L'activitée sportive à Bregille est éssenciellement centrée autour de deux clubs : le Sport Nautique Bisontin et l'Association Sportive et Culturelle de Bregille. Fondé en 1865, le Sport Nautique Bisontin est le plus vieux club de la ville. Il a connu de trés grand succès dés ces débuts dans les domaines de la natation et du canoë-kayak, et à rassembler jusqu'à 1000 licenciés dans les années 1980. Le SNB dispose d'une piscine en plein air située à Bregille même, qui a fêté ces 50 ans en 2010 avec une fête ayant rassemblé prés de 1000 personnes.
Quand à l'Association Sportive et Culturelle de Bregille (aujourd'hui Association Sportive et Culturelle des Centres de Bregille), elle a été fondée par des jeunes du quartier et par l'équipe paroissiale de football dans les années 1960, avec l'aide du clergé et d'habitants du secteur. L'association c'est concidérablement développée depuis ses débuts, et a compter plusieurs sections football, ping-pong, handball ainsi que des ateliers photos, pâtisserie et danse. Aujourd'hui ce club propose des activitées dont la plupart sont spécialement adaptées pour les déficients visuels, comme le torball, de showdown, le cécifoot, le goal-ball mais aussi du tir à l'arc, de la pétanque, de la natation et de l'athlétisme.
Le bois de Bregille offre également quelques activitées sportives, notamment grâce à un circuit pédestre de 6,4 km, d'une difficulté jugée moyenne. Pourtant Bregille souffre globalement d'un manque d'infrastructures sportives, il est par exemple l'un des seuls quartier de la ville qui ne dispose pas de gymnase, bien que le proche secteur des Clairs-Soleils en compte un.
Le quartier de Bregille compte trois grandes associations : le Comité de quartier, l'Amicale de Bregille-village ainsi que l'association des Amis du Funiculaire de Besançon. Le comité de quartier trouve ses origines lors du peuplement de la colline, à partir de 1969. Bregille était alors un chantier et un groupe d'une dizaine de personne tente de constitué un comité capable de pourvoir le secteur en moyens d'animations sociales, culturelles et sportives. En 1974, le comité pose les bases d'un jumelage avec le quartier de Sankt Georgen à Fribourg-en-Brisgau (Allemagne), et en mars 1978 sort le premier numéro du journal de Bregille réalisé par des menbres du Comité. La même année, l'actuelle maison de quartier est construite à la place de l'ancien local en préfabriquer, et seras inaugurée en juin 1979. Le comité à également compter un club de judo ainsi qu'un club pour les séniors. Actuellement le comité poursuit toujours ses actions dans le quartier, et à publié un livre en 2008 racontant la vie et l'histoire de Bregille, intitulé Mémoires de Bregille.
L'Amicale de Bregille-village fut fondée en automne 1936 par des anciens du quartier, pour que les veillards de Bregille puisses se distraire. Le premier local fut acquit dans les années 1950, mais l'association décide de reconstruire un bâtiment en dur à partir de 1965 avec l'aide de bénévoles. L'association organise alors des bals, des éléctions de miss Bregille, des carnavals, des rallyes automobiles ainsi que des concours de pétanque et de belote... L'association existe toujours bien que le nombre d'activitées proposés ai été revu à la baisse, et garde encore sa voquation de centre pour séniors.
L'association Les Amis du Funiculaire de Besançon fut crée le 9 décembre 2005 sous l'impulsion d'Alexandre Jury, jeune étudiant passionné par ce patrimoine particulier. Un combat est alors engagé pour restaurer le funiculaire. La voiture numéro deux est rénovée par les ateliers municipaux de la Ville de Besançon et la gare basse restaurée par l'entreprise de réinsertion Alternative Chantiers. L'ensemble a ainsi pu être présenté, pour la première fois, aux journées européennes du patrimoine les 15 et 16 septembre 2007. L'association travaille actuellement sur le projet de réhabilitation de la gare haute et, à plus long terme, sur un projet global de rénovation. Des animations sont régulièrement assurées dans la gare basse, notamment lors des Journées du Patrimoine. Initiée par l'association en janvier 2007, qui en avait fait la demande, la proposition d'inscription du Funiculaire au titre des Monuments Historiques a été approuvée par la Commission régionale du patrimoine et des sites de Franche-Comté, suite à la proposition la Direction régionale des Affaires culturelles de Franche-Comté, en juin 2010. La signature de l'arrêté d'inscription par le préfet de région est à venir. Un livre retraçant l'histoire du funiculaire est actuellement en cours de préparation.
Le quartier de Bregille ne dispose pas de nombreux médias locaux, excepté le BVV ou Vu du Doubs qui sont distribués dans tout l'agglomération de Besançon. Cependant le secteur compte un journal intitulé journal de Bregille qui a réussi à devenir une véritable fenêtre des habitants sur la vie locale du secteur. Il fut créé en 1972 par André Jeanney et publié par le comité de quartier de Bregille. Ce journal compte pus de 300 numéros et il est actuellement tiré à 2500 exemplaires trimestriels, financés par les dons de Bregillots et Bisontins. Il est depuis toujours le seul et unique média exclusivement publié et/ou distribué dans le secteur de Bregille.