Le nom scientifique du pommier domestique prête lui aussi à controverse. On l'a appelé successivement Malus domestica Borkh. (1803), Malus communis - Poir. (1804), etc. (Voir synonymes plus bas) mais selon une étude de 2001, le nom scientifique du pommier domestique est finalement celui donné dés 1768 par Philip Miller Malus pumila (« pommier nain » selon la traduction littérale du latin). Nos pommiers domestiques actuels en sont donc des cultivars et doivent être nommés par exemple Malus pumila 'Granny Smith'.
Le très grand nombre de variétés de pommier domestique s'explique par la structure génétique hétérozygote de l'espèce. En effet, le génome des pommiers est composé de chromosomes disposant d'allèles spécifiques d'auto-incompatibilité nommés allèles S1. Ainsi, dés qu'un S1 croise un autre S1 identique, la fécondation est bloquée. Le pommier doit donc toujours trouver des partenaires porteurs d'allèles compatibles pour pouvoir se reproduire. C'est ce phénomène qui aurait entraîné le développement d'une telle diversité de cultivars. C'est aussi pour cette raison que lorsqu'on sème des pépins même issus d'une même pomme, on peut obtenir des pommiers très différents les uns des autres.
Sélectionnées par le Centre de Recherches Agronomiques de Gembloux (en Belgique) à l’intention des particuliers, les anciennes variétés de fruits certifiées « RGF » (pour « Ressources Génétiques Fruitières ») affichent une faible sensibilité aux maladies ainsi que de hautes qualités fruitières. Les planter au jardin est une bonne façon de participer à la préservation de la biodiversité.
Le pommier domestique est un arbre hermaphrodite à feuilles caduques. Selon les variétés, il mesure de 2 à 15 mètres et peut être soumis à la taille ou élevé en plein-vent. Il fleurit en mai (fleurs roses) et donne des fruits acides (pommes à cidre) ou sucrés (pommes à couteau ou de table).
Il peut vivre plus de 100 ans mais les arbres cultivés en verger sur des porte-greffes nains (type M9) sont généralement remplacés tous les 15 ans car leur fécondité commence à baisser. Les arbres de haute tige peuvent, eux, bien produire jusqu'à l'âge de 30 ans.
La pomme est en partie vrai-fruit pour le trognon comprenant les pépins, organes de reproduction, et faux-fruit pour la chair qui dérive du réceptacle floral.
Les feuilles du pommier sont simples, à limbe denté et à disposition alterne.
Chaque bouton à fleurs donne une inflorescence de 5 fleurs hermaphrodites à symétrie radiaire disposant chacune de cinq pétales blancs, un calice composé de 5 sépales, environ 20 étamines et un pistil se divisant en 5 styles. L'ovaire a 4 carpelles contenant 2 ovules, ce qui donne généralement 10 pépins mais certains cultivars en ont davantage. 'Liberty' et 'Northern Spy', par exemple, produisent entre 12 et 18 pépins et le porte-greffe 'Ottawa 3' donne souvent entre 20 et 30 pépins.
L'écorce du pommier et les pépins de pommes renferment un hétéroside, le cyanure, qui est toxique à haute dose mais totalement inoffensif pour l'homme en cas d'ingestion de quelques pépins.
Les principaux ennemis du pommier sont les suivants :
Les maladies les plus répandues chez les pommiers sont :
Contre certains insectes, il est possible d'utiliser des insecticides naturels qui s'avèrent efficaces. Les pucerons peuvent être combattus par une lutte dite « intégrée » à base de larves de coccinelles. Le carpocapse peut se contrôler avec des « pièges à phéromones ».
Bien d'autres insectes peuvent, ici ou là, provoquer des dégâts, d'autant plus redoutables et importants que la densité des vergers de pommiers est grande.
Elles apparaissent surtout en sols calcaires. Les pommiers sont, selon leurs porte-greffes, sensibles au manque de : zinc, magnésium, manganèse, bore, fer. Les éléments principaux (azote, phosphore, potassium) sont quelquefois aussi la cause de symptômes de carences -en général, décoloration assez caractéristique d'une zone de la feuille.