Bien que le MP3 soit souvent perçu par l'utilisateur final comme une technologie gratuite (parce qu'il peut en effet coder ou décoder sa musique de manière tout à fait légale pour peu que l'enregistrement original lui appartienne ou qu'il soit une copie à usage privé), cette technologie fait l'objet de brevets et d'une licence commerciale.
L'algorithme « MPEG-1 Layer 3 » décrit dans les standards fran ISO/CEI IS 11172-3 et ISO/CEI IS 13818-3 est soumis à des redevances (droits commerciaux), en France à Philips (entreprise néerlandaise), TDF (entreprise française), France Télécom (entreprise française), IRT (entreprise allemande), Fraunhofer IIS (entreprise allemande) et Thomson pour toute utilisation ou implantation physique (notamment sur les baladeurs MP3).
Il convient de noter qu'aucune royalty n'est prélevée par ces ayants-droits sur un fichier au format MP3 contrairement à une pratique courante dans le monde de la propriété intellectuelle.
Il existe de nombreux brevets revendiqués par de nombreuses organisations ou sociétés qui s'appliquent au MP3, certains ayant une validité juridique incertaine. Tunequest en liste 20, expirant entre 2007 et décembre 2017 aux USA, date à laquelle le format tombera dans le domaine public et sera alors totalement libre de droits. Dans la mesure ou les brevets logiciels ne s'appliquent pas dans de nombreux pays, la situation juridique est encore compliquée, et doit donc être analysée pays par pays.
Outre le fait de stocker la musique de façon très compacte tout en conservant une qualité acceptable, le MP3 apporte une fonctionnalité rarement présente sur les formats audio qui l'ont précédé : les métadonnées, « metadata » en anglais (données sur les données). En clair, le fichier MP3 ne contient pas seulement la musique mais peut également apporter des informations sur celles-ci (telles que l'interprète, le titre, le nom de l'album, la pochette, les paroles ou du karaoké). Ces informations sont stockées sous forme de 'balises' (tag en anglais) dont il existe plusieurs versions.
Le format MP3 initial ne permettait pas de stocker des balises, tout au plus, il permettait de préciser certains paramètres binaires comme le fait que le morceau soit protégé ou non par copyright ou le fait qu'il s'agisse d'un original ou d'une copie.
Les balises MP3 sont enregistrées au format ID3 (version 1 ou 2). Les caractères alphanumériques sont codés en code A.S.C.I.I. soit American Standard Code for Information Interchange 255 (8 bits, ou un octet). Il autorise donc les majuscules, mais aussi minuscules et lettres accentuées.
Lorsqu'on dispose d'un CD audio et d'un lecteur CD sur un ordinateur sous Windows, il suffit d'insérer le CD et de le lire avec le Lecteur Windows Media intégré au système d'exploitation et de cliquer sur l'onglet « Extraire » pour transformer les fichiers audio du CD. Néanmoins, le Lecteur Windows Media est réglé par défaut pour extraire les fichiers en WMA, il faut alors modifier les options de codage dans Outils/Options, onglet Extraire la musique, et passer outre le message d'avertissement sur les défauts du codage MP3.
Le codeur MP3 du Lecteur Windows Media est présent depuis la version pour Windows XP, avant il fallait installer un codeur externe.
Il existe des logiciels plus spécialisés offrant plus d'options et une meilleure qualité (grâce au compresseur LAME) tels que CDex, EAC et d'autres.
Lorsqu'on dispose d'un CD audio et d'un lecteur CD sur un ordinateur sous Mac OS X ou Mac OS 9, il suffit d'insérer le CD et de le lire avec le lecteur QuickTime intégré au système. Le contenu du CD est visible et les fichiers peuvent très facilement être extraits par un glisser-déposer avec la souris. Le fichier obtenu est au format AIFF et peut être lu avec QuickTime et codé avec n'importe quel codeur MP3. Le logiciel iTunes offre des possibilités de conversion d'un format à un autre, mais ne prend pas en charge les formats ouverts les plus connus.
Pour un encodage LAME on pourra par exemple utiliser XLD ou, en interaction avec iTunes, l'application iTunes-LAME.