L'ENAC est sous la tutelle du Ministère de l'Écologie, de l'Énergie, du Développement durable et de la Mer et a le statut d’établissement public à caractère administratif.
La gestion de l'école est confiée à un conseil d'administration et à un directeur général. Le directeur et le conseil sont assistés d'un conseil des Études et de la Recherche et d'un Conseil Scientifique.
Les activités de formation continue ENAC se sont naturellement développées dans les domaines où l'ENAC a su acquérir et faire reconnaître des compétences particulières : circulation aérienne, électronique, informatique, techniques aéronautiques. En tout, ce sont 300 stagesqui sont proposés aussi bien pour les entreprises et les organismes français et étrangers que pour les personnels de la direction générale de l'Aviation civile.
L'ENAC propose six formations sanctionnées par l'obtention d'un Mastère spécialisé, accessibles aux titulaires d'un diplôme d'ingénieur, d'un Master ou d'un diplôme d'une école de gestion (pour les Mastères Spécialisés en management) et dont le recrutement se fait sur dossier, dans les domaines suivants:
Egalement, l'ENAC propose quatre autres formations sanctionnées par l'obtention d'un Mastère spécialisé au sein de la Civil Aviation University of China à Tianjin qui s'adressent exclusivement à un public chinois.
L'ENAC propose des formations sanctionnées par l'obtention d'un Master, accessibles aux titulaires d'une Licence ou d'un Bachelor et dont le recrutement se fait sur dossier.
Par ailleurs, les élèves ingénieurs de l'ENAC peuvent accéder aux masters suivants à l'issue de leur seconde année de scolarité :
Au sein de la formation IENAC, il est possible de partir étudier dans une autre école lors de la troisième année d'étude. Il est possible pour l'étudiant de partir pour un semestre d'étude, ce qui constitue une substitution simple, pour un semestre d'étude suivi d'un semestre de stage ou substitution complète, ou pour deux ans afin d'obtenir un double diplôme. Ces substitutions peuvent se faire grâce à un accord bilatéral ou au sein de groupements d'écoles.
Ces écoles partenaires envoient aussi leurs élèves étudier à l'ENAC pour une durée d'un semestre à deux ans.
Dans le cadre du Groupement des écoles d'aéronautique, les étudiants peuvent étudier à l'Institut supérieur de l'aéronautique et de l'espace et à l'École nationale supérieure de mécanique et d'aérotechnique de Poitiers.
Dans le cadre du programme Erasmus :
Les étudiants peuvent aussi partir dans une université membre du réseau Pegasus.
Dans le cadre d'accord bilatéraux :
Les étudiants peuvent aussi partir dans l'une des universités du AE3 du GE4.
Dans le cadre d'accords bilatéraux :
Les étudiants peuvent aussi partir dans l'une des universités du ASE3 du GE4.
Les étudiants peuvent aussi partir en Russie via le programme RE3 du GE4, en Amérique latine via le programme LAE3 et au Japon via le programme JYPE.