Les résultats des études faites depuis 10 ans convergent et indiquent une augmentation significative du risque cardio-vasculaire en cas d'excès dans l'alimentation de graisses trans résultant de l'hydrogénation partielle industrielle d'huiles végétales, plus encore que l'excès de graisses saturées.
En particulier, dans une étude de 1997 menée par Hu, Stampfer et Manson sur les femmes, les résultats montrent que, « pour un même apport de glucides, une augmentation de 5% de la consommation de graisse saturée augmente le risque de 17%, une augmentation de 5% de la consommation de graisse "trans" augmente le risque de 93% ».
Les acides gras trans favoriseraient le cancer du sein.
Selon l'Autorité européenne de sécurité des aliments en 2004, l'état actuel des connaissances permettait de caractériser l'excès d'acides gras trans dans l'alimentation principalement par trois effets (observés par rapport aux régimes contenant des acides gras saturés et des acides gras insaturés cis):
Il est noté une association positive entre ces trois effets observés et le risque de maladie cardiovasculaire observée.
Ces (trois) effets négatifs se feraient sentir même à dose faible.
L'avis indique également : « la digestion et l’absorption des acides gras trans présents dans les aliments se passent de la même manière que pour les autres acides gras […] et […] bien qu’il existe certaines preuves provenant d’études in vitro et sur l’animal en faveur d’une inhibition de la conversion des acides gras essentiels par les acides gras trans, il est peu probable que le métabolisme des acides gras essentiels soit affecté par les acides gras trans lorsqu’ils sont ingérés selon les quantités recommandées » (c'est-à-dire 1 à 2% de l'apport énergétique total).
L'inhibition de la conversion des acides gras essentiels (par exemple en acide gamma-linolénique (AGL), et donc en acide dihomo-gamma-linolénique (DGLA)) suppose des effets importants sur le métabolisme et la santé des personnes concernées. Il existe donc un risque pour les populations qui ingèrent des acides gras trans en grande quantité (comme en Amérique du Nord).
Il paraît donc indiqué de réduire autant que possible l’ingestion d’acides gras trans par la mère en attendant confirmation des effets négatifs des acides gras trans sur le développement fœtal.
Les effets potentiellement négatifs semblent essentiellement liés à l’acide élaïdique, produit dans l'hydrogénation des huiles végétales et isomère trans de l'acide oléique, qui est naturellement cis.
« On suppose que l'absence d'effet des acides trans chez le ruminant résulterait de la transformation de l'acide vaccénique (C18:1 n-7) en acide linoléique conjugué (ALC) ».
Les effets des ALC sur la santé sont encore à l'étude et sont controversés.
Voir Comparaison acides gras trans naturels et industriels
Les effets négatifs des acides gras trans sur la santé sont constatés surtout en Amérique du Nord (États-Unis, Canada : 8-10 g/j en moyenne), qui consomme plus d'aliments industriels que l'Europe du Nord (Pays Bas, Grande Bretagne : 3-5 g/j en moyenne), qui en consomme à son tour plus que l'Europe méditerranéenne : Espagne et Grèce (1-2 g/j en moyenne), France (2,7 g/j en moyenne).
Mais, d'après l'AFSSA, les plus grands consommateurs en France de matières grasses absorbent déjà presque 8g/jour d'acide gras trans (2.5% de l'apport énergétique total), soit presqu'autant que le Nord-Américain moyen.