L'Alliance Covenante repose sur un système hiérarchique de castes. Les noms donnés ci-dessous sont les noms originaux des espèces.
Les San 'Shyuum sont au sommet de la hiérarchie et, malgré leur absence de force physique, sont craints et respectés par les autres espèces de l'Alliance. Leur monde natal est inconnu, mais regorgeait d'après eux de vestiges Forerunners, qui auraient même habité cette planète avant l'apparition de la race des San 'Shyuum. Leur monde a été détruit. Le Grand Conseil Covenant est composé uniquement de San 'Shyuum et de Shangheili jusqu'à la guerre civile. Les principaux San 'Shyuum sont Vérité, Regret et Pitié, qui forment le triumvirat des Hauts Prophètes ou Hiérarques. Les autres San 'Shyuum sont qualifiés de « mineurs ».
Avant la formation de l'Alliance, les San 'Shyuum furent presque vaincus par les Shangheili. Le traité de paix réunissant les deux espèces ne se fit pas avant la découverte d'artefacts Forerunners sur la planète natale des San 'Shyuum, qui mena à la création de l'Alliance Covenante. Dès lors les San 'Shyuum placèrent d'intenses efforts dans le but d'augmenter leur espérance de vie, au point de tenir à préserver uniquement certains caractères génétiques. Cet effort eugéniste amena l'interdiction pour certains de se reproduire, leur caractéristiques étant jugées trop « communes ». Après la destruction de leur planète natale, la majorité des San 'Shyuum s'installa à Grande Bonté. Après l'invasion de cette dernière par le Parasite, l'espèce présenta de dangereux signes d'extinction prochaine.
L'UNSC nomme les San 'Shyuum des Prophètes. Les autres Covenants les nomment Prophètes ou Hiérarques en langage humain.
Les premiers dessins de San 'Shyuum furent réalisés par Shi Kai Wang et Eric Arroyo. Ils furent originellement représentés avec leurs trônes antigravité fusionnant avec leur structure organique. Les personnages furent représentés comme faibles. Chacun des trois Hauts Prophètes fut dessiné individuellement.
Les Shangheili sont, avec les San 'Shyuum, les membres fondateurs de l'Alliance. Issus de la planète Shanghelios, dans le système Urs, les Shangheili sont belliqueux et fiers. Le système de sous-castes le plus important et le plus hiérarchisé de l'Alliance est celui des Shangheili. La couleur de leur armure de combat indique leur rang au sein de leur espèce. Fiers, les Shangheili aiment le combat et considèrent la mort en guerre comme le plus grand des honneurs. Les Shangheili servirent de Gardes d'Honneur des San 'Shyuum et constituaient le noyau central de la force militaire pendant la quasi-totalité de l'histoire de l'Alliance. La mort du Haut Prophète du Regret provoqua leur remplacement à ce poste par les Jiralhanae. Les Shangheili firent scission avec l'Alliance peu après, entraînant la guerre civile qui précipitera la fin de l'Alliance. Leur désignation en langage humain est Élite.
Dans la vidéo de Halo projeté à l'E3 2000 les Shangheili étaient représentés comme des créatures à la mâchoire « normale » et portant des boucliers en plus de celui qui recouvrait entièrement leur corps. Dans Halo: Combat Evolved, ils adoptèrent finalement une mâchoire en quatre parties mobiles formant des mandibules et ils se contentèrent du bouclier énergétique recouvrant leur corps.
Les Unggoys sont de faibles petites créatures enrôlées dans l'Alliance lors de l'Âge de la Réconciliation. Leur monde natal est Balaho, du système Tala, une planète dont l'atmosphère est saturée en méthane. Les Unggoys ne peuvent d'ailleurs pas survivre sans ce gaz, et portent au combat une armure pressurisée munie d'un respirateur leur injectant continuellement du méthane. Les Unggoys sont en bas de la hiérarchie Covenante et sont peu respectés par les autres membres de l'Alliance. Ils servent généralement de chair à canon lors des combats. Leur désignation en langage humain est Grognard.
Les Kig-Yar sont des créatures évoquant des rapaces, d'où leur désignation en langage humain de Rapaces. Ils viennent de Eayn, satellite de Chu'ot, dans le système Y'Deio. Leur forte acuité visuelle en fait des tireurs hors-pair. C'est pourquoi ils sont employés en tant que tireurs d'élite au sein de l'Alliance. Leur faiblesse physique les conduisant à être facilement tués au combat fut paliée par la création de boucliers énergétiques protégeant la quasi-intégralité de leur corps. La couleur du bouclier reflète le grade des Kig-Yar.
De la même famille :
Les Skirmishers sont des cousins des Kig-Yar. Leur morphologie et leur manière de combattre est différente,l'un se tiendra à distance pendant que l'autre vous foncera dessus,mais ressemble tout deux à des oiseux carnassier et doivent venir de la même planète. Ils apparaissent dans Halo Reach et semble avoir mystérieusement disparue après cette bataille,ils ont probablement été tous massacrer. Comparer à leur cousin,les Skirmishers sont plus poster sur l'attaque que sur la défense et sont beaucoup plus robuste par rapport aux Kig-Yar ,frêle chétif ,se protégeant derrière un bouclier. Ils ont en commun une très bonne vue et peuvent tout les deux servir de tireur d'élite.Ils sont très agressif et se déplace en groupe,ils semble aussi plus courageux et donc plus dangereux. Ils peuvent être équiper de petit bouclier énergétique au poignet. Les grade se reconnaisse a la couleur de leur armure mais n'est pas facilement identifiable. Cette espèce n'apparait pas dans les autre halo et pourtant ils ont combattue lors de l'attaque de Reach bien avant Halo CE,leur disparition reste inexpliqué.
Les Maglekgolo sont d'imposants béhémoths constitués de colonies de vers, suivant un principe identique à celui des physalies, nommés Lekgolo, et entrés dans l'Alliance Covenante après avoir été vaincu en guerre par la flotte de l'Alliance de l'époque. Plutôt que de risquer la destruction totale de leur planète natale Te, dans le système Svir, les Maglekgolo choisirent de se rendre et intégrèrent l'Alliance, sans toutefois adopter leur idéologie religieuse. La puissance des Maglekgolo en fait des artilleurs de choix pour l'Alliance Covenante. Leur désignation en langage humain est Chasseur. Les noyaux des Scarabs d'assaut Covenants sont également constitués de colonies de Lekgolo.
Les Yanme'e sont des créatures insectoïdes capables de voler quelques instants dans les airs. Ils ont probablement intégré l'Alliance en même temps que les Jiralhanae. Issus de la planète Palamok, dans le système Napret, les Yanme'e se battent en groupes très nombreux. Ils possèdent suffisamment de force pour soulever un homme. Leur vélocité les rend très difficiles à viser en combat, et un groupe de Yanme'e peut venir rapidement à bout d'un groupe ennemi. Les Yanme'e servent parfois de techniciens, et sont capables de pirater des systèmes informatiques humains. De même, les Yanme'e sont parfois employés pour l'entretien des machines lorsque les Huragok font défaut. Leur rang social est assimilable à celui des Unggoys. Les Yanme'e furent enrôlés de force à l'Alliance, et soumis à la croyance du Grand Voyage. Leur désignation en langage humain est Drone.
Les Jiralhanae sont des créatures d'allure simiesque et à la peau analogue à celle des rhinocéros. Intégrés à l'Alliance probablement à l'Âge de la Réclamation, les Jiralhanae connurent une ascension hiérarchique fulgurante au sein de l'Alliance. Issus de la planète Doisac, dans le système Oth Sonin, les Jiralhanae jouissent d'une force physique remarquable. Hiérarchisés, les Jiralhanae considèrent le plus fort d'entre eux comme leur chef. Le dernier à avoir porté ce rang est Tartarus. Contrairement aux autres Covenants qui exploitent une technique imitant celle des Forerunners, les Jiralhanae emploient la leur, basée sur la puissance brute. Leur désignation en langage humain est d'ailleurs Brute.
En dehors des espèces présentées ci-dessus, certaines créatures furent initialement développées pour les jeux Halo, avant d'être finalement retirées. Certaines, comme les Huragok, sont restées sur le code source du jeu et peuvent être réactivées au sein du jeu au moyen de mods.
Les Huragok sont les créatures les plus singulières de l'Alliance Covenante. Ces créatures évoquent des mollusques mauves, lévitant au moyen d'une vessie projetant du gaz. Les Huragok se moquent complètement des clivages diplomatiques et ne sont pas à proprement parler intégrés à l'Alliance. Leur rôle consiste à réparer les objets, au moyen de leur tentacules, qu'ils peuvent adapter à n'importe quel système. Les Huragok ne se préoccupant pas des guerres, ils peuvent aider des humains ou d'autres ennemis des Covenants. Leur don de la réparation les rend cependant incontournables pour l'Alliance. Leur désignation en langage humain est Ingénieur.
Les Huragok étaient présents sur le code source de Halo: Combat Evolved mais furent retirés peu avant la sortie du jeu, du fait de leur inutilité au combat. Il est cependant possible de réactiver le code et de faire apparaître les Huragok dans le jeu avec l'aide d'un mod. Ils sont toutefois présent dans Halo 3: ODST.
Les Drinols sont des créatures massives d'allure cyclopéenne développées initialement pour apparaitre dans Halo 2. Elles furent finalement retirées. Il est possible cependant que les Floods dits « Juggernaut », présents sous forme encodée dans Halo 2 après avoir été retirés du jeu de la même façon que les Huragok, soient des Drinols infectés par le Parasite, de par certaines ressemblances physiques (les griffes au bout du bras du Juggernaut pourraient être des griffes de Drinol, la carrure semble la même). Une autre théorie toujours en rapport avec le Parasite veut que le design des Drinols ait inspiré les formes colossales des Floods « purs ».
Enfin, une description, assortie d'un tableau réalisé par l'artiste Craig Mullins, décrit un monstre apparaissant dans le jeu Marathon de Bungie, ressemblant fortement à un Drinol.
« Le Hulk est une créature énorme et relativement lente, mais incroyablement forte. Le rapport scientifique a indiqué qu'il ne possédait pas de corps gras, et qu'elle devait donc être souvent nourrie pour rester active. Un membre d'équipage rapporta qu'il avait vu une de ses créatures pointer son doigt vers elle-même en marmonnant « Drinniol » juste avant de « saisir Johnny par la chemise pour l'écraser contre un pilier ». »
— Description du « Hulk » de Marathon.
Les Stalkers sont des créatures devant initialement apparaitre dans Halo 2. On peut les voir sur le disque « Halo 2 Collector's Edition ». Leur design fut tiré de dessins originaux des Shangheili et s'apparente beaucoup à celui des Zergs du jeu vidéo StarCraft. Comme pour les Drinols, il est possible que le design des Stalkers ait été réutilisé pour les Floods « purs » de Halo 3. D'ailleurs, la forme pure « basique » ressemble énormément au dessin conceptuel de Stalker apparaissant dans le disque collector. De plus, le nom anglais de cette forme est « Stalker », ce qui renforce cette hypothèse. On ne sait rien d'autre de ces créatures.
Les Sharquoi sont des créatures mystérieuses uniquement mentionnées dans les « Conversations de l'univers » du manuel de Halo 2 : Limited Collector's Edition. Ce nom ne fut jamais utilisé ailleurs par la suite. Il n y a pas de certitude quant au fait que les Sharquoi soient effectivement des créatures de Halo. Une hypothèse veut qu'il s'agisse du nom Covenant du Drinol.
Les Aliens Troopers sont des créatures apparaissant également sur le disque Halo 2 Collector's Edition. Hormis une image, il n'existe aucune information sur eux. Leur design en ferait à priori des prédécesseurs des Maglekgolo.
Les Keelbugs apparaissent sur le disque collector. Leur rôle est apparemment de nettoyer les champs de bataille, en découpant les cadavres en plusieurs morceaux qu'ils emportent avec eux dans les airs.
Les Special Purpose Snipers sont une autre espèce supprimée apparaissant sur le disque collector.
Les Covenants ont leur propre language qui diffère selon la race. Les Unggoys poussent de petits glapissements, d'où leur nom humain de Grunts, ils bénéficient cependant d'un système de traduction vers le langage humain. Les Kig-Yar poussent des cris comparables à ceux des oiseaux. Le langage Shangheili est plus structuré, et dispose d'un vocabulaire assimilable à celui des langues humaines. Les Shangheili s'équipent également d'un système de traduction peu après la destruction de l'Installation 04. Les Lekgolo poussent des grognements, mais n'ont pas de langage du fait de leur structure corporelle. Le langage originel des Jiralhanae et des San 'Shyuum est quant à lui inconnu.
Cependant, les Covenants utilisent un alphabet commun. Hautement stylisé, cet alphabet semblait à l'origine constitué de formes basiques, comme des polygones ou des lignes. Par souci d'esthétique, les caractères furent au fur et à mesure stylisés jusqu'à ressembler à des formes de Tangram.