Il existe trois procédures principales d'approche pour les avions à destination de Nice.
La proximité de la ville de Nice et du relief montagneux, de même que les contraintes d'environnement imposent des conditions d'exploitation particulières.
Contrairement à l'immense majorité des aéroports possédant deux pistes parallèles, à Nice, pour des raisons de bruit, la piste d'atterrissage est la piste la plus proche des terminaux (04L/22R). Ceci implique que les avions au départ doivent traverser la piste utilisée à l'atterrissage pour se rendre vers la piste de décollage.
Depuis le 14 avril 2005, un nouveau dispositif de circulation aérienne est en place à Nice. Compte tenu de la topographie locale, la quasi-totalité des guidages radar afin de séquencer les avions en approche à Nice et Cannes sont effectués au-dessus de la mer. Les normes radar appliquées par les contrôleurs aériens sont les suivantes : 3 NM (1 mille nautique = 1,852 km) horizontalement ou 1 000 ft (1 pied = 30 cm) verticalement.
Les contrôleurs disposent d'un radar primaire sur le terrain (l'ancien, en voie de démantèlement est à proximité du T2 et le nouveau, à proximité de l'Homme de Pierre, entre les deux aérogares) couplé avec un radar secondaire mode S et d'un radar secondaire monopulse situé à Caussols, aux Hauts-Montets.
Les fonctionnaires de la tour de Nice assurent les services du contrôle d'approche pour les aéroports de Nice et Cannes.
L'aéroport de Nice peut accueillir tous types de trafic, du plus modeste monomoteur aux plus gros et modernes quadri-réacteurs comme l'A380, l'A340 ou le B747.
Au sud des pistes se situe la zone hélicoptère, dénommée « Aire Mike » et qui est la plus grande d'Europe (pour les installations civiles). La ligne aérienne avec Monaco est la première au monde en nombre de passagers.
Autre particularité de l'aéroport de Nice: les pompiers disposent d'une vedette pour le secours aux victimes d'un crash en mer.
Le 10 avril 2008, une nouvelle procédure de décollage avait été mise en place. Les avions, qui auparavant viraient vers le large juste après le décollage, traversaient désormais une partie de la baie des Anges et tournaient vers la mer à hauteur de l'hôpital Lenval. Cette nouvelle procédure, plus bruyante, suscita les plaintes des riverains. Le maire de Nice Christian Estrosi réclama alors un retour à la situation précédente auprès du secrétariat d'État aux Transports. Finalement, le 17 décembre 2009, en accord avec la Direction générale de l'aviation civile, la procédure initiale fut rétablie. En outre, depuis octobre 2008, les avions doivent avoir atteint une altitude de 900 mètres pour que leurs moteurs soient utilisés à pleine puissance, au lieu de 600 mètres auparavant.