L'avion a disparu des écrans radar vers 1 h 51 (22 h 51 UTC) alors qu'il se trouvait en phase d'atterrissage vers l'aéroport international Prince Said Ibrahim. L'approche sur l'aéroport de Moroni est connue pour être délicate. La piste est située au bord de l'océan entre les villages de Ntsaouéni au nord et Hahaia au sud sur la côte ouest de l'île. Seule la piste 02 face au nord possède une approche aux instruments (ILS), or, il y avait à l'heure de l'accident un fort vent du sud. Le message météo "metar" fait état d'un vent du Sud de direction 210 de 46 km/h avec des rafales à 65km/h. L'approche devait donc se faire sur la piste 20, dépourvue du système ILS avec un vol à vue selon la procédure MVI (manœuvre à vue imposée) sous le contrôle du seul équipage, l'aéroport ne possédant pas de radar d'approche. Sur cet aéroport, la manœuvre est rendue plus délicate par la proximité du volcan Karthala qui crée des phénomènes aérologiques imprévisibles pouvant créer des turbulences et cisaillements. Le dialogue entre la tour de contrôle et l'avion ainsi que les boîtes noires devront confirmer si l'appareil a bien remis les gaz et entamé une approche par le Nord avant de percuter l'océan au large de Mitsamiouli. L'enquête devra établir si la perte de contrôle de l'avion par l'équipage peut être due à un défaut de coordination efficace avec la tour de contrôle à l'instar de l'accident du Vol 604 Flash Airlines de 2004 en Égypte.
Depuis le 1er juillet 2009, le parquet d'Aix-en-Provence a mis en place une cellule d'identification des victimes, chargée des prélèvements ADN sur les familles des disparus. À Mitsamiouli, a été installé un poste médical avancé pour accueillir d’éventuels survivants et les corps des victimes. Au 12 juillet 2009, seuls trois corps et une jeune survivante de douze ans ont été retrouvés. Au total de 17 corps ont été repêchés dans les eaux de la Tanzanie, qui sont enterrés dans un cimetière commun.
Le commission d'enquête mise en place par le Yémen a annoncé la nationalité du personnel navigant. Le ministère de la Défense yéménite a par ailleurs révélé la nationalité de 82 passagers.
Nationalité | Nombre de passagers | Membres d'équipage | Total |
---|---|---|---|
![]() | 54 | 0 | 54 |
![]() | 26 | 0 | 26 |
![]() | 1 | 0 | 1 |
![]() | 1 | 0 | 1 |
![]() | 0 | 6 | 6 |
![]() | 0 | 2 | 2 |
![]() | 0 | 1 | 1 |
![]() | 0 | 2 | 2 |
non communiqué | 60 | 0 | 60 |
Total | 142 | 11 | 153 |
Le 30 juin 2009, le BEA annonce qu'il envoie sur place des enquêteurs, qui, au nombre de quatre, commencent leur travail le 4 juillet 2009. Le 1er juillet 2009, trois juges d'instruction du tribunal de grande instance de Bobigny sont co-saisis de l'enquête, et une information judiciaire pour homicide involontaire est ouverte.
Fin septembre 2009, sur la base d'éléments communiqués aux familles par le BEA, une erreur de pilotage est évoquée. L'avion n'aurait pas suivi la trajectoire suggérée par le contrôle au sol et serait arrivé trop rapidement, alors que soufflait un vent de 40 nœuds.
Le 22 octobre 2009, l'Institut de recherche criminelle de la gendarmerie nationale rend public les quinze dernières minutes d'enregistrement du Cockpit Voice Recorder. L'enregistrement ne révèle pas de bruit d'explosion, mais montre une augmentation du niveau de bruit ambiant dans la cabine de pilotage vers 11 minutes avant impact. Néanmoins, le même jour, l'agence de presse gouvernementale yéménite Saba, à la suite du quotidien Asharq al-Awsat en juillet, évoque la « plausibilité de l’hypothèse du missile, d’autant plus que les autorités comoriennes affirment que la marine française effectuait des manœuvres militaires dans la zone de l’accident à cette époque. Ce que l’ambassadeur français aux Comores aurait reconnu. »