Juillet 2009 :
Treize nouveaux appareils restent à livrer en 2009 (12 pour l'Armée de l'air et 1 pour la Marine), portant le nombre total de livraisons à 82 à la fin 2009.
En 1988, le 1er vol d'un appareil de série est prévu pour fin 1995 avec une livraison à partir de 1996. En 1990, la formation du 1er escadron de l'Armée de l'air est repoussée de 1996 à 1999. En 1992, elle est reportée à 2000. De 1994 à 2000, la mise en service glisse chaque année d'un an supplémentaire, si bien que le 11 avril 1996, Dassault Aviation suspend sans préavis l'industrialisation du Rafale, faute de financement de l'État. La flottille 12F de l'Aviation navale, basée sur la BAN Landivisiau, est la première unité équipée de Rafale (le 18 mai 2001) mais demeure 3 ans en phase d'expérimentation, si bien que l'unité n'est opérationnelle que le 25 juin 2004. Le Rafale M au standard F2 est déclaré opérationnel le 21 mai 2008, tandis que les 9 premiers Rafale M au standard F1 sont mis sous cocon (de facto retirés du service) sur la BAN Landivisiau en attendant leur mise à niveau au standard F3.
La première unité de Armée de l'air, l'escadron de chasse 1/7 Provence de la Base aérienne 113 Saint-Dizier-Robinson destiné à la chasse-bombardement, est opérationnelle depuis le 26 juin 2006. Une seconde unité, l'Escadron de chasse 1/91 Gascogne destiné à la frappe nucléaire, a été créé le 31 mars 2009 sur la même base aérienne, et a été déclarée opérationnelle le 1er juillet 2010.
Le troisième escadron sera basé à Mont-de-Marsan avec une dominante reconnaissance. La date de sa création dépendrait du rythme de livraisons des avions et ne serait pas prévue avant 2012.
La disponibilité du Rafale est en augmentation après une première phase de prise en main par les armées. Elle s'établit en moyenne pour l'année 2008 à 65 %. Ces chiffres prennent en compte l'immobilisation d'une partie des avions au standard F2 pour leur transformation au standard F3. De février à mai 2008, la disponibilité des Rafale lors des opérations de combat menées depuis Kandahar en Afghanistan dans le cadre des missions ISAF de l'OTAN a été de 100 % comme elle l'a été lors d'opérations précédentes menées sur le porte avions Charles de Gaulle. Enfin, le Livre blanc sur la Défense et la sécurité nationale recommande que « les avions de combat de l'armée de l'Air et de l'aéronautique navale seront regroupés, sous le commandement opérationnel du chef d'état-major des armées, en un parc unique, qui ne comprendra à terme que des Rafale et des Mirage 2000 D modernisés, dont la gestion sera assurée par l'armée de l'Air. Cette dernière veillera, en liaison avec la Marine nationale, à dégager toutes les synergies possibles en matière d'organisation, de soutien et de préparation de ces forces ».