L’accident ferroviaire de la gare de Lyon s'est produit le 27 juin 1988 à 19 h 10 dans la gare de banlieue souterraine de Paris-Lyon. Une collision frontale entre un train SNCF en provenance de Melun via Corbeil-Essonnes, roulant à environ 70 km/h, et un train à l'arrêt en partance pour Melun via Combs-la-Ville et bondé fait 56 morts et 57 blessés. Les deux rames étaient de type Z 5300. Ce lourd bilan est la conséquence d'un concours de circonstances qui ont aggravé cet accident, le plus grave sur le réseau d'Île-de-France depuis la création de la SNCF en 1938.
En 1988, la gare souterraine banlieue de la gare de Lyon possède encore une configuration provisoire avec quatre voies à quai de 320 mètres de long en impasse, dans l'attente de l'achèvement de la ligne D du RER, dont l'interconnexion sera mise en service en septembre 1995. Les trains y accèdent par le biais de deux itinéraires présentant des déclivités très prononcées, atteignant 43 ‰.
Le 27 juin, le train 153944 en provenance de Melun via Corbeil-Essonnes est en retard. Il est formé de deux éléments Z 5300. S'apercevant trop tard que le train dans lequel elle était montée était direct entre Villeneuve-Saint-Georges et Paris (passage aux horaires d'été), une passagère tire le signal d’alarme pour pouvoir descendre en gare du Vert de Maisons. Le train s'arrête alors et les freins sont automatiquement bloqués.
Malgré l’annulation et le réamorçage du signal d’alarme par le conducteur (une poignée à remonter à l'arrière de la motrice), les freins du train restent bloqués. En effet, suite à une erreur de manipulation en partie due à la non-conformité du matériel roulant utilisé, le conducteur a aussi fermé une manette du circuit pneumatique de freinage du train, entre la motrice et les voitures. Cette manette se trouve à proximité de la poignée de réamorçage du signal d'alarme. Le conducteur pense alors que le blocage des freins est dû à une surpression dans le système (problème parfois rencontré sur ce type de train) et, aidé de son chef de train, purge les freins de ces sept voitures, désactivant alors, sans s'en rendre compte, le freinage sur ces sept voitures, soit les sept huitièmes de la puissance de freinage totale. Lorsque qu'il remonte dans sa cabine, la jauge de pression des freins indique une pression correcte, mais le conducteur ignore qu'elle ne concerne que le circuit de la motrice, puisqu'en fermant la manette d'alimentation, il l'a isolée du reste du circuit du train ; l'absence de pression dans le circuit de freinage des voitures n'est donc pas signalée. Le train repart alors en direction de Paris.
Suite au retard provoqué par cet arrêt, le centre de régulation de la gare de Lyon demande au conducteur de ne pas s'arrêter à Maisons-Alfort, la dernière gare avant le terminus. Le conducteur ne va donc se rendre compte de son absence de frein que lorsqu'il sera engagé dans la longue pente vers la gare souterraine de la gare de Lyon, à seulement environ deux kilomètres des butoirs, lors de la première phase de ralentissement.
De nombreuses responsabilités furent évoquées dans cet accident :