En 2006, Monsanto commercialisait 9 variétés de maïs génétiquement modifiés, 7 de coton, 1 de soja, 1 de luzerne et 1 de colza pour leur conférer une résistance à son pesticide RoundUp. Monsanto vend aussi une variété de colza et une de soja avec des teneurs plus faibles en acide linoléique. (Les Échos, 3 juillet 2007)
En 2007, Syngenta, Bayer, Monsanto, BASF, Dow et DuPont vendent 85 % des pesticides achetés dans le monde, un marché de 30 milliards USD. (IPS Inter Press Service, 7 décembre 2007)
L'entreprise Monsanto produit :
Du milieu des années 1990 à 2004, Monsanto avait poursuivi, en Amérique du Nord, 147 agriculteurs et 39 entreprises agricoles pour violation de brevet en relation avec des OGM. La majorité de ces procès concerne l'utilisation d'une partie de la récolte comme semence pour l'année suivante. Cette pratique est possible avec le soja qui s'autoféconde. Selon un rapport du Center for good safety, quelques cas concernent des cultures de plantes qui auraient été, d'après les agriculteurs concernés, contaminées par dissémination. Le plus célèbre est Monsanto contre Percy Schmeiser. Selon ce rapport, Monsanto possède un budget de 10 millions USD et une équipe de 75 personnes dédiés à la surveillance et la poursuite judiciaire des fermiers utilisateurs de ses produits. Percy Schmeiser a été condamné une fois la démonstration faite qu'il avait volontairement récolté sur une petite surface en bordure de route, traité et semé sur l'ensemble de son exploitation des graines qu'il savait OGM. La condamnation la plus lourde rendue contre un agriculteur s'est élevée à 3 052 800 USD, le niveau moyen des peines dépasse 400 000 USD. En 2004, la firme avait reçu 15 253 602 USD à la suite des divers procès qu'elle a intentés. Cependant, l'ensemble des arrangements conclus entre Monsanto et les fermiers, pour que cette dernière abandonne ses poursuites, ne sont pas comptabilisés. Monsanto déclare effectuer chaque année 500 contrôles chez des fermiers utilisant ses semences.
En 1998, la firme a attaqué le fermier canadien Percy Schmeiser et son épouse pour vol de semences brevetées. Ce fermier sélectionnait lui-même des plants de colza transgénique résistants au Roundup, qui avaient poussé dans un de ses champs de culture conventionnelle à la suite d'une dissémination. La Justice canadienne a établi qu'en traitant directement ce champ au Roundup, et en récupérant les graines des plantes qui avaient résisté au Round Up pour les faire traiter dans une usine de traitement de semences, Monsieur Schmeiser avait délibérément tenté de se procurer frauduleusement des graines protégées par un brevet. En mai 2004, cinq juges contre quatre ont décrété que les Schmeiser avaient violé le brevet de Monsanto en utilisant des semences en connaissance de cause sans payer de droits. Aucune sanction financière n'a été retenue.
En 2005 une deuxième affaire survint entre M. Schmeiser et Monsanto, après que l'agriculteur eut de nouveau trouvé du colza génétiquement modifié de Monsanto dans ses plantations. Il fit débarrasser les plantes OGM par un professionnel et envoya la facture à Monsanto, 660 CAD. Monsanto refusa de payer tant que Schmeiser et sa femme ne s'engageraient pas à ne rien communiquer de l'affaire. Les deux parties sont finalement parvenues à un accord amiable.
Monsanto s'est vu, depuis 1995, refuser un brevet pour son soja Roundup Ready en Argentine. Elle a, dans un second temps, tenté de négocier la perception de redevances de 15 USD pour chaque tonne de soja argentin exportée vers les ports européens. Devant l'échec des négociations avec le gouvernement argentin, elle a intenté, en juin 2005, plusieurs actions judiciaires contre des importateurs de farine de soja argentine au Danemark et aux Pays-Bas, en alléguant une infraction contre ses droits sur le gène RR en Europe. En mai 2006, un juge danois a donné à l'Argentine le droit de se joindre aux importateurs danois pour assurer leur défense.
En 2003, Monsanto a poursuivi la firme laitière Oakhurst Dairy, implantée dans le Maine, pour avoir étiqueté ses produits de la mention : « la garantie de nos fermiers : pas d’hormone de croissance artificielle ». Selon l'entreprise, cette publicité, en sous-entendant qu'elle présente des dangers pour la santé, serait une entrave commerciale à la rBST, une hormone de croissance recombinante produite par Monsanto. Un accord a été conclu entre les deux compagnies dont les termes sont restés confidentiels. Pour que la mention « pas d’hormone de croissance artificielle » continue d'apparaître sur ses produits, Oakhurst Dairy s'est engagée à ajouter que la Food and Drug Administration affirme que ce lait ne présente pas de différence significative avec le lait produit par des vaches traitées avec des hormones de croissance. 10 % du lait vendu aux États-Unis sont estampillés « sans rBGH ».
En avril 2007, Monsanto a déposé une plainte auprès de la FDA demandant que soit interdite toute mention stipulant qu'un produit est issu d'une vache non traitée aux hormones de croissance artificielles.