Le 24 mars 1801, un arrêté permet à Saint-Jean la réouverture au culte, qui devient par la même occasion une annexe de la cathédrale Saint-Apollinaire. Dans cette optique, le corps de l'église est sujet à un programme de reconstruction entre 1840 et 1849, d'après les dessins du diocésain H. Epailly (le chantier se fera cependan au ralenti, comme l'indique un rapport auprès du conseil municipal, datant du 18 juin 1844. Les travaux ne seront rendus que le 9 novembre 1849). La reconstruction fut plus coûteuse que prévu, cela est notamment dû aux fondations qui durent être plus profondes que précédemment ; en effet; la présence de pierres mêlées d'ossements humains ne permettait pas de supporter la nef telle qu'auparavant.
Le corps de l'édifice est marqué de rappels à l'architecture de Saint-Apollinaire ; « celui-ci comporte des arcatures en plein cintre, des ouvertures en colonnettes et chapiteaux, des frises d'arcatures aveugles sous le passe de toit, des cordons de denticules, etc ».
Durant la seconde guerre mondiale, le 15 août 1944 le bombardement souffle les vitraux de l'église ; dès 1945 les maîtres verriers Thomas et Balayn vont recréer les vitraux du chœur et des bas-côtés. En 1966 l'intérieur de l'édifice fut refait ; le chœur a été ré-agencé suite à la réforme liturgique prononcée lors du concile Vatican II. Le mobilier liturgique sera créé par l'architecte J. Hartman. On peut encore voir aujourd'hui certaines de ses créations, comme les chandeliers, la croix et les statues de la Vierge Marie et de Saint-Joseph.
Récemment, en 2005, 2006, dans le cadre de la Convention patrimoine de Valence, l'église connut une nouvelle phase de restauration. Tout d'abord les façades du corps furent ravalées et enduites avec un badigeon teinté. En second lieu vint le tour des façades du clocher, qui furent nettoyées, et qui virent leur joints repris. Avec cette restauration des façades, on peut compter la réouverture de la baie originelle du portail sud, ainsi que la pose d'un vitrage, permettant d'admirer de l'extérieur les chapiteaux du clocher, sans pour autant les exposer à la détérioration.
Suite à la restauration (voir section ci-dessus) de 1849, s'exécutant principalement sur le corps du bâtiment, le clocher-porche se voit lui aussi rénové en 1861. A l'origine les ouvertures sont pourvues d'arcs brisés, ce qui fait de lui une œuvre du XVe siècle, XVIe siècle. L'architecte qui en fait les relevés, Auguste Chauffeur, prévoit de bouleverser le style architectural, selon lui il serait préférable de conserver le « caractère primitif du clocher d'origine tout en proposant un reparementage complet des quatre façades ». Le tympan sera doté d'un bas-relief évoquant Saint-Jean-Baptiste.
Pour cette rénovation, A. Chauffeur emprunta des caractéristiques architecturales et décoratives propres au premier âge du style roman. On peut remarquer des ouvertures en plein cintre, des baies géminées avec archivolte saillante couverte de billettes, ou encore des bandes lombardes liées par des arcatures aveugles. L'aspect ancien, typiquement médiéval est conféré par l'usure et la patine que subit la pierre de molasse de Châteauneuf-sur-Isère. On retrouve ce matériau dans différents édifices valentinois, tels que la Maison des Têtes.
A l'entrée du clocher subsistent huit chapiteaux témoins de ce que fut l'église romane, au Moyen Âge. Quatre d'entre eux comportent un décor feuillagé tantôt agrémenté de poissons, tantôt de têtes sculptées. Deux autres supportent des masques crachant des feuillages. Deux encore, historiés, « contiennent » les angles nord-est et sud-ouest. Celui placé au nord, appelé Femme aux serpents, représente un personnage nu, probablement une femme, au corps cerné d'animaux hybrides, mi-oiseaux, mi-serpents. De sa main gauche, elle tient le bec de l'un d'eux. Cette image s'inscrit dans une iconographie biblique de la luxure, très répandue par la sculpture médiévale.
Au sud, à gauche de l'entrée, se trouve le chapiteau dit de Tobie capturant le poisson. Hissé sur un poisson, dans l'angle intérieur du chapiteau, Tobie tient dans la main droite ce qui pourrait être identifié comme un couteau, alors qu'il vient de tuer le monstre hantant les eaux du Tigre. Sur l'arête extérieure, un personnage, soit l'archange Gabriel guidant Tobie, soit le père aveugle de celui-ci, s'abritant. Les deux personnages sont maintenus distants par un décor aquatique, maculé de petits trous servant peut-être au préalable à l'insertion de pierres colorées. Enfin, au centre de la corbeille, figure une tête sculptée. On retrouve avec la cathédrale Saint-Apollinaire des similitudes quant au traitement des chapiteaux, notamment sur le vocabulaire.
![]() Chapiteau à feuillages | ![]() La femme aux serpents | ![]() Porche, entrée sud, chapiteaux à feuillages | ![]() Tobie capturant le poisson |