Le MS 61 a été livré en plusieurs sous-séries A B C D E Ex. Les sous-séries se différencient par leur nez différent :
Les rames rénovées ont une face complètement différente : pare-brise quasi-plat en une seule partie avec des bords anguleux, girouette en haut derrière le pare-brise, essuie-glace attaché en bas, logo RATP actuel et surtout feux arrières rouges à LED.
Dans les années 1990, trois rames MS 61 de sous-série AB ont reçu une livrée spécifique dite « anti-graffiti ». Elle se caractérise par des lignes bleues avec des carrés rouges, par dessus la peinture blanche, ayant pour but, comme son nom l'indique, d'éviter les graffiti. Ces rames sont numérotées M15067 - AB18048 - M15066, M15053 - AB18046- M15054, et l'élément M15002 - AB18001 - M15007 aujourd'hui rénové.
La rame prototype de la seconde rénovation : il s'agit de la rame M15051 - AB18042 - M15094 (sous-série AB). Tout comme les rames rénovées, les cloisons ont été supprimées, les sièges sont de la même matière que ceux des rames rénovées, mais sont toujours bleus à petits carreaux rouges et verts, les coques ont été changées mais sont toujours bleues. En revanche, le SISVE n'a pas été installé, l'aménagement intérieur n'a pas changé (hormis les sièges pour la voiture AB18042 et les cloisons pour les voitures AB18042 - M15094), la livrée extérieure ainsi que le nez n'ont pas été modifiés.
La rame de présérie de la seconde rénovation : 15127-18068-15109. La déclinaison de la livrée n'est pas la même.
Les MS 61 ont connu dans les années 1980 une rénovation lourde suite à d'importants dysfonctionnements dus à leur utilisation trop intensive. Pour pallier les défaillances de plus en plus nombreuses, la RATP préleva dix éléments MI 79 de la ligne B. Mais les défaillances toujours nombreuses amèneront la RATP à faire circuler vingt-quatre MI 79 au total sur la ligne A. L'arrivée des MI 84 a permis à la RATP d'engager entre 1985 et 1987 la première rénovation des MS 61.
À l'origine, 91 trains devaient faire l'objet d'une rénovation pour 72 millions d'euros (somme qui n'aurait permis d'acheter que sept MI 2N neufs). Cette nouvelle rénovation devrait aboutir en 2009. Cette rénovation comprend l'installation du SISVE (plan lumineux indicateur de desserte, et annonces sonores), le changement des sièges coques comprises, les câblages/haut-parleurs (la sonorisation d'origine étant en piteux état), le sol, les barres de maintien, la cabine de conduite, installation de nouvelles girouettes indiquant alternativement le code mission et la destination, les lumières, rendant l'espace intérieur encore plus lumineux, changement des vitres et fenêtres. La climatisation n'a pas été installée car trop coûteuse, surtout pour un matériel qui ne durera encore qu'une dizaine d'années.
Les fenêtres, qui ne s'ouvraient en grand que d'un côté (pour éviter les courants d'air), sont remplacées par des basculantes de chaque côté. Mais la circulation de l'air étant devenue inexistante, et constituant un risque de multiplication des malaises (et donc des retards, sur une ligne sur laquelle le moindre retard prend rapidement des proportions importantes), les rames en cours de rénovation sont équipées d'une paire de fenêtres coulissantes, situées à chaque extrémité de la voiture, du même côté. Mais la circulation de l'air étant toujours difficile, les rames en cours de rénovation sont alors équipées de fenêtre coulissante en alternance avec une vitre basculante, et ce de chaque côté de la voiture.
Les premières rames rénovées circulent sur le réseau depuis mai 2006.
Cependant, dans le cadre du programme RER B Nord+, le STIF a décidé en juillet 2007 le transfert de 6 MI 84 du RER A vers le RER B. Pour compenser, il a été décidé de rénover 10 MS 61 supplémentaires pour 12,25 M€ portant donc le nombre de rames rénovées à 101.
Les 24 autres rames, soit 72 caisses devraient être radiées dans la cadre de cette rénovation, en plus des voitures M.15125, M.15190, M.15229, M.15231 et M.15232, AB.18037 et AB.18114 déjà radiées.