La méthode de prévention des populations animales est le plus souvent la destruction des animaux infectés ou suspects. Des millions d’oiseaux domestiques ont du être éliminés dans le Sud-Est asiatique.
David Nabarro, coordinateur des agences des Nations unies concernées par l'épizootie déclare le 24 octobre 2005 qu'« on peut réduire le risque en luttant de manière systématique contre chaque foyer épizootique, par abattage et mise en quarantaine et en protégeant les volailles domestiques par vaccination. Nous pouvons contrôler la situation mais sans doute plus envisager l'éradication » et que « nous allons devoir apprendre à vivre avec cela ».
Le CDC recommande aux voyageurs vers les zones de l’Asie où des émergences du H5N1 se sont produites d’éviter tous les élevages de volailles, et les animaux dans les marchés d’alimentation vivante. Les voyageurs devraient aussi éviter le contact avec les surfaces qui semblent avoir été contaminées par les matières fécales de toute espèce animale, particulièrement la volaille.
De même, la chasse devrait être immédiatement proscrite pour éviter tout contact avec les oiseaux (notamment les espèces migratrices tels que les canards) et espèces porcines (notamment les sangliers qui fouillent les excréments), même en cas de lâchers d’espèces élevées car celles-ci se mêlent et entrent en contact avec les espèces sauvages qu’il est alors impossible de distinguer.
Il est recommandé de ne jamais toucher les animaux trouvés morts ou malades et de prévenir les autorités sanitaires locales qui procéderont à des prélèvements pour analyse et à leur élimination en toute sécurité. Les associations de protection des oiseaux recommandent de ne plus accepter les animaux blessés ou malades dans les fermes de soin d’espèces sauvages, mêmes protégées, et d’informer le public sur les risques sanitaires encourus à leur contact. Elles recommandent également de suspendre toutes les prises au fins de baguage pour le suivi des espèces migratoires.
Le contact direct avec les volatiles infectés, ou les surfaces et objets contaminés par leurs excréments, est actuellement considéré comme la voie principale d’infection humaine. Le risque d’exposition est maximum durant le plumage, le dépeçage et le vidage des volatiles, et la préparation des volatiles pour la cuisson, c’est pourquoi on recommandera l’utilisation de dispositifs de protection pour éviter tout contact direct. Il n’y a cependant aucune évidence que la consommation d’une viande de volaille convenablement cuite ou de produits dérivés soit source d’infection, le virus ne résistant pas à une cuisson normale.
De même des mesures de protections sont absolument nécessaires lors du nettoyage des poulaillers et autres lieux d’élevage, particulièrement en cas d’emploi d’instruments de nettoyage sous pression créant des aérosols contaminants. On préférera donc le nettoyage basse pression avec des agents de désinfection, le port de bottes et gants étanches, et de masque avec visière pour protéger la figure. Pour le nettoyage en milieu naturel, le port de combinaisons intégrales est hautement recommandé.
Dans les zones d’infections, on évitera tout contact des doigts et de la peau dans les yeux et les muqueuses de la sphère ORL. En cas de contact contaminant (y compris avec les instruments de nettoyage ou de découpe ou les vêtements de protections), la peau et les lipides à sa surface (au contraire des fragiles muqueuses ORLs et des yeux) constituent une barrière protectrice efficace qu’il faut préserver pendant le lavage : un premier rinçage simple à l’eau froide, sans frotter, éliminera les impuretés les plus importantes avant l’application d’une solution de nettoyage antiseptique, puis un lavage soigné ôtera les résidus. Les plans d’hygiène et de sécurité doivent être mis en place et appliqués de façon stricte et les personnels concernés doivent pouvoir se décontaminer à tout moment en cas d’exposition jugée dangereuse et après tout travail. Dans les abattoirs et cuisines, les instruments de découpe ou de nettoyage doivent être aseptisés à haute température, ou avec une solution antiseptique.
À présent, il n’existe aucun vaccin pour la grippe H5N1, bien que des efforts de développement soient en cours d’après l’Organisation mondiale de la santé. Bien qu’il ne s’agisse pas d’un vaccin, l'oseltamivir, un agent antiviral, pourrait protéger des infections humaines par certaines variantes de virus grippaux et éviter le développement de complications graves (voir la section Traitement ci-dessous).
Toute forme de grippe étant hautement contagieuse, et la contagiosité intervenant dès les premiers jours d'exposition avant même le déclenchement de la maladie, il faut rappeler qu’il ne FAUT PAS se rendre à l’hôpital (où l’on se trouvera aussi facilement exposé à d’autres maladies) pour effectuer un diagnostic, mais faire appel rapidement à un médecin traitant local qui recommandera le maintien d’un traitement à domicile. Seul le médecin doit prendre la décision d’hospitalisation avec les précautions nécessaires.
En cas de maladie quelle qu'elle soit, il faut protéger les enfants (notamment les nourrissons où les évolutions sont rapides du fait qu'ils ne disposent pas encore d'une réponse immunitaire suffisante) et personnes dont le système immunitaire est affaibli (tout malade) en les éloignant si possible des personnes infectées. Il convient également de les protéger d'une infection (ou surinfection opportuniste) en se lavant les mains avant leur contact, et en portant un masque de protection de classe FFP2.
Les mesures habituelles d'hygiène doivent être renforcées, en incluant le nettoyage des objets courants (poignées et portes, boutons électriques ou de commande, jouets, vêtements, vaisselle et ustensiles de cuisine, toilettes, combiné de téléphone et claviers d'ordinateurs) avec des produits désinfectants adaptés. Le contact des mains avec les zones infectées lors du nettoyage n'est pas dangereux, la couche cornée et lipidique de la peau constituant une barrière protectrice très efficace, mais cela n'exclut pas le lavage des mains après exposition, et avant la manipulation de produits alimentaires ou avant les repas. La literie des malades doit être aérée et bien séchée tous les matins, les draps changés souvent.
En France, un Arrêté du ministre de l’agriculture (JO du samedi 4 mars) stipule que dans les Dombes (Ain) et jusqu’à nouvel ordre « les chats doivent être enfermés et les chiens tenus à l'attache ou enfermés ». Les chiens peuvent circuler sur la voie publique « tenus en laisse ou sous le contrôle direct de leur maître ». Les chiens et chats peuvent être transportés en cage, en panier fermé ou à l'intérieur d'un véhicule. Dans les zones exemptes d'oiseaux infectés par le virus, le risque d'infection du chat est jugé nul selon l'AFSSA précise le ministère de l’agriculture. Le ministère demande aux propriétaires de « ne pas abandonner les animaux de compagnie, comme on l'a vu ces derniers jours » et de ne faut pas toucher les chiens et chats trouvés morts mais d’en informer les services vétérinaires départementaux.