgation, en octobre 1685, de l’Édit de Fontainebleau révoquant l’Édit de Nantes.