Le département de la Charente comporte 24 zones Natura 2000 certaines en totalité dans le département, d'autres en partie sur les départements limitrophes, surtout la Charente-Maritime mais aussi la Dordogne et la Haute-Vienne.
Elles sont de plusieurs types, d'une part des rivières et leurs vallées, et tout particulièrement la Charente sur la presque totalité de son cours et la majorité de ses affluents, d'autre part quelques espaces spécifiques, pelouses calciformes, chaumes et coteaux ainsi qu'une forêt et une grotte. Elles concernent plusieurs grands types d'habitats : ceux d'oiseaux, ceux de chiroptères (les chauve-souris), ceux de loutres et de visons d'europe, et ceux des orchidées. Des invertébrés, des amphibiens et poissons remarquables sont aussi recensés.
Pour les oiseaux, présents sur tout le territoire et sur de nombreuses zones humides, les cinq zones Natura 2000 sont la plaine de Villefagnan, la plaine de Barbezières à Gourville, la vallée de la Charente en amont d'Angoulême, la Moyenne vallée de la Charente et Seugne pour un très grand nombre d'oiseaux, mais surtout en Charente-Maritime, la Région de Pressac et étang de Combourg, très importante zone pour de nombreuses espèces d'oiseaux sur 3359 ha mais dont seulement 22% soit environ 700 ha sont en Charente
Une importante action de préservation de l'Outarde canepetière a été entreprise, des conventions ont été passées avec les agriculteurs pour modifier des dates de fauches et faucher de l'intérieur du champ vers l'extérieur pour ainsi laisser les oiseaux s'échapper.
Parmi les oiseaux plongeurs et nageurs, des cygnes (Cygne tuberculé) , des grèbes (Grèbe à cou noir, Grèbe castagneux, Grèbe esclavon, Grèbe huppé),des oies (oie cendrée),des canards (Canard chipeau, Canard pilet , Canard siffleur , Canard souchet ), des sarcelles (Sarcelle d'été, Sarcelle d'hiver), et des fuligules (Fuligule milouin , Fuligule morillon).
Les sternes (sterne pierregarin), les guifettes (Guifette moustac et Guifette noire), les mouettes (Mouette rieuse), le Grand Cormoran,remontent par périodes très en amont sur le fleuve.
Il y a aussi des pics (Torcol fourmilier), des rapaces (balbuzard pêcheur, faucon pèlerin), des Martin-pêcheur, des Gorgebleue à miroir, des phragmites des joncs, et des râles des genêts en plus de toutes les espèces courantes qui elles ne sont pas classées remarquables.
L'inventaire des oiseaux nicheurs réalisé dans un cadre régional et sous forme d'un maillage serré donne en Charente 119 espèces d'oiseaux nicheurs certains pour 152 espèces d'oiseaux recensés
Habitat de loutres et de visons d'europe
Lutra lutra
Mustela lutreola
La loutre et le vison d'europe ont des zones d'habitat le long de nombreux cours d'eau de Charente et les zones Natura 2000 qui les mentionnent sont :
vallée de la Tude avec 1557 ha, la présence d'écrevisse à pattes blanches (Austropotamobius pallipes), de Lucane cerf-volant (Lucanus cervus), de Petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros) et surtout de Loutre (Lutra lutra) et Vison d'Europe (Mustela lutreola)
vallée de la Lizonne en partie en Charente avec les mêmes caractères que la Tude, Vison d'Europe (Mustela lutreola), écrevisse à pattes blanches (Austropotamobius pallipes), Azuré de la Sanguisorbe (Maculinea teleius), Fadet des laîches (Coenonympha oedippus) et des poissons rares, Bouvière (Rhodeus sericeus amarus) et Toxostome (Chondrostoma toxostoma)
vallées du Lary et du Palais, qui n'est que pour un quart en Charente le reste étant en Charente-Maritime et en Gironde et où sont présents Loutre (Lutra lutra) et Vison d'Europe (Mustela lutreola)
Haute vallée de la Seugne et ses affluents en amont de Pons, très peu en Charente, où ils sont aussi présents
lande de Touverac Saint-Vallier : 2222 ha sous forme de plusieurs ilots, à 84% en Charente, où sont présents la loutre et le vison, des chiroptères Grand Rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum),Petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros), la Cistude d'Europe (Emys orbicularis), et des invertébrés, Cordulie à corps fin (Oxygastra curtisii), Fadet des laîches (Coenonympha oedippus)et Lucane cerf-volant (Lucanus cervus)
Vallée de la Dronne de Brantome à sa confluence avec l'Isle, dont 19% des 5173 ha sont en Charente et où les visons d'Europe sont présents
Moyenne vallée de la Charente et Seugne et Coran qui n'est que pour 7% soit 497 ha en Charente, entre l'aval de Cognac et la Charente-Maritime, lieu pour les loutres et les visons d'europe, et les mêmes poissons que ceux de la vallée de l'Antenne.
vallée de la Charente entre Angoulême et Cognac et ses principaux affluents (Soloire, Boëme, Échelle):avec présence de la Loutre (Lutra lutra) et du Vison d'Europe (Mustela lutreola), deux chiroptères le Grand Rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum) et le Petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros), la Lamproie de Planer (Lampetra planeri), le Cistude d'Europe (Emys orbicularis) et comme invertébrés Agrion de Mercure (Coenagrion mercuriale) et Cordulie à corps fin (Oxygastra curtisii)
vallée du Né et ses principaux affluents sur 4630ha, on trouve dans le Né la Lamproie de Planer (Lampetra planeri) et le Triton crêté (Triturus cristatus) des invertébrés remarquables, Cordulie à corps fin (Oxygastra curtisii), Gomphe à cercoïdes fourchus(Gomphus graslinii) et Rosalie des Alpes (Rosalia alpina) mais surtout la Loutre (Lutra lutra) et la Vison d'Europe (Mustela lutreola)
vallée de l'Antenne avec 1208 ha dont presque 600 en Charente et une eau de grande qualité d'où la présence de Chabot (Cottus gobio), Lamproie de Planer (Lampetra planeri) et Lamproie de rivière (Lampetra fluviatilis). Les invertébrés remarquables sont en nombre, Agrion de Mercure (Coenagrion mercuriale), Cordulie à corps fin (Oxygastra curtisii), Cuivré des marais (Lycaena dispar), Gomphe à cercoïdes fourchus (Gomphus graslinii), Grand capricorne (Cerambyx cerdo), Lucane cerf-volant (Lucanus cervus) et Rosalie des Alpes (Rosalia alpina). Loutre (Lutra lutra) et Vison d'Europe (Mustela lutreola) sont présents. Sur la commune de Saint-Sulpice les anciennes carrières de pierre juste en bordure de la rivière, sont devenues le domaine des chiroptères et c'est pourquoi l'on trouve en quantité Barbastelle (Barbastella barbastellus), Grand Murin (Myotis myotis), Grand Rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum), Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersi), Petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros), Vespertilion à oreilles échancrées (Myotis emarginatus) et Vespertilion de Bechstein (Myotis bechsteini).
Habitats de chiroptères
Les chiroptères sont très présents et principalement dans la grotte de Rancogne qui, avec plus de 2 km de galeries et six entrées est une des plus remarquables cavités à Chiroptères de France.
Elle s'est creusée dans les calcaires du karst jurassique de La Rochefoucauld, et les chauves-souris sont présentes soit pour l'hivernage, soit pour la reproduction sur 3 zones. Plus de 20 000 chauve-souris hivernent dans la grotte de Rancogne. On y trouve des Barbastelles (Barbastella barbastellus), le Grand Murin (Myotis myotis), Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersi), Vespertilion à oreilles échancrées (Myotis emarginatus), Vespertilion de Bechstein (Myotis bechsteini), Rhinolophe Euryale (Rhinolophus euryale) et le Grand Rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum).
On trouve aussi des habitats de chiroptères dans les zones Natura 2000 suivantes :
carrières des chaudrolles de la vallée de l'Antenne.
vallée de l'Issoire : 507 ha sur les communes d'Esse et de Brillac. Aulnaie frênaie avec présence remarquable comme amphibien du Sonneur à ventre jaune (Bombina variegata), comme poissons du Chabot (Cottus gobio) et de la Lamproie de Planer (Lampetra planeri), comme invertébrés du Grand capricorne (Cerambyx cerdo) et de la Lucane cerf-volant (Lucanus cervus) et comme mammifères de plusieurs chauve-souris, le Grand Murin (Myotis myotis), le Grand Rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum) et le Petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros).
vallée de la Tardoire sur 3149 ha : les mêmes espèces remarquables avec en plus le Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersi) et trois invertébrés la Cordulie à corps fin (Oxygastra curtisii), le Cuivré des marais (Lycaena dispar) et le Grand capricorne. (Cerambyx cerdo).
vallées calcaires péri-angoumoisines : sur 1654 ha des invertébrés,et en particulier Agrion de Mercure (Coenagrion mercuriale), Azuré de la Sanguisorbe (Maculinea teleius), Cuivré des marais (Lycaena dispar) et Lucane cerf-volant (Lucanus cervus) et des chiroptères, des Barbastelles (Barbastella barbastellus), le Grand Murin (Myotis myotis), Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersi), Vespertilion à oreilles échancrées (Myotis emarginatus), Vespertilion de Bechstein (Myotis bechsteini), Petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros) et le Grand Rhinolophe (Rhinolophus ferrumequinum), mais tous en faible quantité.
chaumes du Vignac et de Clérignac : 103 ha avec présence de Sonneur à ventre jaune (Bombina variegata) et de Petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros).
forêt de la Braconne : 4588 ha à l'est d'Angoulême, forêt diversifiée où sont présents le Grand capricorne (Cerambyx cerdo)et la Lucane cerf-volant (Lucanus cervus), qui est l'habitat de chauve-souris, les Barbastelles (Barbastella barbastellus),le Grand Murin (Myotis myotis), Minioptère de Schreibers (Miniopterus schreibersi), Vespertilion à oreilles échancrées (Myotis emarginatus), Vespertilion de Bechstein (Myotis bechsteini) et le Petit Rhinolophe (Rhinolophus hipposideros).
les chaumes boissières et coteaux de Châteauneuf-sur-Charente : 625 ha avec les mêmes chiroptères sauf les 2 espèces de Vespertilions et des invertébrés Agrion de Mercure (Coenagrion mercuriale), Cordulie à corps fin (Oxygastra curtisii), Gomphe à cercoïdes fourchus (Gomphus graslinii) et Lucane cerf-volant (Lucanus cervus).
Habitat d'orchidées
Les sites sont sur les pelouses calciformes et tout spécialement sur trois zones Natura 2000, les Chaudolles sur la zone Natura 2000 de la vallée de l'Antenne, les coteaux calcaires entre les Bouchauds sur la commune de Saint-Cybardeaux et Marsac (222 ha en plusieurs petites zones à l'est de Rouillac et jusqu'après Hiersac de pelouses sèches, site remarquable pour les orchidées, avec présence de l'Agrion de Mercure (Coenagrion mercuriale) et la Lucane cerf-volant (Lucanus cervus)) et les coteaux du Montmorelien sur 323 ha répartis en petites zones.