Les découvertes fossiles indiquent que le dauphin de Chine a migré du Pacifique vers le fleuve Yangzi Jiang il y a 20 000 ans. Ces dauphins sont déjà décrits sous la Dynastie Han dans une encyclopédie biologique, Erya. On estime qu'à cette époque la population des dauphins de Chine comptait environ 5 000 individus. En 1978, l'Académie chinoise des sciences créa une branche de l'Institut d'hydrobiologie de Wuhan : le Centre de recherche du Dauphin d'eau douce.
Dans les années 1980 et 1990, plusieurs tentatives pour capturer des dauphins et les placer dans des réserves eurent lieu. Les dauphins devaient ensuite être réintroduits dans le fleuve, après que leur nombre ait augmenté. Cependant, il se révéla difficile de capturer les rares dauphins, et seule une petite partie des dauphins capturés survécut plus de quelques mois.
La Fondation pour la conservation du dauphin de Chine de Wuhan, la première organisation chinoise de protection d'une espèce aquatique, fut fondée en décembre 1996. La fondation a récolté 1 383 924,35 CNY (environ 134 571,94 euros) et a financé la préservation de cellules in vitro et la maintenance des équipements ainsi que le sanctuaire de Shishou créé en 1998.
Cinq zones protégées du Yangzi-Jiang ont été désignées comme réserves pour le Dauphin de Chine après 1992. Quatre ont été créées dans le bras principal du fleuve, où le dauphin était activement protégé et où la pêche était interdite : deux réserves nationales (Shishou et Xin-Luo) et deux provinciales (Tongling et Zhenjiang). La cinquième zone protégée était un bras-mort isolé. À elles cinq, les réserves s'étendaient sur un peu plus de 350 kilomètres, soit à peu près un tiers de l'étendue du Yangzi Jiang, laissant les deux tiers de l'habitat de l'espèce non protégés.
En 2001, le gouvernement chinois a approuvé le Plan d'Action pour la Conservation des Cétacés du Yangzi Jiang.
Les efforts pour sauvegarder l'espèce furent insuffisants et trop tardifs, ainsi August Pfluger, le directeur de la fondation Baiji.org dit que « la stratégie du gouvernement chinois était bonne, mais le temps a manqué pour la mettre en application ».
La construction du barrage des Trois Gorges a altéré l'habitat du dauphin de Chine. Il était alors presque certain que l'espèce serait éteinte avant la fin de la décennie.