Une directive européenne de 1991 dite directive « nitrates » constitue le principal instrument réglementaire pour lutter contre les pollutions liées à l’azote provenant de sources agricoles.
Elle concerne l’azote toutes origines confondues : engrais chimiques, effluents d’élevage, effluents agro-alimentaires.
Transposée en France, elle se traduit en particulier par la définition de zones vulnérables. Il s'agit de zones prioritaires pour organiser la lutte contre la pollution des eaux par les nitrates d'origine agricole. Les actions à y mener sont définies par des programmes d'actions cadrés par des arrêtés préfectoraux.
Présents à l'état naturel dans le sol et solubles, ils pénètrent dans le sol et les eaux souterraines et se déversent dans les cours d'eau. Mais ils sont aussi apportés de manière artificielle par les engrais azotés. Les nitrates (formule chimique: NO3) sont l'une des causes de la dégradation de la qualité de l'eau.
La pollution des océans par les métaux lourds (plomb, mercure, arsenic et le cadmium) due à des émissions provenant des activités humaines est diverse. Essentiellement, elle a pour origine les fonderies de la métallurgie et les incinérateurs d'ordures, ainsi que les installations minières abandonnées. Avec les pluies et le lessivage, ils se retrouvent dans les océans. La facilité avec laquelle les polluants sont emportés par l'eau de lessivage dépend fortement de conditions spécifiques (surface spécifique, forme, taille des grains...)
La pollution par les phosphates ou les nitrates enclenche un processus d'eutrophisation de l'eau, rendant les eaux eutrophiques, ou pour le moins, hypertrophiques.
C’est une solution minérale souvent acide qui s'écoule régulièrement en conséquence d'une mine.
On observe une pollution bactériologique par exemple par le taux élevé de coliformes fécaux. (J.S.B) Le taux des bactéries coliformes est utilisé pour mesurer la qualité de l'eau.
Cette pollution peut provenir des effluents d'élevage (dans ce cas on observe un taux élevé de nitrates), des rejets domestiques, ...
Impact négatif d'un rejet contenant des germes bactériens d'origine intestinale.
Les cours d'eau chinois subissent une pollution croissante : ainsi, depuis le milieu des années 1980, le niveau de pollution du fleuve Jaune a été multiplié par deux. Les usines polluantes des régions industrielles de l'est déversent des déchets toxiques. La pollution et la croissance du trafic fluvial ont provoqué la disparition du Dauphin de Chine (aussi appelé Dauphin du Yang Tsé). La pollution de l’eau serait à l'origine de 118 000 morts par cancer pour l'année 2004. 75 % des lacs chinois souffrent d’eutrophisation.
La pollution du Gange en Inde est un cas très particulier car elle est provoquée d’une part par l’industrie, mais elle est surtout aggravée par le comportement de la population locale. D’une part, les industries en expansions rejettent dans l’eau du fleuve des quantités alarmantes de produits chimiques : comme le chrome, l’arsenic…les villes les plus polluantes sont Kanpur et Calcutta. Kanpur, par exemple, rejette 400 millions de litres d’eaux usées dans le fleuve chaque jour et n’a pas les capacités techniques pour retraiter ces eaux. D’autre part, l’agriculture intensive, qui a permis l’autonomie alimentaire du pays sous Nehru, est aujourd’hui une menace à cause des rejets de pesticides, de nitrates et d’engrais. Enfin, le fleuve étant considéré comme sacré, des millions de pèlerins boivent son eau, s’y baignent et s’y lavent, y jettent les dépouilles de leurs défunts…et ce, au mépris des risques sanitaires. La gravité de la situation environnementale appelle des mesures urgentes, mais le gouvernement est peu réactif, la priorité est donnée au développement économique et la population a du mal à se mobiliser.
Comme le lac de Thoune, Le lac de Brienz est affecté par le fait que des munitions ont été volontairement immergées en eaux douces en Suisse, constitutant une source potentielle de pollution induite par les munitions. (Un lac sur deux en a reçu dans le pays, alors que les autres pays se sont plutôt débarrassés de leurs munitions anciennes ou non-explosées en mer). Les militaires y ont immergé une quantité de munitions déclassées, munitions non explosées et explosifs estimée à 500 à 600 tonnes (sur plus de 8000 tonnes estimées avoir été jetés dans les lacs suisses, souvent avec leur amorce ou détonateur qui contiennent des métaux toxiques). Il s'agit a priori surtout de bombes, grenades, obus, cartouches et de résidus d'explosifs, dont TNT.
Ces munitions contiennent de nombreux métaux et produits toxiques dont on connait mal la cinétique dans un milieu tel qu'un lac. On ignore encore si des réactions exothermiques ou des phénomènes physicochimiques peuvent ou non contribuer à faire remonter des toxiques qu'on pensait stabilisés dans les eaux peu oxygénées et froides des profondeurs du lac. On peut aussi craindre à terme des phénomènes d'eutrophisation ou de dystrophisation si des munitions contiennent des quantités importantes de phosphates et de nitrates, bien que la plupart de ces munitions semblent encore en bon état selon les rapports officiels. Dans un article du 28 octobre 2003 du Bund, des spécialistes allemands recommandent de couvrir les munitions d’une couche de glace artificielle, qu'il faudrait alors entretenir. Une autre question est l'impact d'un éventuel mouvement du fond pouvant résulter d'un brutal et important glissement de terrain exemple illustré ou d'un tremblement de terre, deux phénomènes dont la fréquence et la probabilité pourraient augmenter suite aux conséquences des modifications climatiques et dont on a montré que la perception du risque était sous-estimée en Suisse. Il faudrait également de s'assurer qu'il n'y ait pas de munitions chimiques et mieux connaître l'hydrologie des lacs, en particulier le risque de résurgence ou de sources "chaudes" ou salines ou acides, dans leurs fonds aujourd'hui ou en cas d'aléa sismique, d'autant que l'Aar qui alimente les lacs de Brienz et de Thoune est utilisé pour refroidir deux centrales nucléaires.
En 2004, Ursula Haller a déposé une motion au Conseil national pour demander le repêchage et l’élimination des munitions déposées au fond des lacs suisses, après qu'en 2003 déjà, Monsieur Gresch a fait la même demande au Grand conseil bernois, sans résultats (motion rejetée le 15 septembre 2004).