Les transports en Colombie sont régulés par le Ministère des Transports. La route est le principal moyen de transport, presque 70% du transport de marchandises est fait par la route, contre 27% par le rail, 3% par transport fluvial et 1% par les airs. Pourtant, la Colombie possède l'un des taux les plus bas de routes par habitant d'Amérique latine. Le seul moyen de transport dans 60% du pays est le transport fluvial, mais les groupes de gerilleros contrôlent les voies navigables dans le sud et le sud-est.
Les peuples indigènes de Colombie (en) utilisaient et pour certains continuer d'utiliser les cours d'eau comme voies de transport en utilisant des radeaux ou des canoës.
Lors de l'arrivées des européens, les conquistadors espagnols introduisirent la mule, l'âne et le cheval (qui évolua en Paso Fino), et les utilisèrent dans les ranchs plus tard durant la colonisation. Les chevaux contribuèrent grandement au transport des conquérants et colonisateurs espagnols. Ils introduisirent également la roue et apportèrent des charettes pour faciliter leurs transports. Les espagnols développèrent les premières routes, de façon rudimentaire et pour la plupart dans la région caribéenne. En raison de la topographie de la Colombie, les communications entre régions étaient difficiles et affectèrent l'efficacité du gouvernement central, laissant certaines régions isolées. La navigation maritime se développa localement après que l'Espagne ait levé les restrictions sur les ports de l'empire colonial espagnol, introduisant le mercantilisme. Les espagnols transportèrent également des esclaves africains et firent migrer de force beaucoup de tribus indigènes à travers la Colombie.
Avec l'indépendance et l'influence de la révolution industrielle européenne, le moyen de transport dominant devient la navigation, principalement via le Río Magdalena qui connecte la capitale Bogotá, à l'intérieur du pays, avec Barranquilla, au bord de la mer des Caraïbes, afin de commercer avec les États-Unis et l'Europe. Cela apporta également une grande vague d'immigrants depuis les pays de l'Europe et du Moyen-Orient. Le processus d'industrialisation et de développement du transport fut affecté par les guerres civiles qui éclatèrent après l'indépendance et continuèrent tout au long des XIXe et XXe siècles.
À la fin du XIXe siècle, les compagnies européennes et américaines introduisirent le rail pour transporter vers les ports la production locale pour l'import et l'export. Des bateaux à vapeur commencèrent à transporter les immigrants et les marchandises venus d'Europe et des États-Unis sur le Río Magdalena.
Le Ministère des Transports fut créé en 1905 durant la présidence de Rafael Reyes Prieto sous le nom de Ministerio de Obras Públicas y Transporte (Ministère des Travaux Publics et du Transport) avec la fonction principale de s'occuper des actifs nationaux, incluant mines, pétrole, brevets, marques commerciales, voies ferrées, routes, ponts, bâtiments nationaux et terres non possédées.
Au début du XXe siècle, la maintenance des routes et autoroutes et la régulation des constructions furent établis. Les rivières furent nettoyées, draguées et channeled ⇔ et l'industrie de navigation fut organisée. Les districts de travaux publics furent crées, ainsi que les Ferrocarriles Nacionales de Colombia (en) (Voies ferrées nationales de Colombie). Parmi les autres projets développés figurent les aqueducs de Bogotá, le barrage de La Regadera et l'usine de traitement des eaux de Vitelma. Le ministère créa également l'Instituto Nacional de Tránsito (en) (INTRA, en français : Institut National du Transit), et fut en charge du premier plan national des routes avec le soutien de nombreuses compagnies multinationales de construction étrangères.
L'aviation naquit à Barranquilla avec la création de la compagnie aérienne SCADTA (en) en 1919, une coentreprise à capitaux colombiens et allemands qui délivrait le courrier aux principales villes de Colombie et plus tard fusionna avec SACO (en) pour former Avianca.