L'EPF propose un cycle de formation de 5 ans (classe préparatoire intégrée) qui se décomposent comme suit :
Les options proposées sont :
Les quatre premières options relèvent de la dominante Génie industriel, les trois dernières de Science de l'information.
Le cycle recrute en première année des élèves titulaires d'un baccalauréat de série S, par l'intermédiaire du Concours Avenir, commun à quatre grandes écoles d'ingénieurs privées depuis la rentrée 2010. Par la suite, elle admet certains élèves issus d'IUT, de formations universitaires ou encore de classes préparatoires.
L'EPF propose également des formations internationales bi-diplômantes à l'issue desquelles l'élève, après avoir passé deux ans sur les cinq dans une université étrangère, sort avec deux diplômes, un français et un étranger (allemand, américain, espagnol, mexicain ou canadien selon la formation choisie). L'école accueille 28% d'étudiants étrangers.
L'EPF propose conjointement avec l'université de sciences appliquées de Munich (Hochschule München) une formation d'ingénieur en production et automatisation. La première année est suivie à l'EPF par les élèves français et à la FH par les élèves allemands ; les deux groupes sont alors unis pour former une promotion unique, les deuxième et quatrième années se déroulent à la FH et les troisième et cinquième à l'EPF. Ce cycle est placé sous l'égide de l'Université franco-allemande ce qui ouvre notamment droit à une aide à la mobilité versée pour les années passées dans le pays partenaire.
L'EPF permet aux élèves de la formation franco-canadienne de passer la seconde année d'études au Canada à l'université de Sherbrooke.
L'EPF a joué un rôle important dans l'ouverture du métier d'ingénieur aux femmes : 45% de femmes ayant obtenu un diplôme d'ingénieur en 1964 étaient issues de l'EPF, cependant ce chiffre tombe à 5% en 1989, peu de temps avant l'instauration de la mixité. Cette évolution est bien sûr due à l'ouverture de plus en plus grande des autres écoles d'ingénieurs aux femmes.