Les convulsionnaires ont une place à part dans l'historiographie janséniste. De par leur côté scandaleux et irrationnel, ils sont souvent mis à part et considérés comme une dérive honteuse du mouvement, à dissocier notamment du jansénisme parlementaire et appelant du XVIIIe siècle.
Cette distance mise entre les deux branches du jansénisme du XVIIIe siècle se fait dès l'époque des convulsions, comme il est exposé plus haut : les parlementaires refusent de se sentir associés aux convulsionnaires. Pourtant de nombreux membres de cette société janséniste sont proches de l'Œuvre des convulsions, comme l'abbé d'Étemare.
Lorsque Port-Royal et le jansénisme deviennent des objets d'étude historique et littéraire, au XIXe siècle, les convulsionnaires en sont complètement écartés. L'abbé Grégoire n'en parle pas dans ses Ruines de Port-Royal-des-Champs, non plus qu'Eustache Degola lorsqu'il commémore la destruction de Port-Royal en 1809.
Sainte-Beuve dans son monumental Port-Royal parle de l'« ignominie des convulsions » et conseille à ses lecteurs de se tenir éloignés de cette part de la postérité du jansénisme : « Honnêtes gens de l'avenir, attendez, pour faire le pèlerinage, que le flot des sectaires soit écoulé. »
Augustin Gazier n'est pas plus enclin à lier jansénisme et convulsions. S'il a une sincère admiration pour le diacre François de Pâris ou François Jacquemont, il refuse de faire entrer dans la généalogie janséniste l'Œuvre des convulsions, non plus que les petites Églises, à qui il n'octroie qu'un vernis port-royaliste. Parlant de Jacquemont, il sous-estime notamment son engagement convulsionnaire : « Jamais il n'a donné dans les excès des convulsionnaires lyonnais, fareinistes ou autres ».
Concernant les convulsionnaires et les secours, il admet les miracles sans accepter les convulsions et surtout les secours. Il se trouve, comme beaucoup de jansénistes du XIXe siècle (tel Louis Silvy) dans une attitude de compréhension et d'acceptation, de justification du merveilleux, sans donner de crédit aux dérives secouristes. Il préfère réserver son jugement en attendant de nouvelles études : « Il est impossible de se prononcer de manière absolue et de prendre parti pour ou contre. Le plus sage est d'attendre en silence que la science ait dit son dernier mot, si jamais elle parvient à pouvoir le dire. »
La littérature concernant les convulsionnaires est donc essentiellement médicale jusqu'à la deuxième moitié du XXe siècle. Elle est aussi composée de nombreuses études érudites locales, sur des groupes de convulsionnaires, notamment dans la région lyonnaise. Des enquêtes comme celle de Benoît Laurent dans les années 1930 permettent d'assister au déclin des groupes.
Le renouveau des études, et leur inscription dans l'histoire du jansénisme, date des années 1980. L'ouverture de la Bibliothèque de Port-Royal et de divers fonds d'archives a permis aux historiens de se pencher sur un « serpent de mer » de l'historiographie janséniste, et d'en tirer de nombreuses conclusions portant sur l'histoire des mentalités (Catherine Maire), des groupes locaux (Jean-Pierre Chantin) mais aussi de réinscrire les convulsionnaires dans le monde politique de leur temps (Dale K. Van Kley). Mais les travaux d'exploration des fonds d'archives de groupes jansénistes sont encore loin d'être terminés, ce qui explique notamment la place prépondérante des convulsionnaires lyonnais dans l'historiographie convulsionnaire actuelle, place amenée à être réévaluée au fur et à mesure de l'avancée de la recherche.