Conformément au code de l'éducation qui fixe l’organisation légale des universités publiques en France, Rennes 2 se compose d’UFR. D’autres services n’offrent pas de formations mais concourent à l’activité de l’université et disposent de statuts variés. Il en existe une vingtaine à Rennes 2, ils peuvent avoir une visibilité extérieure assez importante en raison de leurs activités.
L’université est structurée autour de cinq composantes de formation et de recherche. Elles ont la charge de la formation des étudiants, mais aussi d’une partie des activités de recherche via des laboratoires de recherche et des instituts. Certains de ces derniers peuvent être communs à d’autres établissements d'enseignement et de recherche. L’accession en premier cycle se fait de droit pour tous les titulaires d’un Baccalauréat ou d’un titre équivalent.
L’université héberge deux écoles doctorales, l’école doctorale « Sciences humaines et sociales » (SHS) et l’école doctorale « Arts, lettres, langues » (ALL). Elles sont issues de la restructuration des deux anciennes écoles doctorales de l’université, et accréditées sous leurs formes actuelles depuis 2008. Celles-ci fonctionnent en réseau avec l’Université de Bretagne Sud et l’Université de Bretagne Occidentale, ces dernières étant co-accréditée, et Rennes 2 étant l’établissement de tutelle. Elles ont la charge du suivi des étudiants en troisième cycle universitaire, mais aussi de la gestion des habilitations à diriger des recherches. En 2005, 88 thèses ont été soutenues, sur un total d’un demi millier de doctorants inscrits. Les thèses sont depuis 2008 présentées sous l’autorité du PRES Université européenne de Bretagne, le PRES regoupant les établissements d’enseignement supérieur de la région. L’université est aussi membre de quatre collèges doctoraux internationaux qui permettent la mise en place de cotutelle de thèses, les collèges doctoraux franco-algériens, franco-brésiliens, franco-chinois, et franco-japonais.
L’école doctorale Sciences humaines et sociales est dirigée par Vincent Dubreuil, et l’école doctorale Arts, lettres, langues par Jean-Marc Poinsot.
Le service universitaire d’enseignement à distance a la charge des enseignements de premier et deuxième cycle des étudiants qui ne peuvent suivre leurs cours sur le campus. Depuis 1964, il dispense des formations universitaires (diplômantes et non diplômantes) aux étudiants concernés. D’une centaine de personnes à ses origines, le nombre d'étudiants est passé à 800 en 1975, avant d’atteindre en 2009 environ 1 500 étudiants résidant dans le Grand Ouest voire au-delà. Les formations dispensées sont passées durant la même période de trois spécialités (anglais, histoire et lettres) à une douzaine actuellement.
Dépendant initialement de l’Université de Rennes et situé place Hoche, le SUED (alors SED) assurait son enseignement par la diffusion plusieurs soirs par semaine par tranches de 2 heures de cours enregistrés dans les studios de Radio-Bretagne, rue Janvier. Après la scission de l’université, son nouveau directeur, Michel Rousse, obtient du ministère des crédits pour l’installation d’un studio d’enregistrement propre à l’université sur le campus de Villejean. En 1998, les studio SUED aménagent dans le bâtiment des langues, nouvellement construit, l’ancien studio étant légué à Radio Campus Rennes, association étudiante qui l’utilisera jusqu’à son déménagement dans le bâtiment EREVE en 2004. Entre temps, le reste des activités du SUED a été transférés sur le campus de la Harpe en octobre 1992, par la volonté du président Lespagnol d’y créer un pôle publics adultes. Le service s’ouvre à de nouvelles technologies, proposant ses enseignements sous la forme de vidéos, puis par la diffusion de celles-ci via internet. Depuis sa création, dix directeurs se sont succédé à sa tête.
Par le nombre de ses étudiants, il se situe au cinquième rang parmi les 23 centres universitaires de télé-enseignement français. Il occupe une place importante dans la région du Grand Ouest, puisqu’il propose des formations que n’offrent pas les SUED des autres universités de la zone comme celle de Nantes, ou celle de Caen.
Le service commun de documentation (SCD) gère l’ensemble des fonds documentaires de l’université. Il a été créé le 25 juin 1990 par le conseil d’administration de l’université, pour prendre la suite de l’ancienne bibliothèque interuniversitaire de Rennes, qui a été partagée entre les université de Rennes I et de Rennes II en la même année. Ceux-ci sont accessibles sur les sites suivants :
Un système de prêt entre bibliothèque (PEB) permet en outre aux étudiants à partir du master ainsi qu’aux enseignants d’accéder à des ouvrages non disponibles à Rennes mais disponibles dans des bibliothèques ou des centres de documentation français comme étrangers.
Les Presses universitaires de Rennes sont une maison d’édition gérée par l’université. Elles ont été initialement créées en 1984 sous la forme d’un service d’édition de l’université. Elles sont transformées en maison d'édition universitaire en 1990 sous l’impulsion d’André Lespagnol, alors président de l’université. En 2004, elles sont réformées pour prendre la formes d’un service d’activités industrielles et commerciales commun aux neuf universités du réseau des universités de l'ouest Atlantique (RUOA). Première presses universitaires de France par leur nombre de publications annuelles, elles sont passées de 20 titres publiés à leurs création en 1984 à quelques 200 en 2008 ce qui offre aux chercheurs des universités membres du réseau des possibilités de publication avec la garantie d’une structure de visibilité nationale et internationale. Elle a été qualifiée de « magnifique exemple de réussite universitaire, qui s’impose au monde professionnel » lors du rapport de l'AERES. Les PUR sont dirigées par Pierre Corbel. Elles sont localisées sur le campus de la Harpe.