Le pommier domestique est un arbre hermaphrodite à feuilles caduques. Selon les variétés, il mesure de 2 à 15 mètres et peut être soumis à la taille ou élevé en plein-vent. Il fleurit en mai (fleurs roses) et donne des fruits acides (pommes à cidre) ou sucrés (pommes à couteau ou de table).
Il peut vivre plus de 100 ans mais les arbres cultivés en verger sur des porte-greffes nains (type M9) sont généralement remplacés tous les 15 ans car leur fécondité commence à baisser. Les arbres de haute tige peuvent, eux, bien produire jusqu'à l'âge de 30 ans.
La pomme est en partie vrai-fruit pour le trognon comprenant les pépins, organes de reproduction, et faux-fruit pour la chair qui dérive du réceptacle floral.
Les feuilles du pommier sont simples, à limbe denté et à disposition alterne.
Chaque bouton à fleurs donne une inflorescence de 5 fleurs hermaphrodites à symétrie radiaire disposant chacune de cinq pétales blancs, un calice composé de 5 sépales, environ 20 étamines et un pistil se divisant en 5 styles. L'ovaire a 4 carpelles contenant 2 ovules, ce qui donne généralement 10 pépins mais certains cultivars en ont davantage. 'Liberty' et 'Northern Spy', par exemple, produisent entre 12 et 18 pépins et le porte-greffe 'Ottawa 3' donne souvent entre 20 et 30 pépins.
L'écorce du pommier et les pépins de pommes renferment un hétéroside, le cyanure, qui est toxique à haute dose mais totalement inoffensif pour l'homme en cas d'ingestion de quelques pépins.