GNUWin II est un ensemble de logiciels libres (à l'exception près de Scilab dont la licence n'est pas libre selon l'Open Source Initiative), sous licence GNU, pour le système d'exploitation Microsoft Windows. Il a été créé par le GUL de l'EPFL. Depuis janvier 2005, les activités sont centrées sur la définition de GNUWin III.
Le projet GNUWin a débuté à l'été 2001 à l'EPFL, pour distribuer des paquets de LaTeX sous Windows.