L’écologie urbaine étudie l'ensemble des problématiques environnementales dans le milieu urbain. Elle vise à articuler ces enjeux en les insérant dans les politiques territoriales pour limiter les impacts environnementaux et améliorer le cadre de vie des habitants. Cette notion a parfois un sens plus restrictif, désignant spécifiquement l'écologie des organismes vivant dans une zone urbaine, principalement représentés par les espaces verts, publics et privés et les animaux sauvages - mais cet usage tend à se raréfier. Communément, l'écologie urbaine traite des thématiques suivantes :
Même si les jardins de Babylone sont parfois invoqués, c'est l'École de Chicago qui est réputée être à l'origine du premier courant d'écologie urbaine, avec une approche peu liée à l'écologie scientifique, l'écologie urbaine y trouvant néanmoins une première expression avec les études sociologiques de l'École de Chicago, au début du XXème siècle. Cette école marque aussi le début de l'application des sciences sociales à la ville, et plus généralement au phénomène urbain. L'écologie urbaine postule une interdépendance entre le citadin et son environnement urbain, que la notion d'empreinte écologique élargira à la planète dans les années 1990-2000. La ville d'abord décrite sous forme d'aires plus ou moins naturelles (schémas concentriques de Burgess) par l'école de Chicago est vue comme un lieu source et puits, de flux et d'énergies, avec des impacts directs et indirects complexes vis à vis de la biodiversité et de la biosphère ou du climat. Il y règne des relations particulières entre citadins, et la communauté urbaine est à la fois un modèle spatial et un ordre moral (Robert Park). Quelques modèles utopiques fouriéristes ou la cité-jardin telle qu'imaginée par Ebenezer Howard, ou à la française seront quelques uns des modèles socio-urbanistiques qui seront plus ou moins dissous dans la généralisation de la périurbanisation et de rurbanisation qui rendent plus floues les limites de l'écologie urbaine qui pourtant reste un cadre, par exemple pour la restauration, la protection ou la gestion d'une certaine biodiversité en ville, cette biodiversité étant elle-même vue comme bioindicateur ou indicateur de développement soutenable dans le cadre par exemple des agendas 21 (puis du Grenelle de l'Environnement en France).
Après le Sommet de la terre de Rio (Juin 1992), sont apparues des concepts tels que celui de Ville renouvelée sur elle-même, et d'une construction cherchant à rembourser sa "dette écologique", et réduire son empreinte écologique, par exemple via une quinzième cible HQE. Ces démarches se développent, ainsi que les Agenda 21 qui commencent à se traduire dans les documents et règlements d'occupation du sol. Paris a par exemple introduit dans son Plan local d'urbanisme (PLU) la notion de « Coefficient de biotope » qui dépasse le nombre de mètres carrés d'espaces verts par habitant, l'indicateur le plus utilisé, en introduisant aussi des critères de qualité écologique des espaces.
Les aménageurs n'ayant pas toujours dans le passé respecté leurs obligations en matière d'espaces libres (50 % du projet) où souvent la végétation était pauvre et sur une couche de terre insuffisante, le nouveau PLU interdit les espaces libres sur dalle, au profit d'aménagement « en pleine terre » de 20 % du terrain situé (soit 40 % des espaces libres), en créant des surfaces végétalisées supplémentaires selon le déficit mesuré par la ville dans la zone.(sur 20 à 30 % des espaces libres). Si ces aménagements ne sont pas possibles, l'aménageur doit créer des toitures, terrasses et/ou des murs végétalisés.
La commission européenne soutient un « réseau européen des cités vertes » (European Green Cities Network ou EGCN) créé en 1996 en lien avec le projet « EU Thermie project European Green Cities », d'abord conçu comme un forum pour disséminer les bonnes pratiques de construction durable et exemples d'initiatives d'urbanisme durable puis fédérant et encourageant des démarches citoyennes et de collectivités voulant construire en économisant l'énergie, et voulant redonner de la place à la nature en ville pour la rendre plus vivable et durable, en contribuant au lien social, à la santé et à la protection de l'environnement. et en considérant que ces bienfaits sont aussi source de richesse patrimoniale (économique, sociale et environnementales) ; c'est le thème des 4ème assises européennes du paysage en 2009.