Une des caractéristiques de cette université est la dispersion ses facultés et d'écoles. Des universitaires se divisent trois campus, correspondant chacun à une des trois provinces basques, c'est-à-dire à la Biscaye, Guipuzcoa Alava. L'Université emploie, officiellement, ses noms en basque sauf dans le cas d'Alava, c'est-à-dire, Campus de Bizkaia, Campus de Gipuzkoa et Campus d'Alava.
Le Campus de Biscaye est le plus étendu et concouru, il a son siège central à Lejona, à 11 km du centre de Bilbao, dans le siège de l'ancienne Université de Bilbao. Toutefois, il existe davantage de centres et facultés dans le territoire municipal Bilbao, Barakaldo et Portugalete lui-même. De cette manière, le Campus de Biscaye est dispersé sur 4 zones : secteurs Lejona-Erandio, Bilbao, Barakaldo et de Portugalete.
L'étendu du campus original de Lejona, inauguré en 1972, est un exemple d'architecture brutaliste, avec béton nu (béton brut), couvertures plates et éléments structurels et fonctionnels à la vue. Les zones piétonnières de l'Université étaient soulevées sur les piles, imitant aux pilotis, et en laissant ainsi un niveau inférieur pour les fonctions de garage et passages de véhicules. Toutefois, après le plan de Reforme qui est mené à bien, les bâtiments progressivement situeront leur rez de chaussez au niveau de la rue. Ce niveau inférieur est camouflé dans une inégalité du terrain. Le niveau supérieur dispose de zones vertes importantes, montrant des arbres plantés au niveau du sol. Il existe un héliomètre, un type de solaire zodiacal, sur le niveau supérieur.
La détérioration du terrain de Lejona, qui n'a pas fait l'objet d'importantes réadaptations depuis sa création, a rendu nécessaire l'élaboration d'un ambitieux plan de réforme, doté d'un budget de 123 millions d'euros, destiné à « piétonniser » le terrain, à éliminer les garages décrits en baissant ainsi les facultés à régularité du sol, à renouveler toutes les facultés ainsi qu'à créer un réseau de bidegorris, un arboretum et un parc scientifique de 188.000 m². Ces travaux ont commencé après la fin du cours 2005/2006 et on attend sa fin pour 2017.
Étant donné l'extension récente du terrain hors des limites municipales de cette localité, et depuis l'inauguration des nouvelles installations sportives en 2005, il reçoit le nom officiel de Campus Leioa - d'Erandio. Dans ce centre universitaire on trouve le vice-rectorat du terrain de Biscaye, ainsi que de le rectorat de l'Université du Pays basque. Les facultés qui se trouvent ici sont :
Dans la ville de Bilbao on trouve certains des centres plus importants que l'Université.
À Saint-Sébastien les différentes facultés et les écoles universitaires, qui étaient précédemment réparties dans toute la ville ont été groupées dans le quartier d'Ibaeta où elles forment le nommé campus d'Ibaeta, où étudient approximativement 25% des étudiants de toute l'université. Se trouvent ici :
Le Campus d'Alava comprend 15% des étudiants de l'université. Ce Campus se trouve dans la zone sud de Vitoria, et dans ce dernier il y a une résidence, une bibliothèque, amphithéâtre et un pavillon sportif.
On trouve ici :
A Vitoria il y a un centre public assigné à l'Université du Pays Basque :